| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 29,486 | 0 | C | A | 48.3% | 67.8 / 33.7 | 60 | intergenic (+291/‑165) | dapB/carA | dihydrodipicolinate reductase/carbamoyl phosphate synthetase small subunit, glutamine amidotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/5); new base A (0/29); total (26/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.48e-12 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATAT > NC_000913/29340‑29635 | tgttgtTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACaaa < 2:854086/150‑1 (MQ=255) gttgttTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAaat < 2:477274/151‑1 (MQ=255) tAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAAtata > 1:398562/1‑150 (MQ=255) aaTGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATaa > 1:936477/1‑150 (MQ=255) aTGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATaaa > 2:731842/1‑150 (MQ=255) tGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATaaaa > 2:607197/1‑150 (MQ=255) aCCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCAtt > 1:469707/1‑151 (MQ=255) aCCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCAtt > 2:729146/1‑151 (MQ=255) ccATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCAtt > 1:907458/1‑150 (MQ=255) ttGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGtt > 1:731712/1‑151 (MQ=255) ggTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTg > 2:316914/1‑150 (MQ=255) ttttttCTGCTCTTTTTTATTTCATGCATTCTTCTTGCTGCGCAAGCTTTTTCCAAAACAGGTT‑AGATGATTTTTTTGTCGCTTAATGCCTGAAAAACATGCATGACCCAAAAAAAAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTa < 2:530330/150‑1 (MQ=255) tttttCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAgc > 2:429577/1‑151 (MQ=255) ttttttGCTCTTTTTTATTTCATGCATTCTTCTTTCTGCGCAAGCGTTTTCCAAAACAGGTT‑AGATAATTTTTTTGTCGCTTAATCCCTGTAAAACATGCATGAGCAACAAAATAATATAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAgc < 1:647951/150‑1 (MQ=255) cTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCatat > 1:645384/1‑151 (MQ=255) gttgttATTTCATGCAATCTTCTTGCGGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATAtct > 1:448842/1‑150 (MQ=255) ttttttttTCATAAATTCTTTTTCCTGCAAAACCTTTTTCAAAAACAGTTT‑AAATAATTTTTTTTTCGCTTAATCCTTAAAAAACATCCATGAGCCAAAAAAAAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCata < 1:261459/146‑1 (MQ=255) tttCATGCATTTTTCTTGCTGCGCAAGCTTTTTCAAGAACAGTTT‑AAATAATTTTTTTGTCGTTTAATCCCTGAAAAACATGCTTGAGCCAAAAAATAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGa < 1:985352/148‑1 (MQ=255) tCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATgcc > 2:809719/1‑151 (MQ=255) cATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATgccg > 1:835918/1‑151 (MQ=255) aTGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAAAACAGGTT‑AGATGTTTTTTTTGTCGTTTAATGCCTGTAAAACATGCAGGAGCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATgccg < 2:921178/150‑1 (MQ=255) actcttttTGCGGCGCAAGTGTTTACAAAAAACGGTT‑AATTGATTTTTTTGTCTCATACTGCCAGCAACAAACGCATAACCCAAAAAATAATATAAAAACTCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATgccgc < 2:668360/145‑1 (MQ=255) aaTTTTCTTGCTGCGCAAGCTTTTTCCAGAACGGGTT‑AAATGATCTTTTTGTCTTTTAATGTTTGAAAAACAGGCACGAGCCACAAAAAAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATgccgcc < 2:722335/148‑1 (MQ=255) tttttttcctgcGCAAGCTTTTCCCAGAACAGTTT‑AAATAATTTTTTTGCCGCTTAACGCTTTAAAAACATGCATGCACCAAAAAAAAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGttt < 1:634293/142‑1 (MQ=255) ttcctgggaaggcttttcCCAGAACAGTTT‑AAATCAATTTTTTGCCCCTTACTCCCTGAAAAAAATTCAGGCCCCAAAAAATAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCa < 1:161020/135‑1 (MQ=255) ttGCTGCGCAAGCTTTTTCAAAAACAGGTT‑AGATGATTTTTTTGTCGCTTAATGCTTGAAAAACATGCATGAGCCAAAAAATAAAAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCa < 2:215791/149‑1 (MQ=255) gctgcGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGaa > 1:919581/1‑150 (MQ=255) ctccgcaggttttttCCAGAACAGTTT‑AGATAATTTTTTTGTCGTTTAATCCCTGAAAAACATGCATGCGCCAAAAAATAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGa < 1:1036312/137‑1 (MQ=255) 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aGCTTTTTCCAGAACAGTTT‑AGATGATTTTTTTTTCGCTTAATGCCTGAAAAACAGGCATGAGCCAAAAAATAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATtcgt < 1:853958/148‑1 (MQ=255) tttttCAAAAACAGTTA‑AGATGTTTTTTTTTTCTTTAAATGCCTAAAAAACATCCATGACCCAAAAAAAAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCgg < 2:260073/147‑1 (MQ=255) tCCAGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTaa > 1:468627/1‑147 (MQ=255) aCAGGTT‑AGATGATTTTTTTGTCGCTTAATGCCTGAAAAACATGCATGACCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGc < 2:729653/151‑1 (MQ=255) gTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTg > 1:270694/1‑151 (MQ=255) t‑AGATGATTTTTTTGTCGCTTAATGCCTGAAAAACATGCATGACCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGa < 2:1032830/150‑1 (MQ=255) aGATGATTTTTTTGTCGCTTAATGCCTGAAAAACATGCATGACCCAAAAAAAAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGAtt < 2:315812/151‑1 (MQ=255) tttttttGTCTTTTAATGCCTAAAAAACATGCATGAGCCAAAAAATAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACg < 1:475048/147‑1 (MQ=255) tttttttGTCGCTTAATGCCTTAAAAACAGGCATGAGCCAAAAAATAAAAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGt < 2:987420/148‑1 (MQ=255) tCTTTTTGTCGCTTAATGCATGTAAAACATGCATGAGCCACAACATAATATAAAAAATCACGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGACGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGt > 1:783820/1‑150 (MQ=255) ttttttTCGTTTAATGCCTGTAAAACATGAATGAGCCAAAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGtca < 2:303165/150‑1 (MQ=255) tttttGTCGTTTAATGCCTGAAAAACATGCATGACCCACAAAATAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGtc < 2:916/149‑1 (MQ=255) tttttGTCGCTTAATGCCTAAAAAACATGCATGACCCAAAAAAAAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTAc < 2:907666/146‑1 (MQ=255) tttGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGtcatc > 2:924271/1‑150 (MQ=255) tCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATtgt > 1:797672/1‑151 (MQ=255) tCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATtgt > 2:784142/1‑151 (MQ=255) ttAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAATATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAAt > 1:638186/1‑151 (MQ=255) cctaaaaaaCATCCATGCGCCCAAAAATAAAAAAAAAACCCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAatat < 1:663689/146‑1 (MQ=255) tgaaaaaCTTGCGTGACCAAAAAAATAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGaa < 1:546942/139‑1 (MQ=255) tGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGc > 2:930302/1‑151 (MQ=255) aaaactgtatttacccAAAAAATAAAAAAAAAATCCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCaaa < 1:170199/137‑1 (MQ=255) aaaaatggcatgACCAAAAAAATAAAAAAAAAACCCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATg < 1:994327/140‑1 (MQ=255) aaactttcattaacaacaAAATAATATAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGATAAGCAGATTTTCATTGATTTACGTCATCATTGTCAATTAATATGCAAAt < 1:490500/136‑1 (MQ=255) aaaCATACTGGAGCCAAAAAATAATATAAAAACCCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAAt < 2:422355/151‑1 (MQ=255) aCATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATa > 1:139643/1‑150 (MQ=255) aGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAagtgagtg > 1:407684/1‑150 (MQ=255) ccAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGaa < 2:156940/150‑1 (MQ=255) ccAAAAAAAAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAgtgagtga < 2:536174/149‑1 (MQ=255) acaAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAatat > 2:303476/1‑151 (MQ=255) | TGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATAT > NC_000913/29340‑29635 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |