| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 29,496 | 0 | T | A | 44.8% | 71.7 / 32.8 | 58 | intergenic (+301/‑155) | dapB/carA | dihydrodipicolinate reductase/carbamoyl phosphate synthetase small subunit, glutamine amidotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/3); new base A (0/26); total (29/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.30e-13 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCT > NC_000913/29349‑29640 | aaTGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATaaa < 2:405054/151‑1 (MQ=255) aTGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATaaa > 1:1029754/1‑150 (MQ=255) ggTCCTTTTTTTTTTGCTCTTTTTTTTTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCTTTTCCAAAAACAGTTTAAATAATTTTTTTGTCGTTAAATCCCTGAAAAACTGGCGGGAGCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTg < 1:639198/150‑1 (MQ=255) ggTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTg > 1:1030378/1‑150 (MQ=255) ttttttttGCTCGTTTTTATTTCATGCATTCTTCTTGTGGCGCAAGCGTTTCCCAAAACAGGTTAGATGATCTTTTTTCCGCTTAATGCTTTAAAAACATGCATGGCCCACAAAAAAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACtttt < 2:511880/149‑1 (MQ=255) ttttttCTGCTCTTTTTTATTTCAGGCATTCTTCTTGCTGCGCAGGCTTTTTCCAGAACAGTTTAGATGATTTTTTTGTCGCTTAATGCCTGAAAAACATGCATGAGCCAAAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTa < 2:229364/150‑1 (MQ=255) tttttCTGCTCTTTTTTATTTCATGCATTCTTCTTGCGGCGCAAGCTTTTTCAAAAACAGGTTAGATGATTTTTTTGTCGCTTAATGCTTGAAAAACATGCATGACCAAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAg < 2:1004889/150‑1 (MQ=255) tttCTGCTCTTTTTTATTTCATCAATTTTTCTGGCTGCGCAAGCTTTTTCCAAAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGTTTAATGCCTGAAAAACATGCAGGAGCCAAAAAAAAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAgcg < 2:294285/150‑1 (MQ=255) tGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCat > 2:708294/1‑151 (MQ=255) gCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCat > 2:273866/1‑150 (MQ=255) cTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCatat > 2:89118/1‑151 (MQ=255) ttttttttATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGAAAGCTTTTCCAAAAACAGGTAAAATATTTTTTTTGTCGCTTATTCCCTGAAAAACATGCAGGACCCAAAAAATAAAAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCat < 1:375836/145‑1 (MQ=255) tCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATAtc > 1:380487/1‑151 (MQ=255) 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tttttGTCGTTAAATGCTTAAAAAACATGCATGACCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGtca < 2:1006470/150‑1 (MQ=255) tttttGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGCTGACTCTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGCTTGCCAGAAATCCGCCGGCAAGCCGATTCGCATTGATTTACGtc > 1:92245/1‑149 (MQ=255) ttttGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGtcatc > 2:85205/1‑151 (MQ=255) tGTCGTTTAATGCCTGAAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGtcatca < 2:974737/149‑1 (MQ=255) gCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATtgtg > 1:958719/1‑150 (MQ=255) 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atgcatgAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATaa > 2:583807/1‑149 (MQ=255) catgAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAagtg > 2:922226/1‑150 (MQ=255) atgACCCAAAAAATAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATaaa < 1:32622/146‑1 (MQ=255) atgACCCAAAAAAAAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAagt < 2:558983/148‑1 (MQ=255) tgACCCAAAAAATAAAAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAagtgag < 1:903871/150‑1 (MQ=255) 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caaaaaaaTAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGaa < 2:684124/146‑1 (MQ=255) aaaaaaATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATAtt < 1:583549/150‑1 (MQ=255) aaaaaaATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAatat < 1:800014/149‑1 (MQ=255) aaaaTAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATAtt < 2:704418/150‑1 (MQ=255) ataataTAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTctct > 1:313142/1‑151 (MQ=255) | AATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCT > NC_000913/29349‑29640 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |