Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 802,118 | 0 | A | C | 44.4% | 74.4 / 14.9 | 54 | T78P (ACC→CCC) | ybhI | putative DASS family tricarboxylate or dicarboxylate transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (19/11); new base C (0/24); total (19/35) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.20e-07 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGCTGG > NC_000913/801969‑802262 | tAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTATCTTATCCGACGGTGCGTTTaaaa < 2:910097/150‑1 (MQ=255) aaGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAa‑cc < 1:227469/151‑1 (MQ=255) aGCGAACTGGCGCGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGCTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAa‑cc > 2:762729/1‑150 (MQ=255) gAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCAccg < 1:149533/151‑1 (MQ=255) gAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCAccg < 1:917209/151‑1 (MQ=255) gTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGGGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTAt < 2:719915/149‑1 (MQ=255) tgttttttGGTATTTACCTGGCGGCCTTTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCTTTGCTGCCTCAATGGTGGTGTTAGGTAACTTATCCGACGTGGCGTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGc < 2:678804/146‑1 (MQ=255) tttttGGTATTTCCCTGGCGGCCGTTGGGGGGCGGTTTATCAGGCTTTCCCCGAACCCTGTCGTACTTTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGTTCGGTAATTTATCGGACGGTGCGTTTAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGtt < 2:331622/150‑1 (MQ=255) tttGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTAct > 2:929764/1‑151 (MQ=255) ttGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTAct > 2:631083/1‑150 (MQ=255) gTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTc > 1:204431/1‑151 (MQ=255) tttCCCTGGCGGCCTTTGTGGGGTTGGTTATCAAGCTTTCCCCGGACCCTGTCGTACTTTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGCCGGTGCTTTTAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCa < 1:967405/149‑1 (MQ=255) tttACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAgg > 1:110015/1‑151 (MQ=255) cccTGGCGGCCTTTGTGGGGTTGGTTATCAAGCCTTCCCCGGACCCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAAGGGTGGTGGTCGGTAATTTATCCGACGGTGCTTTTAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTac < 1:31854/150‑1 (MQ=255) ccTGGCGGCCTTTGGGGGGCTGTTTATCAACCCTTCCCCGGACCCTGTCGTATTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAATTTACCCGACGGTG‑GTTTAAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGt < 2:268201/148‑1 (MQ=255) ggcggcCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTaccacc > 2:676861/1‑151 (MQ=255) gcggcCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTaccacc > 2:896329/1‑150 (MQ=255) ggcCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACctgg > 1:508548/1‑151 (MQ=255) ctaTTGTGGGTCTGTTTATCAAGCTTTTCCGGGAACCTGTCTTACTGTTATTTGCCGTTGCTGCCTCAAGGGTGGTGGTGGGTAATTTACCCGACGGTGCGTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTa < 2:306230/139‑1 (MQ=255) gggCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTATTGTTAATTGCCTTTGCTGCCTCAAGGGGGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTtct < 1:951465/151‑1 (MQ=255) tttCCCGGAGCCTGTCTTCTTGTTAATCCCCTTTGCTCCCTAAAGGGGGGTGGCCGGTATCTACTCCGAGGGTGTTTTAAAAC‑CCCCCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCtt < 1:733384/147‑1 (MQ=255) tttCCCGGAACCTGTCGTCCTTTTAATTGCCTTTGCTGCCTCAATGGTGTTGGGCGGTAACTTATCGGACGGTGCTTTTAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTaa < 1:213279/149‑1 (MQ=255) ttCCCGGACCCGGTCGTACTGTAAATTGCCGTCCCTGCCACAATGGTGGTGGTGGGTAATTTATCCGAGGGTGCTTTTAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAgc < 1:535317/150‑1 (MQ=255) acccTGTCGTACTGTTATTTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCAtt < 1:730981/149‑1 (MQ=255) ccTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGGGGTGGTGGGTAACTTACCCGAGGGTG‑GTTTAAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTtg < 1:88026/151‑1 (MQ=255) cTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTtgt > 2:331163/1‑151 (MQ=255) gTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGacc > 2:592406/1‑150 (MQ=255) tACTTTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGGGGTGGTGGGTAATTTATCCGACGTTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGacc < 2:221557/149‑1 (MQ=255) ttAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGtt > 1:59876/1‑151 (MQ=255) tAATTGCGGTTGCTGCCTCAGTGGTGGTGGCCGGTATTTTGTCCGCCGTGGTTTTTAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGa < 2:729700/141‑1 (MQ=255) aTTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGttt > 1:750571/1‑149 (MQ=255) ttgcccccTAAATGGTGGTGGTCGGTAACTTACCCGACGGTGCTTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTa < 1:390464/141‑1 (MQ=255) ttGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACg > 1:872873/1‑151 (MQ=255) gctgcCTCAATGGTGGGGGTCGGTAACTTCTCCGCCGGTGCGTTTAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACg < 1:774383/149‑1 (MQ=255) cTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGcc > 1:443243/1‑151 (MQ=255) aaggggtgtggtCGTTACTTTCTCCGAGGGTGTGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTAt < 2:371734/137‑1 (MQ=255) aaTGGTGGTGGTCGGTATCTTATCCGACGGTGCGTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGcc < 2:718236/148‑1 (MQ=255) aTGGTGGTGGTCGGTAACTTATCAGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATc > 2:856131/1‑151 (MQ=255) ggtggtggtCGTAAATTTACCCGAGGGGGCGTTTAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTg < 2:745789/143‑1 (MQ=255) ggtggtggtCGGTAACTTATCGGAGGGGGCTTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATct < 2:156183/150‑1 (MQ=255) tagatactttATCCGACGGTGCGTTTAAAC‑CCTCCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGAttt < 2:204270/142‑2 (MQ=255) tCGTTAACTTACCCGCCGGTGCTTTAAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTg < 1:235559/150‑1 (MQ=255) gttAACTTATCCGACGGTGCGTTAAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGt < 2:819067/148‑1 (MQ=255) ggTAACTTATCCGACGGTGCTTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTa < 1:354052/151‑1 (MQ=255) ggTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTgg > 1:686816/1‑149 (MQ=255) aatttATCCGACGTTGCTTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTaaa < 1:215833/147‑1 (MQ=255) aaCTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTgg < 1:553160/146‑1 (MQ=255) ttctCCGACGGTGCGTTTAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAAt < 2:177506/146‑1 (MQ=255) ttATCCGCCGGTGCTTTTAACA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATc < 2:339722/150‑1 (MQ=255) ccGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTa > 1:908472/1‑150 (MQ=255) cGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAac > 2:569289/1‑151 (MQ=255) gACGGTGCGTTTAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATc < 1:677135/144‑1 (MQ=255) cGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAAcacc > 1:39565/1‑151 (MQ=255) ggTGCTTTAAAAC‑CCGCCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCgg < 2:274410/143‑1 (MQ=255) ggTGCTTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAAcacc < 1:2181/150‑1 (MQ=255) ggTGCGTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAAcacc < 2:600879/150‑1 (MQ=255) tttAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGctgg > 1:529459/1‑151 (MQ=255) ttaaaac‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGct < 1:163346/146‑1 (MQ=255) aaac‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGctgg < 1:750214/148‑1 (MQ=255) | TAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGCTGG > NC_000913/801969‑802262 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |