| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 29,486 | 0 | C | A | 41.8% | 117.8 / 45.2 | 91 | intergenic (+291/‑165) | dapB/carA | dihydrodipicolinate reductase/carbamoyl phosphate synthetase small subunit, glutamine amidotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (38/15); new base A (0/38); total (38/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.28e-13 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTTTTGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGT‑CGCTTAATGCCTGTAAAACATGCAT‑GAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATAT > NC_000913/29336‑29635 | tttttGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGT‑CGCTTAATGCCTGTAAAACATGCAT‑GAGCcac > 1:766825/1‑151 (MQ=255)tttttGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGT‑CGCTTAATGCCTGTAAAACATGCAT‑GAGCcac > 1:753404/1‑151 (MQ=255) ttttGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGT‑CGCTTAATGCCTGTAAAACATGCAT‑GAGCcac > 2:857411/1‑150 (MQ=255) 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aaTGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGT‑CGCTTAATGCCTGTAAAACATGCAT‑GAGCCACAAAATAATATaa > 1:950058/1‑150 (MQ=255) aTGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATCCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGT‑CGCTTAATGCCTGTAAAACATGCAT‑GAGCCACAAAATAATATaaaa < 1:620502/151‑1 (MQ=255) gTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGT‑CGCTTAATGCCTGTAAAACATGCAT‑GAGCCACAAAATAATATaaaaa < 1:1191071/150‑1 (MQ=255) tAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGT‑CGCTTAATGCCTGTAAAACATGCAT‑GAGCCACAAAATAATATAAAAAAt > 2:1000213/1‑151 (MQ=255) tAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGT‑CGCTTAATGCCTGTAAAACATGCAT‑GAGCCACAAAATAATATAAAAAAt > 1:852058/1‑151 (MQ=255) aaaTTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGT‑CGCTTAATGCCTGTAAAACATGCAT‑GAGCCACAAAATAATATAAAAAATc > 2:555037/1‑151 (MQ=255) aTTTTGACCATTTGGTCCACTTCTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGT‑CGCTTAATGCCTGTAAAACATGCAT‑GAGCCACAAAATAATATAAAAAATccc < 1:1147131/151‑1 (MQ=255) ttttGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGT‑CGCTTAATGCCTGTAAAACATGCAT‑GAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCg > 2:1210569/1‑151 (MQ=255) tttGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGT‑CGCTTAATGCCTGTAAAACATGCAT‑TAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCg < 2:1012288/150‑1 (MQ=255) ggTCCTTTTTTTTCTGCTCTTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGTTTAGATGATTTTTTTGT‑CGTTTAATGCCTGAAAAACATGCAT‑GACCCAAAAAATAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGa < 1:696088/151‑1 (MQ=255) 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TTTTTGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGT‑CGCTTAATGCCTGTAAAACATGCAT‑GAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATAT > NC_000913/29336‑29635 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |