| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 144,184 | 0 | T | G | 37.8% | 145.2 / 24.0 | 92 | G161G (GGT→GGG) | yadH | putative ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (13/43); new base G (34/0); total (48/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.27e-14 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGCGTGGCGCGTGGTCTGTTTGTTGGCATTCTGGTGACGGCAATTTCACTGTTTTTTGTGCCATTTCAGGTGCATTCGTGGGTATTCGTTGCCTTAACGCTGGTGCTCACGGCGGTGTTGTTCTCCCTTGCGGGTTTGCTGAAC‑GGTGTGTTT‑GCCAAAACGTTCGATGACATCAGCCTGGTGCCAACCTTTGTGTTAACGCCACTCACGTATTTGGGCGGGGTCTTTTACTCACTGACTTTGTTGCCGCCGTTCTGGCAAGGGCTGTCGCACCTGAACCCAATCGTTTATATGATC > NC_000913/144038‑144334 | ggcgttgcgCGTGGTCTGTTTGTTGGCATTCTGGTGACGGCAATTTCACTGTTTTTTGTGCCATTTCAGGTGCATTCGTGGGTTTTCGTTGCCTTAACGCTGGTGCTCACGGCGGTGTTGTTCTCCCTTGCGGGTTTGCTGAAC‑Ggtgtgt < 2:593897/151‑1 (MQ=255)ggcgtggcgCGTGGTCTGTTTGTTGGCATTCTGGTGACGGCAATTTCACTGTTTTTTGTGCCATTTCAGGTGCATTCGTGGGTATTCGTTGCCTTAACGCTGGTGCTCACGGCGGTGTTGTTCTCCCTTGCGGGTTTGCTGAAC‑Ggtgtgt < 1:1053969/151‑1 (MQ=255) cgtggcgCGTGGTCTGTTTGTTGGCATTCTGGTGACGGCAATTTCACTGTTTTTTGTGCCATTTCAGGTGCATTCGTGGGTATTCGTTGCCTTAACGCTGGTGCTCACGGCGGTGTTGTTCTCCCTTGCGGGTTTGCTGAAC‑GGTGTGttt < 1:502172/151‑1 (MQ=255) gtgccgCGTGGTCAGTTTGTTGTAATTCTGGTGAAGGCAATTTAACTGTTTTTTGTGCCATTTCAGGTGCATTAGAGGGTATTCGCTGCCTTAAACCTGGTGTTCACGGCGGCGGTGTTTCCCCATCCCGGGCTGCTGAAC‑Gttgactttt > 2:1039640/1‑145 (MQ=255) gcgcGTGGTCTGTTTGTTGGCATTCTGGTGACGGCAATTTCACTGTTTTTTGTGCCATTTCAGGTGCATTCGTGGGTATTCGTTGCCTTAACGCTGGTGCTCACGGCGGTGTTGTTCTCCCTTGCGGGTTTGCTGAAC‑GGTGTGTTT‑GCCa < 2:828207/151‑1 (MQ=255) gcgcGTGGTCTGTTTGTTGGCATTCTGGTGACGGCAATTTCACTGTTTTTTGTGCCATTTCAGGTGCATTCGTGGGTATTCGTTGCCTTAACGCTGGTGCTCACGGCGGTGTTGTTCTCCCTTGCGGGTTTGCTGAAC‑GGTGTGTTT‑GCCa < 1:805325/151‑1 (MQ=255) cgggTGGTCTGTTTGTTGGCAGTCTGGTGACGGCAATTTCCCTGTTTTTTGTGCCATTTCAGGTTCATTCGTGGGTATTCGTTGCCTTACCGCTGGTGCTCACGGCCGTGTTGTTCTCCCTTGCGGGTCTGCTGAAC‑GGTGTGTTT‑GCCaa < 2:84195/148‑1 (MQ=255) gcgTGGTCTGTTTGTTGGCATTCTGGTGACGGCAATTTCACTGTTTTTTGTGCCATTTCAGGTGCATTCGTGGGTATTCGTTGCCTTAACGCTGGTGCTCACGGCGGTGTTGTTCTCCCTTGCGGGTTTGCTGAAC‑GGTGTGTTT‑GCCaaa < 1:588285/151‑1 (MQ=255) 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ggTTTGCTGAAC‑GGTGTGTTT‑GCCAAAACGTTCGATGACATCAGCCTGGTGCCAACCTTTGTGTTAACGCCACTCACGTATTTGGGCGGGGTCTTTTACTCACTGACTTTGTTGCCGCCGTTCTGGCAAGGGCTGTCGCACCTGAACCCaa < 1:1531910/151‑1 (MQ=255) gTTTGCTGAAC‑GGTGTGTTT‑GCCAAAACGTTCGATGACATCAGCCTGGTGCCAACCTTTGTGTTAACGCCACTCACGTATTTGGGCGGGGTCTTTTACTCACTGACTTTGTTGCCGCCGTTCTGGCAAGGGCTGTCGCACCTGAACCCAAt > 2:324614/1‑151 (MQ=255) gCTGAAC‑GGTGTGTTT‑GCCAAAACGTTCGATGACATCAGCCTGGTGCCAACCTTTGTGTTAACGCCACTCACGTATTTGGGCGGGGTCTTTTACTCACTGACTTTGTTGCCGCCGTTCTGGCAAGGGCTGTCGCACCTGAACCCAATCGtt < 1:1612635/151‑1 (MQ=255) gAAC‑GGTGTGTTT‑GCCAAAACGTTCGATGACATCAGCCTGGTGCCAACCTTTGTGTTAACGCCACTCACGTATTTGGGCGGGGTCTTTTACTCACTGACTTTGTTGCCGCCGTTCTGGCAAGGGCTGTCGCACCTGAACCCAATCGTTtat > 1:62313/1‑151 (MQ=255) aC‑GGTGTGTTT‑GCCAAAGCGTTCGATTACATCAGCCTGGTGCCAACCTTTGTGTTAACGCCACTCACGTATTTGGGCGGGGTCTTTTACTCACTGACTTTGTTGCCGCCGTTCTGGCAAGGGCTGTCGCACCTGAACCCAATCGTTTatat < 2:1515705/151‑1 (MQ=255) 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GGCGTGGCGCGTGGTCTGTTTGTTGGCATTCTGGTGACGGCAATTTCACTGTTTTTTGTGCCATTTCAGGTGCATTCGTGGGTATTCGTTGCCTTAACGCTGGTGCTCACGGCGGTGTTGTTCTCCCTTGCGGGTTTGCTGAAC‑GGTGTGTTT‑GCCAAAACGTTCGATGACATCAGCCTGGTGCCAACCTTTGTGTTAACGCCACTCACGTATTTGGGCGGGGTCTTTTACTCACTGACTTTGTTGCCGCCGTTCTGGCAAGGGCTGTCGCACCTGAACCCAATCGTTTATATGATC > NC_000913/144038‑144334 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |