| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,423,294 | 0 | T | C | 41.0% | 135.3 / 25.1 | 95 | intergenic (+100/+129) | yhdZ/rrfF | putative amino acid ABC transporter ATPase/5S ribosomal RNA of rrnD operon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (16/40); new base C (39/0); total (55/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.08e-14 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATCCTAAATCAGAGCGTACGAGGGCATTTTTATCGCAGGTAATCCATTAATTGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTCCTGCCCGCCACCCT‑CCGGGCC‑GTTGCTTCGC‑AACGTTC‑AAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCGGGAGAGTGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTATTTGATGTCTGGCAGTTCCCTACTCT > NC_000913/3423145‑3423444 | acccTAAATCAGAGCGTACGAGGGCATTTTTATCGCAGGTAAACCATTAATTGCATGCTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGG‑GGCCCGCCCCCCCCCCT‑c > 2:1169389/3‑151 (MQ=255) aaaTCAGAGCGTACGAGGGCATTTTTATCGCAGGTAATCCATTAATTGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTCCTGCCCGCCACCCT‑CCGGGc < 2:1333715/151‑1 (MQ=255) aaaTCAGAGCGTACGAGGGCATTTTTATCGCAGGTAATCCATTAATTGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTCCTGCCCCCCACCCC‑CCcgg > 1:725151/1‑150 (MQ=255) aaTCAGAGCGTACGAGGGCATTTTTATCGCAGGTAATCCATTAATTGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTCCTGCCCGCCCCCCC‑CCGGGcc > 1:266711/1‑151 (MQ=255) aTCAGAGCGTACGAGGGCATTTTTATCGCAGGTAATCCATTAATTGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GGCCTGCCCCCCACCCC‑CCCGGcc > 1:849782/1‑150 (MQ=255) agagCGTACGAGGGCATTTTTATCGCAGGTAATCCATTAATTGCATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGG‑GGCCCGCCCGCCACCCT‑CCggg > 2:709585/1‑145 (MQ=255) agagCGTACGAGGGCATTTTTATCGCAGGTAATCCATTAATTGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTCCTGCCCGCCACCCT‑CCGGGCC‑Gtt < 2:1020349/150‑1 (MQ=255) gagCGTACGAGGGCATTTTTATCGCAGGTAATCCATTAATTGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGG‑GCCCCGGCCGCCCCCCC‑CCCGGcccgtg > 2:904631/1‑146 (MQ=255) cGTACGAGGGCATTTTTATCGCAGGTAATCCATTAATTGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGG‑GTCCCGCCCGCCACCCC‑CCcgg > 2:742935/1‑141 (MQ=255) gTACGAGGGCATTTTTATCGCAGGTAATCCATTAATTGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GGGTCGCCCCCCAACCC‑CCTGGCC‑Gt > 2:1299687/1‑144 (MQ=37) cGAGGGCATTTTTATCGCAGGTAATCCATTAATTGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTCCTGCCCGCCACCCT‑CCGGGCC‑GTTGCTTCGC‑aa < 2:78504/151‑1 (MQ=255) aGGGCATTTTTATCGCAGGTAATCCATTAATTGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTCCTGCCCGCCACCCT‑CCGGGCC‑GTTGCTTCGC‑AACg < 1:104597/151‑1 (MQ=255) gggCATTTTTATCGCAGGTAATCCATTAATTGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTCCTGCCCGCCACCCT‑CCGGGCC‑GTTGCTTCGC‑AACGt < 2:250902/151‑1 (MQ=255) cATTTTTATCGCAGGTAATCCATTAATTGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTCCCGCCCCCCCCCCC‑CCCGGCC‑GGTGCTTCGC‑CACAtt > 1:1035337/1‑149 (MQ=25) cATTTTTATCGCAGGTAATCCATTAATTGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GGCCTTCCCCCCCCCCC‑CCCGGCC‑GCTGGtt > 2:797947/1‑140 (MQ=37) aTTTTTATCGCAGGTAATCCATTAATTGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTCCTGCCCGCCACCCT‑CCGGGCC‑GTTGCTTCGC‑AACGTTC‑aa < 1:1047441/151‑1 (MQ=255) aTTTTTATCGCAGGTAATCCATTAATTGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTATGGCAGTTTATGGCGGGCGGTCCT‑CCCTCCACCCC‑CCCGTCC‑GGGTCTTCGcccagctta > 2:1288614/1‑142 (MQ=255) ttATCGCAGGTAATCCATTAATTGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTCCCTCCCCCCCCCCC‑CCCGGCC‑GGTGCTTCGC‑AACGTTC‑AAATcc > 1:1346088/1‑151 (MQ=25) 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cATTAATTGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTCCTGCCCCCCCCCCC‑CCCGGCC‑GTTGCTTCGC‑AACGTTC‑AAAACCGCTCCccgcggggtt > 1:1272993/1‑147 (MQ=18) cATTAATTGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GGCCTGCCCCCCCCCCC‑CCCGGCC‑GGTGCTTCGC‑AACGTTT‑AAATCCCCTCCccgcggggtt > 1:1311088/1‑147 (MQ=255) aTTAATTGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTGCCGCCCGCCCCCCC‑CCGCGCC‑GTGGGTTCCC‑AACGCTT‑CCATCCGCCCCCCGCCGGttt > 1:397191/1‑150 (MQ=255) aTTAATTGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTCCTGCCCGCCACCCT‑CCGGGCC‑GTTGCTTCGC‑AACGTTC‑AAATCCGCTCCCGGCGGATTTg < 1:323719/151‑1 (MQ=255) tAATTGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTGCCGTCCGCCACCCC‑CCCGGCC‑GTTTCTTTGC‑TACGTTCAAAACCCGCCCCCGCCGGttt > 2:539827/1‑148 (MQ=18) ttGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GGCCTGCCCCCCACCCC‑CCCGGCC‑GTTGCTTCGC‑AACGGTC‑AAAACCGCCCCCCGCGGAttttttc > 1:1455465/1‑145 (MQ=18) tGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTGCCGCCCCCCACCCC‑CCCGGCC‑GGTGCTGCGC‑AACGGTC‑ACAACCCCTCCCCCCGCATTTGTTCttc > 2:148815/1‑149 (MQ=18) gAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GGCCCTCCCCCCACCCC‑CCCGGCC‑GTTTCTTCCC‑AAAGCTC‑AAAATCGCCCCCCGCGGGTTTGTTCTAc > 2:1246775/1‑150 (MQ=255) gTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTCCTGCCCGCCACCCT‑CCGGGCC‑GTTGCTTCGC‑AACGTTC‑AAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCgg < 1:175471/150‑1 (MQ=255) ttAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTCCCGTCCCCCGCCCT‑CCCGGGC‑GTTGCTTTGA‑AACCTTC‑AAAACACCTCCCCGGGGGATTGTCCTACTc > 2:863213/1‑147 (MQ=17) 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aaaaaGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGA‑GGCCTGCCCGCCACCCC‑CCCGGCC‑GGTGCTTCCC‑CAAGTTT‑ACAACTGCCCCCCGCGGGTTTTTTCTACTCTCGAGGGGGTTCTCCGac > 2:1194788/1‑151 (MQ=255) aaaaGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GGGCCTCCCCCCCCCCT‑CCCGGCC‑GGGTCTTTGC‑AACCATC‑AAATACGCCCCCCGCGGGGTTGTTCTTCTCGGGAGGGGGttttcc > 2:1106600/1‑143 (MQ=255) aaaaGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGCC‑GGCCTGCCCCCCCCCCTCCCGGGCC‑GCT‑CTTCGC‑AAAATTT‑AAATACCCCCCCCGCGGGGTTGTCCTACTCCGGGGAgggtgctccc > 2:1259320/1‑142 (MQ=255) aatgCCATCCTTTCGGCTGTCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTCCTCCCCGCCACCCT‑CCGGGTC‑GTTGCTTCGC‑AACGTTC‑AAATCCGCTCCCGGCGTATTTGTCCTACTCGGGAGAGTGTTCACCGacaaa < 2:237985/148‑1 (MQ=17) aaGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTCCTGCCCGCCACCCT‑CCGGGCC‑GTTGCTTCGC‑AACGTTC‑AAAACCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCGGGAGAGTGTTCACCGacaaa < 1:1173829/151‑1 (MQ=255) 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tATGGCGGGC‑GTCCTGCCCGCCACCCT‑CCGGGCC‑GTTGCTTCGC‑AACGTTC‑AAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCGGGAGAGTGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGtttt < 1:1388401/150‑1 (MQ=38) gcgggc‑gTCCTGCCCGCCACCCT‑CCGGGCC‑GTTGCTTCGC‑AACGTTC‑AAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCGGGAGAGTGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTATTTg < 2:1400080/151‑1 (MQ=38) tgggc‑gTCCTGCCCGCCACCCT‑CCGGGCC‑GTTGCTTCGC‑AACGTTC‑AAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCGGGAGAGTGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTATTTg > 2:950476/2‑150 (MQ=38) gggc‑gTCCTGCCCGCCACCCT‑CCGGGCC‑GTTGCTTCGC‑AACGTTC‑AAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCGGGAGAGTGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTATTTGAt < 1:803324/151‑1 (MQ=38) gTCCTGCCCGCCACCCT‑CCGGGCC‑GTTGCTTCGC‑AACGTTC‑AAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCGGGAGAGTGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTATTTGATGTc < 1:1346141/150‑1 (MQ=40) gTCCTGCCCGCCACCCT‑CCGGGCC‑GTTGCTTCGC‑AACGTTC‑AAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCGGGAGAGTGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTATTTGATGTCt > 2:323276/1‑151 (MQ=40) tCCTGCCCGCCACCCT‑CCGGGCC‑GTTGCTTCGC‑AACGTTC‑AAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCGGGAGAGTGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTATTTGATGTCTg > 2:846037/1‑151 (MQ=40) ccTGCCCGCCACCCT‑CCGGGCC‑GTTGCTTCGC‑AACGTTC‑AAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCGGGAGAGTGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTATTTGATGTCTgg < 2:624464/151‑1 (MQ=40) gcacGCCACCCT‑CCGGGCC‑GTTGCTTCGC‑AACGTTC‑AAATCCGCTCCCGGCGGATTTGACCTACTCGGGAGAGTGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTATTGGATGTCggg < 2:334136/145‑1 (MQ=255) gCCCGCCACCCT‑CCGGGCC‑GTTGCTTCGC‑AACGTTC‑AAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCGGGAGAGTGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTATTTGATGTCTGGc < 1:1483683/149‑1 (MQ=40) gCCCGCCACCCT‑CCGGGCC‑GTTGCTTCGC‑AACGTTC‑AAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCGGGAGAGTGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTATTTGATGTCTGGCa < 2:724860/150‑1 (MQ=40) gCCACCCT‑CCGGGCC‑GTTGCTTCGC‑AACGTTC‑AAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCGGGAGAGTGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTATTTGATGTCTGGCAGTTcc < 1:1155050/151‑1 (MQ=40) gCCACCCT‑CCGGGCC‑GTTGCTTCGC‑AACGTTC‑AAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCGGGAGAGTGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTATTTGATGTCTGGCAGTTcc > 1:1117816/1‑151 (MQ=40) ccACCCT‑CCGGGCC‑GTTGCTTCGC‑AACGTTC‑AAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCGGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGCCTGAGCCTTTTGTTTTATTTGATGTCTGGCAGTTccc > 2:1375753/1‑151 (MQ=25) aCCCT‑CCGGGCC‑GTTGCTTCGC‑AACGTTC‑AAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCGGGAGAGTGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTATTTGATGTCTGGCAGTTCCCt > 1:1591921/1‑150 (MQ=40) cccT‑CCGGGCC‑GTTGCTTCGC‑AACGTTC‑AAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCGGGAGAGTGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTATTTGATGTCTGGCAGTTCCCt < 2:1392542/149‑1 (MQ=40) cccT‑CCGGGCC‑GTTGCTTCGC‑AACGTTC‑AAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCGGGAGAGTGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTATTTGATGTCTGGCAGTTCCCTa < 2:159768/150‑1 (MQ=40) t‑CCGGGCC‑GTTGCTTCGC‑AACGTTC‑AAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCGGGAGAGTGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTATTTGATGTCTGGCAGTTCCCTActct > 2:279597/1‑151 (MQ=40) t‑CCGGGCC‑GTTGCTTCGC‑AACGTTC‑AAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCGGGAGAGTGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGCCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTATTTGATGTCTGGCAGTTCCCTActct > 2:817153/1‑151 (MQ=255) | ATCCTAAATCAGAGCGTACGAGGGCATTTTTATCGCAGGTAATCCATTAATTGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTCCTGCCCGCCACCCT‑CCGGGCC‑GTTGCTTCGC‑AACGTTC‑AAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCGGGAGAGTGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTATTTGATGTCTGGCAGTTCCCTACTCT > NC_000913/3423145‑3423444 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |