| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,001,918 | 0 | A | C | 44.4% | 107.4 / 14.7 | 63 | intergenic (‑129/+192) | fliA/fliC | RNA polymerase, sigma 28 (sigma F) factor/flagellar filament structural protein (flagellin) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (30/5); new base C (0/28); total (30/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.91e-13 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGC > NC_000913/2001773‑2002066 | gTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCccg < 2:896791/151‑1 (MQ=255) gTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGAAGAAAAAAC‑CCCCGCCGGTg < 1:443391/150‑1 (MQ=255) gTGAATTCACGAAAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGTTTTTTAATCGGACGATTAGGGGGTAAAAGGGGGGGTTTTTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTg < 1:571600/150‑1 (MQ=255) aTTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCggg > 2:670387/1‑151 (MQ=255) cACGATAAACAGCCCTGCTTTATATGAGTTATGGGCATGATTATCCGTTTCTGCGGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTAAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCgggg < 1:521892/149‑1 (MQ=255) cACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATGGGCATGATTATCCGTTTCTGCGGGTTTTTTAATCGGACGATTGGGGGGTGAAAGGAGGGGTTATTTGGGGTTTACAGGTAAATTCCAGGCAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGaa < 2:746976/151‑1 (MQ=255) cACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGa > 2:1015595/1‑150 (MQ=255) aaCGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGa > 1:338276/2‑150 (MQ=255) 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gCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTg > 1:433759/1‑151 (MQ=255) ctttttatGATTTACCGGCATAATTCTCCGTTTCGGCGGGGTTTTTAATGGGAGGATTAGGGGGTGAAAGGGGGGGTTTTTTGGGGGTTAAAGGTAAATTCCAGGCAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACaa < 2:555953/144‑1 (MQ=255) cGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAAt > 2:195416/1‑151 (MQ=255) tataTGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTgc > 2:440263/1‑151 (MQ=255) atGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCt > 1:513952/1‑151 (MQ=255) 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cAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCtt > 2:475965/1‑151 (MQ=255) ggttttttAATCGGCCGTTTAGGGGGTAAAAGGAGGGTTTTTTGGGGGTTTAAGGGAAAATTCCAGGCAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGc < 2:957049/143‑1 (MQ=255) accGGACGATTAGGGGGTAAAATGAGGGTTTTTTTGGGGGTTACAGGTAAATCCCAGGCAGAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTAc < 1:522602/149‑1 (MQ=38) aCGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACaaaa > 1:697719/1‑150 (MQ=255) cGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAAt > 1:244927/1‑151 (MQ=255) 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cAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAagcgcagcgc > 2:267099/1‑151 (MQ=255) aaaac‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAg < 2:147303/151‑1 (MQ=255) aaaac‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAg < 1:28232/151‑1 (MQ=255) aaaaa‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATc > 2:989848/1‑149 (MQ=255) aa‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGc > 2:191872/1‑150 (MQ=255) | GTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGC > NC_000913/2001773‑2002066 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |