| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,487,163 | 0 | C | T | 41.7% | 45.0 / 13.7 | 37 | intergenic (+200/‑72) | hrpA/ydcF | putative ATP‑dependent helicase/DUF218 superfamily protein, SAM‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/21); new base T (15/0); total (16/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.80e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.61e-01 | |||||||||||
ATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTAAGGACATACGATTTCCTCCTTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGT‑A‑TTCTTAAGGGAACGATAAGGAGGAACCATGAACATTACCCCGTTTCCGACGCTTTCGCCGGCAACTATAGATGCCATAAATGTTATCGGACAGTGG > NC_000913/1487021‑1487303 | attaATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTAAGGACATACGATTTCCTCCttt < 2:271587/150‑1 (MQ=255) aTTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑CTTATGAAATAATATTTTTTCCttt > 2:96825/1‑146 (MQ=255) cTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTTAAGAAAAAAAAATTTCTCCTTTccca > 2:126539/1‑144 (MQ=255) tAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTAACGACAAAAAATTTTCTCCTTTCTCAGTGGTccccct > 1:398029/1‑145 (MQ=255) aaGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTAAGGACATACGATTTCCTCCTTTCAGAGTGCTCCGCTtctc < 1:349856/151‑1 (MQ=255) gTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTAAGGACATACGATTTCCTCCTTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACta < 2:523007/151‑1 (MQ=255) gTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTAAGGACATACGATTTCCTCCTTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACta < 1:535028/151‑1 (MQ=255) aaaaaTTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTAAGGACATACGATTTCCTCCTTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACtatt < 2:81718/151‑1 (MQ=255) aaaaTTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGGTTTAAGAAAAAACAATTT‑CTCCTTTTTGAGGGCTCCCCCTCTCCCcatt > 1:199198/1‑150 (MQ=255) 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gAGTGGCGG‑TTAAGGACATACGATTTCCTCCTTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGT‑A‑TTCTTAAGGGAACGATAAGGAGGAACCATGAACATTACCCCGTTTCCGACGCTTTCGCCGGCAACTATAGATGCCATaaa < 2:514807/151‑1 (MQ=255) gCGG‑TTAAGGACATACGATTTCCTCCTTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGT‑A‑TTCTTAAGGGAACGATAAGGAGGAACCATGAACATTACCCCGTTTCCGACGCTTTCGCCGGCAACTATAGATGCCATAAATGTTa < 1:488894/151‑1 (MQ=255) cATACGATTTCCTCCTTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGT‑A‑TTCTTAAGGGAACGATAAGGAGGAACCATGAACATTACCCCGTTTCCGACGCTTTCGCCGGCAACTATAGATGCCATAAATGTTATCGGACAGtgg < 2:462746/151‑1 (MQ=255) | ATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTAAGGACATACGATTTCCTCCTTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGT‑A‑TTCTTAAGGGAACGATAAGGAGGAACCATGAACATTACCCCGTTTCCGACGCTTTCGCCGGCAACTATAGATGCCATAAATGTTATCGGACAGTGG > NC_000913/1487021‑1487303 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |