| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,376,505 | 0 | A | C | 52.3% | 42.3 / 64.4 | 44 | T158P (ACC→CCC) | ycjR | putative TIM alpha/beta barrel enzyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (16/5); new base C (0/23); total (16/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.88e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.54e-06 | |||||||||||
GCTTACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCG > NC_000913/1376356‑1376637 | gCTTACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAacac > 1:312940/1‑151 (MQ=255) ttACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACAccc > 1:332864/1‑151 (MQ=255) ccgccgATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTc < 2:578258/150‑1 (MQ=255) cgccgATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGc > 1:564397/1‑151 (MQ=255) tCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCccgcc > 1:587251/1‑151 (MQ=255) tAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACAt > 2:61276/1‑150 (MQ=255) ggACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGa > 1:672657/1‑150 (MQ=255) gACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGaa > 1:95293/1‑150 (MQ=255) tggCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAAc > 1:159502/2‑151 (MQ=255) ccGAAAAATGGGGGTTGATTCCCGGCGCGTCATGGAACAGGTCGCCGCGCTTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGACCCTTTAAC‑CCGCTACCAGAATCATATAAACACCCCCCTCGCCGAGGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGAt < 1:147502/148‑1 (MQ=255) cgaaaaaTGGGGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGGCCCCGCGCGTCCCGGACCCGTGGTGTACCTCGAACCGTAAAC‑CCGCTATCAGAATAATATGACAACCCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGAt < 1:128013/144‑1 (MQ=255) aaaaaaTGGTGATTGTTCCCCTGGTCTTCCGGGACCGGTCCGCCGCGCGTACCGAAACCGTGTTTTATCTCAACCCTTTAAC‑CCGCTTAAAGGATCATATGACCAACCCCCGCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTaa < 1:604460/149‑1 (MQ=255) cAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTaa > 1:295128/1‑150 (MQ=255) aaatgggTGAGTGTTTCCCGGCGCGTACGGAAACGGGTCGCCGCGCTTACGGGACCGGTGGTGTATCTCGACCCTTTAAC‑CCGCTATCAGGATAATATGATAAACACCCCCCCGGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTaa < 1:588496/144‑1 (MQ=255) aaaaTGGTGATTGATCCCCTGCGCGTACTGAAACAGGTCGCCGCGCGTCCGGGACCCGTGGTGTATCTCGACCCTTAAAC‑CCGCTATAAGGATCATATGATCAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGAt < 2:233730/144‑1 (MQ=255) aaaaTGGGGGTTGTTCCCCTGCGCGTAGTGAAACAGGTCGCCGCGCGTCCGGAAACGGTGTTTTATCGCGAACTTTAAAC‑CCTCTTTCGGGTTCTTTTGACAACCCCCCCCGCGGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTaaa < 2:603771/150‑1 (MQ=255) tGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTCCTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGACCCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATg < 1:528466/150‑1 (MQ=255) gggggtgttccccTGCGCGTCCTGAAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACGGTGGTGTATCTCGAACCGTAAAC‑CCGCTATCAGGATAATATGAACAACCCCCCCGCCGAGGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTAc < 2:672582/141‑1 (MQ=255) 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ccTGCGCGTGCTGGAACAGGTCGCCGCGCGTGCCGGAACGGTGGTTTATCTCGAACCTTAAAA‑CCGATATCAGGATAATATGATCAACACCCTCGCCGAGGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTa < 1:512973/146‑1 (MQ=255) gcgcGTACTGAAACGGGTCGCCGCGCGTCCGGGAACGGTGGTGTATCCCAAGCCTTAAAC‑CCGCTATCAGGATAATATGAACACCCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGAt < 2:633714/151‑1 (MQ=255) gTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCt > 1:80690/1‑151 (MQ=255) tACTGAAACGGGTCGCCGCGCGTCCCGGACCGGTGGTGTATC‑CCAACCCTTAAACCCGCTATCAGGATCATATGATCACCCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGAttt < 2:243095/148‑1 (MQ=255) accAGGCCGCGGGGCGTACCGGACCCGTGGTGTATC‑CGAACCCTTAAACCCGTTACCAGGATAAAATAATCACCCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATca < 1:325328/146‑1 (MQ=255) 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acccGGGGTTTATCTCAACCCTTTAAC‑CCGTTATCTGGTCCATATGATCAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGAt < 2:417046/143‑1 (MQ=255) aCCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTgg > 1:600202/1‑151 (MQ=255) gtggtgTATCTCAACCCGTAAAC‑CCGCTATAAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGAt < 1:483529/141‑1 (MQ=255) ggtgTATCTCGAACCGTTAAC‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAg < 2:647158/151‑1 (MQ=255) tgtATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGgc > 1:526786/1‑151 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |