| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,292,458 | 0 | T | A | 39.8% | 114.8 / 42.8 | 83 | intergenic (+93/+51) | galU/hns | glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase/global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (37/13); new base A (0/33); total (37/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.97e-13 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACCCTTGGCACGGAATTTAAAGCCTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTC‑TTATTAAATTGTCTTAAACC‑GG‑ACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTT > NC_000913/1292309‑1292602 | acCCTTGGCACGGAATTTAAAGCCTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTC‑TTATTAAATTGTCTTAAACC‑GG‑ACAAt > 2:609931/1‑150 (MQ=255) cTTGGCACGGAATTTAAAGCCTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTC‑TTATTAAATTGTCTTAAACC‑GG‑ACAATaaa > 1:1151387/1‑150 (MQ=255) tGGCACGGAATTTAAAGCCTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTC‑TTATTAAATTGTCTTAAACC‑GG‑ACAATaaaaa < 2:251970/150‑1 (MQ=255) ggCACGGAATTTAAAGCCTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTC‑TTATTAAATTGTCTTAAACC‑GG‑ACAATAAAAAAt < 1:1019508/151‑1 (MQ=255) cACGGAATTTAAAGCCTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTC‑TTATTAAATTGTCTTAAACC‑GG‑ACAATAAAAAATcc < 2:1132309/151‑1 (MQ=255) ggAATTTAAAGCCTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTC‑TTATTAAATTGTCTTAAACC‑GG‑ACAATAAAAAATCccgc > 1:87729/1‑151 (MQ=255) aTTTAAAGCCTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTC‑TTATTAAATTGTCTTAAACC‑GG‑ACAATAAAAAATCccgccg > 1:443151/1‑150 (MQ=255) tttAAAGCCTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTC‑TTATTAAATTGTCTTAAACC‑GG‑ACAATAAAAAATCCCGCCGCt > 1:279161/1‑151 (MQ=255) aGCCTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTC‑TTATTAAATTGTCTTAAACC‑GG‑ACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCgg > 2:43868/1‑151 (MQ=255) gCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTC‑TTATTAAATTGTCTTAAACC‑GG‑ACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGAtttt > 2:203620/1‑151 (MQ=255) ttGAAGAAGAGAGGGGCATAAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTACCCACGAAACGGCGTTGAGCAACCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTC‑TTATTAAATTGTCTTAACCC‑GG‑AAAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTa < 1:205440/150‑1 (MQ=255) aaagaagAGAGGGCCATTAAATAGCACCCTCCGTATGTGTGTTACCCACGAACCGGCTTTGACCAACCGACGCTTTTTTTTTATATCTTATTC‑TTATTAAGTATTTTAAAACC‑GG‑ACAAAAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAg < 2:84131/149‑1 (MQ=255) aagaagAGATGGGCATTAGAAAGTAACATCCTTATGGGTTTTACCCACAAAACGGTTTGGAGCAATCGACGCTTTTTTTTTATAGCTTTTTC‑TTATTAAATTTTTTAAACCC‑GG‑AAAAAAAAAAACCCCGCCGCTGGCGGGATTTTaa < 2:472135/148‑1 (MQ=255) agaTGGGAATAAAAAAGTAACACCCGTATCGGTTTTACCCAAAAAACGGCTTTGAGAAATCGACGCCTTTTTTTTATAGCTTATTT‑TTATTAAATTTTTTAAACCC‑GG‑AAAATAAAAACCCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTg < 2:441119/149‑1 (MQ=255) tGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTC‑TTATTAAATTGTCTTAAACC‑GG‑ACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGGGCaa > 2:768889/1‑149 (MQ=255) gggAATAAAGAATTAACATCCGTATCGGTTTTACCCACGAAACGGCTTTGAGCAATCGACCCTTTTTTTTTATAGTTTATTC‑TTTTTAATTTTTTTAAACCC‑GG‑ACAATAAAAACCCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCt < 2:1139026/151‑1 (MQ=255) ggCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTC‑TTATTAAATTGTCTTAAACC‑GG‑ACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCt > 2:97854/1‑150 (MQ=255) cATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTC‑TTATTAAATTGTCTTAAACC‑GG‑ACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTAc > 2:754171/1‑150 (MQ=255) tAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTC‑TTATTAAATTGTCTTAAACC‑GG‑ACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACaaa > 1:908023/1‑150 (MQ=255) aagaagTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTC‑TTATTAAATTGTCTTAAACC‑GG‑ACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACaaa > 2:623647/1‑149 (MQ=255) agaagTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCTTTGAGCAATCGGCGCCGTTTTTTTATAGCTTATTC‑TTATTAAATTGTCTAAACCG‑GG‑AAAAAAAAAAACCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGa < 1:971555/151‑1 (MQ=255) aaaagTACCATCCTTATCGGTTTTTCCCACGAACCGGCGTGGAGCAATCGACGCCTTTTTTTTATAGCTTTTTC‑TTATAAAATTTTATAAACCC‑GG‑ACAAAAAAAAACCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGa < 2:656051/149‑1 (MQ=255) agTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTC‑TTATTAAATTGTCTTAAACC‑GG‑ACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGatt > 1:876807/1‑150 (MQ=255) acacCCGTCTGGGTTTTATCCACGAACCGGAGTGGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATATTTTATTC‑TTATAAAATT‑TTTTAAACCAGA‑ACAAAAAAAAACCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTg < 2:81642/150‑1 (MQ=255) tCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTC‑TTATTAAATTGTCTTAAACC‑GG‑ACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCtt > 2:683506/1‑150 (MQ=255) tCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTC‑TTATTAAATTGTCTTAAACC‑GG‑ACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAATGCAATCTACAAAAGATTATTGCtt > 2:864541/1‑150 (MQ=255) cGTTTCGGTTTTTTCATCGAAATGGGTTTGAGCATCCGTCCCTTTTTTTATATA‑CTTTTTCTTTATAAATTTCTCTTACCCA‑GA‑AAAAAAAAAAACACCGCAGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGAt < 2:685561/151‑1 (MQ=255) cGTATCGGTTTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTC‑TTATTAAATTGTCTTAAACC‑GA‑ACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGa < 2:1110820/150‑1 (MQ=255) aTCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTC‑TTATTAAATTGTCTTAAACC‑GG‑ACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGAt > 1:112338/1‑148 (MQ=255) gggTTTTACCCACAAAACGGCTTTGACCAACCGCCGCTGTTTTTTTATATTTTTTTT‑TTATAAAATT‑TTTTAAACC‑GGAAAAAAAAAAAACCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGAGTATTGCTTGATCAGGa < 2:1242183/150‑1 (MQ=255) ggTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGCCGCTTTTTTTTTATAGCTTTTTC‑TTTTTAAATTGTTTAAACCC‑GG‑AAAAAAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGAt < 1:578020/145‑1 (MQ=255) ggTGTTATCCACAAAACGGCGTTGAGCATTCGACGCGGTTTTTTTATAGCTTATTC‑TTATTAAATTGTCTAAACCC‑GG‑AAAAAAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGaa < 1:377741/151‑1 (MQ=255) ggTGTTACCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTC‑TTATTAAATTTTCTAAAACC‑GG‑ACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAgg < 2:611912/149‑1 (MQ=255) ggTGTGATCCAAGAAGGGGCGTTGGCAAATGGGTGTGGTTTTTATATATTTTATTC‑TTATAAAATTTTTTAAAACG‑GG‑AAAAAAAAAATTCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAgg < 1:279060/149‑1 (MQ=255) aTCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCTTTTTTTTATAGTTTATTC‑TTATTAAATTGTCTTAAACC‑GA‑ACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAAtcgt < 1:196614/150‑1 (MQ=255) cACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTC‑TTATTAAATTGTCTTAAACC‑GG‑ACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAAtcgtcg > 2:49709/1‑149 (MQ=255) acaaaaggggtttGAGAAATCGACCCTTTTTTTTTATACTTTTTTT‑TTATAAATTTTTCTAAACCC‑GA‑ACAAAAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAAtcg < 2:55420/134‑1 (MQ=255) gAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTC‑TTATTAAATTGTCTTAAACC‑GG‑ACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAggg > 1:628798/1‑150 (MQ=255) 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ccGTTTTTTTATAGCTTATTC‑TTATTAAATTGTCTTAAACC‑GG‑ACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTTAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCCTGCTCATCCATTGCtt > 2:1188223/1‑151 (MQ=255) ccGTTTTTTTATAGCTTATTC‑TTATTAAATTGTCTTAAACC‑GG‑ACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCtt > 2:1076084/1‑151 (MQ=255) ccGTTTTTTTATAGCTTATTC‑TTATTAAATTGTCTTAAACC‑GG‑ACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAAATTATTGGTTGAACAGGGAATTGACCAGGGCTTTACCTTGGTCATCCATTGc > 1:616475/1‑149 (MQ=255) gTTTTTTTATAGCTTATTC‑TTATTAAATTGTCTTAAACC‑GG‑ACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCtttt > 2:113021/1‑151 (MQ=255) tttttttATTGATTATTT‑TTATAAATTTGTTTAAAACC‑GT‑AAAATAAAAATTCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTg < 1:458512/145‑1 (MQ=255) 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tg‑ACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCCTTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTAAGGCCTTGGCCAGTCCAggct > 2:90209/2‑149 (MQ=255) | ACCCTTGGCACGGAATTTAAAGCCTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTC‑TTATTAAATTGTCTTAAACC‑GG‑ACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTT > NC_000913/1292309‑1292602 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |