Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,376,505 | 0 | A | C | 45.2% | 119.7 / 22.7 | 73 | T158P (ACC→CCC) | ycjR | putative TIM alpha/beta barrel enzyme |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (37/3); new base C (0/33); total (37/36) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.13e-17 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CTTACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GG‑TGTATCTCGAA‑CCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGC‑CCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCATATTGCGG > NC_000913/1376357‑1376655 | cTTACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GG‑TGTATCTCGAA‑CCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACAcc > 2:165291/1‑151 (MQ=255) cTTACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GG‑TGTATCTCGAA‑CCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACAcc > 2:772395/1‑151 (MQ=255) aCCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GG‑TGTATCTCGAA‑CCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACAcc < 2:454858/148‑1 (MQ=255) gccgATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GG‑TGTATCTCGAA‑CCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGcc > 2:347472/1‑151 (MQ=255) gATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GG‑TGTATCTCGAA‑CCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGAt > 1:236051/1‑151 (MQ=255) gACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GG‑TGTATCTCGAA‑CCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGc‑c < 2:335189/151‑1 (MQ=255) cTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GG‑TGTATCTCGAA‑CCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGC‑ccgc > 1:1357904/1‑151 (MQ=255) tCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GG‑TGTATCTCGAA‑CCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGC‑ccgcc > 2:864617/1‑151 (MQ=255) tCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GG‑TGTATCTCGAA‑CCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGC‑ccgc > 2:606999/1‑150 (MQ=255) tCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GG‑TGTATCTCGAA‑CCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGC‑ccg < 1:1029597/149‑1 (MQ=255) cTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GG‑TGTATCTCGAA‑CCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGC‑CCGCCGTTACAtcgtcg > 2:1121755/1‑151 (MQ=255) ggACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GG‑TGTATCTCGAA‑CCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGC‑CCGCCGTTACATCGTCGa > 1:1119075/1‑150 (MQ=255) gACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GG‑TGTATCTCGAA‑CCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGC‑CCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATc > 1:497224/1‑151 (MQ=255) gACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GG‑TGTATCTCGAA‑CCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGC‑CCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATc > 1:1159661/1‑151 (MQ=255) cgaaaaaaGGGTGGGTTTTCCCCGGCGCGTCCGGGAAGGGGCCCCCCCGCGTCCGGGAGCG‑GT‑GG‑TTTACCTCGAC‑CCGTAAA‑C‑CCGT‑TATAAGAATAATATAACCAACCCCCTCGCCGATGC‑CCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCt < 2:805502/146‑1 (MQ=255) ccGCAAAAGGGTGAGTGATCCCCGGCGCGTCTTGAAACAGGGCGCCGCGCGTCCCGGACCC‑GT‑GG‑TTTTCCTCCAC‑CTGTAAA‑A‑CCCC‑AATAAGAAACATTTGAAAAACCCCCCCGCGGTTGC‑CCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATc < 1:391727/149‑1 (MQ=255) cAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GG‑TGTATCTCGAA‑CCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGC‑CCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTaa > 1:628542/1‑150 (MQ=255) aaagTGGTGGGTGTTCCCCGGCGCGTGCTGGAACGGGCCGCCGCGGTTCCCGGCCCT‑GT‑GG‑TTTTCCCCGAC‑CCTTAAA‑C‑CCCC‑TATCAGGATAATATAACCACCCCCCCCGCGGATGC‑CCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAAc < 2:439673/151‑1 (MQ=255) aaTGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GG‑TGTATCTCGAA‑CCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGC‑CCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACAt > 2:354293/1‑151 (MQ=255) tGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GG‑TGTATCTCGAA‑CCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGC‑CCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGt > 1:1327193/1‑151 (MQ=255) ggTGAGTGATTCCCGGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGACCG‑GT‑GG‑TGTATCCCGAC‑CCTTAAA‑A‑CCGC‑TATCAGAATCATATGACCACCCCCCCCGCCGATGC‑CCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTa < 1:1086328/151‑1 (MQ=255) gtgtTTCCCTGCGCGTACTGGAACGGGCCGCCGCGCGTACCGGAACG‑GT‑GG‑TGTATCTCAAA‑CCTTAAA‑C‑CCGC‑TATCAGGATCATATGAACAACCCCCCCGCCGATGC‑CCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAg < 1:1221041/149‑1 (MQ=255) tgcttCCCGGCGCTTACTGGAACAGGCCCCCGCGCGTACCGGACCC‑GT‑GG‑TTTATCTC‑AA‑CCCTTAA‑ACCCGC‑AATCAGAATCATATAATCAACCCCCCCGCCGAGGC‑CCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAg < 2:545963/145‑1 (MQ=255) gaTCCCCTGCGCGTACGGGACCAGGTCGCGGCGGGCCCGGGACCG‑GT‑GG‑TGTTCCTCGAG‑CCTTTAA‑C‑CCGC‑TTTCAGATTCATGTGCGCACCCCCCCCCCCG‑TGCGCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTaaa < 2:1230720/138‑1 (MQ=255) cccTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GG‑TGTATCTCGAA‑CCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGC‑CCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCgg > 1:1306217/1‑151 (MQ=255) ccTGCGCATATGGGAACGGCTCCCGGCCCGTCCCGGACCG‑GT‑GG‑TTTTTC‑CGAA‑CCTTTAACC‑CCGC‑TAGCGGTATCATAAGACCAACCCCCCCCCCTGGGC‑CCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCg < 2:811336/149‑1 (MQ=255) tGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GG‑TGTATCTCGAA‑CCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGC‑CCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCg > 2:1327377/1‑150 (MQ=255) tACTGAAACGGCTCGCCGCGGGTCCCGAACCG‑GG‑GG‑TTTATCAAG‑A‑CCATTAA‑ACCCGC‑AACCAGAAAAATATGACAAACCCCCTCGCCGTTGC‑CCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCt < 1:7363/150‑1 (MQ=255) acggaaagggggccccgcCCGTCCGGGACCG‑GT‑GG‑TTTATCCCAAA‑CCTTAAA‑C‑CCGC‑TATGAGAATAATATGATCAACCCCCTCGCCGATGC‑CCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTAt < 2:647124/137‑1 (MQ=255) accagccccccgcGCGTCCCGGAACC‑GT‑GT‑TTTATCTCGAC‑CCTTTAA‑C‑CCGT‑TATGGGAATCATATGATCACCCCCCCCGCCGATGC‑CCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATc < 2:236049/138‑1 (MQ=255) ggttCGCCGCGCGT‑CCGAAAAC‑GTGGG‑TGTCTCTCAAA‑CCGTTAA‑C‑CCGC‑TATCAGAATAATATAACCAACCCCCTCGCCGATGC‑CCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATg < 2:167299/146‑1 (MQ=255) gggTCGCCGCGCGTCCCGGACCC‑GT‑GG‑TGTATCTCGAA‑CCTTAAA‑C‑CCGC‑TATCAGGATAATATGATCACCCCCCTCGCCGATGC‑CCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGa < 1:282645/149‑1 (MQ=255) ggTCGCCGCGCGTCCCGGACCG‑GT‑GT‑TTTTTCCAGAC‑GCTTAAA‑C‑CCGT‑AAAAAGGATAATATAACAAACCCCCCCGCCGATGC‑CCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGaa < 1:641775/150‑1 (MQ=255) ggTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GG‑TGTATCTCGAA‑CCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGC‑CCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAat > 1:1087891/1‑151 (MQ=255) tCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GG‑TGTATCTCGAA‑CCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGC‑CCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAata > 2:898577/1‑150 (MQ=255) cgccgcGCGTACCGGAACC‑GT‑GG‑TGTATCTCGAA‑CCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGC‑CCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATc > 1:155926/1‑151 (MQ=255) ccccgcGCGTCCCGGACCC‑GT‑GG‑TGTATCCCGAA‑CCTTAAA‑C‑CCTT‑TATCGGAAAAAAATGACAAACCCCCCCGCCGATGC‑CCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATc < 2:139206/149‑1 (MQ=255) ccgcGCGT‑CCCGAACC‑GG‑GGTTGTATCTCGAG‑CCTTAAA‑A‑CGAC‑TACCAGAATCATATGACAACCCCCCGCGCCGATGC‑CCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCg < 1:772411/150‑1 (MQ=255) 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ggaccggggg‑tgTCTCTCAAC‑CCTTTAA‑C‑CCGC‑TATCAGGACAATATGATCAACCCCCCCGCCGATGC‑CCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAAc < 1:1451132/142‑1 (MQ=255) aaCC‑GT‑GG‑TGTATCTCGAA‑CCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGC‑CCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTg > 1:823803/1‑151 (MQ=255) accggt‑gg‑tg‑ATCCCGAACCCTTTAA‑A‑CCGT‑TGTCAGGATCATATAATAACCCCCCCCGCTGATGC‑CCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTg < 1:614050/147‑1 (MQ=255) cc‑GT‑GG‑TGTATCTCGAA‑CCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGC‑CCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTgg > 1:647208/1‑150 (MQ=255) tgtTTCTCGAC‑CGTTTAA‑C‑CCGC‑TTCCGGGAACATAGGTCCACCCCCCCCCCCGATGC‑CCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAg < 2:578741/149‑1 (MQ=255) 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atatGACCACCCCCCCCGCCGATGC‑CCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCAtg < 2:696010/150‑1 (MQ=255) atatGACCACCCCCCCCGCCGATCC‑CCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCg < 2:1467558/144‑1 (MQ=255) atGATCAACACCCTCGCCGATGC‑CCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGc > 1:501451/1‑151 (MQ=255) gATCAACACCCTCGCCGATGC‑CCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCat > 2:289028/1‑151 (MQ=255) gATCAACACCCTCGCCGATGC‑CCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCa > 1:1471128/1‑150 (MQ=255) cacCCTCGCCGATGC‑CCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCATATTGCg > 1:393870/1‑151 (MQ=255) acCCTCGCCGATGC‑CCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCATATTGCgg > 1:567917/1‑151 (MQ=255) | CTTACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GT‑GG‑TGTATCTCGAA‑CCGTTAA‑A‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGC‑CCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCATATTGCGG > NC_000913/1376357‑1376655 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |