Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,350,853 | 0 | A | C | 41.0% | 95.5 / 15.9 | 61 | S725A (TCA→GCA) | arcB | aerobic respiration control sensor histidine protein kinase, cognate to two‑component response regulators ArcA and RssB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (30/6); new base C (0/25); total (30/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.99e-12 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TTTGCCACCCACGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGAT‑GGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCTTCGGTCCTACAAGTT > NC_000913/3350705‑3351002 | tttGCCACCCACGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGAT‑GGCGTAACCCCACTGAcc > 2:541898/1‑151 (MQ=255) tttGCCACCCACGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTATTGCAGAT‑GGCGTAACCCCACTGa < 2:879618/149‑1 (MQ=255) gCCACCCACGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGAT‑GGCGTAACCCCACTGAcccc < 2:616592/150‑1 (MQ=255) cacccacGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGAT‑GGCGTAACCCCACTGACCccgcc < 1:1151056/151‑1 (MQ=255) ccccacGTTTTCAGCACTTCTACGTCGTGCCGCCTCTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCCCCGACGTTTTCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGAT‑GGCGAAACCCCACTGACCccgccg < 1:892876/150‑1 (MQ=255) acccacGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGAT‑GGCGTAACCCCACTGACCccgccg > 2:164768/1‑151 (MQ=255) acGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGAT‑GGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCAcc > 1:1085233/1‑151 (MQ=255) acGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTCACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGACGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGAT‑GGCGTAACCCCCCTGACCCCGCCGCAcc > 1:625463/1‑151 (MQ=255) tttCAGCCCTTCTCCGTCGTGCCCCCCCTCTTCTTTCATCTCTTCAACCCATCCCCCGCCTTTATCTCCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGCCCCAGCTGTTGCAGAT‑GGCGTACCCCCACGGCCCCCGCCGCAcc < 1:977270/147‑1 (MQ=255) tttCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGCCGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGAT‑GGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCttt > 2:380842/1‑150 (MQ=255) ttCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGAT‑GGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTa > 2:630078/1‑150 (MQ=255) cTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGAT‑GGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATg > 2:1084863/1‑151 (MQ=255) ccgtcgtGCCGCCACTCTTCTTTCATCTCTTAAATCCATCCCCCGACTTTATCTCCCCAGGCGGGAGGGTCAGGAGACTAAATTTGCTGCCCCAGCTTTTGCAGAT‑GGCTTACCCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtcctt < 2:339756/150‑1 (MQ=255) gtcgtGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGAT‑GGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtccttcc > 1:527526/1‑151 (MQ=255) aCGCCCCTCTTCTTTCATCCCTTCAACCCATCCCCCGACGTTATCTCCCCGGGCCGGAAGGTCGGGAGACTGATTTTGCTGCCCCAGCTTTTGCAGAG‑GGCATACCCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtcctt < 2:1103526/143‑1 (MQ=255) aCGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGAT‑GGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTcaac > 2:374613/1‑150 (MQ=255) cccctctTCTTTCATCTCTTCAACCCATCCCCCGACTTTTTCTTCCCAGGCGGAAAGGTAAGGAGACTGAATTTGCTGCCCCAGCTTTTGAAGAT‑GGCGTACCCCCACACCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAAt < 1:549110/147‑1 (MQ=255) tcttctTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGAT‑GGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCtt > 1:425597/1‑151 (MQ=255) 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ctctTCAACCCATCCCCCGCCGTTATCTCCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTAATTTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGAT‑GGCGTACCCCCACTCCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATcc < 1:1164726/148‑1 (MQ=255) tccacccaatcccccGACTTTATCCCCCAAGCGCGGAGGGTGAGGATACTAATTTTGCTCCCCTATCTTTTGCAGAT‑GGCGAAACCCCCCTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCt < 1:1133750/133‑1 (MQ=255) tccAACCCATCCCCCGGCGTTATCTCCCCGGGCCGAAAGGCCAGGAGACTAAATTTGCTGCCCCGGCTGTTGCAGAT‑GGCTTACCCCCACGGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCt < 2:535298/144‑1 (MQ=255) cAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGAT‑GGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGt > 1:25495/1‑151 (MQ=255) aacccATTCCCGGAGTTTTTCTCCCCAGCCGGGAAGGTCAGGAGACGGAATTTCCGCCCCCAGCTGTTCCAGAT‑GGCGAACCCCCACTCCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCttttt < 2:843688/134‑1 (MQ=255) aaTCCATTCACCGACGTTATCTACCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTAACCCAGCTGTTGCAGAT‑GGCGTACCCCCCCTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCg < 2:1092576/149‑1 (MQ=255) ccATCCCCCGCCTTTTTCTTCCAAGGCGGGAGGTTCAGGAGACTGATTTTGCGGCCCGAGTTTTTGCAGAT‑GGCATACCCCCCCTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTg < 1:443664/141‑1 (MQ=255) cccccactttATCTCCCCAGCCCGGAGGGTCGGGAGACTGATTTGCCTGCCCCGGTTTTTGCGGTG‑GGCGTACCCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCg < 1:330480/142‑1 (MQ=255) ccccGACTTTTTCTCCCCAGGCGGGAGGGGCAGGAGACTGAATTTGCTGCCCCAGTTGTTGCAGAG‑GGCGAACCCCCCCTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCg < 1:435861/148‑1 (MQ=255) cacatactttATCTCCCCAGGCCGAGAGCTTTGGACGCTGAATTCCCTGCCCCAGTTGTCACAGTG‑GGCTTAACCCCGCTCCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGa < 1:630866/143‑1 (MQ=255) tATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGAT‑GGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCAc > 2:806050/1‑151 (MQ=255) ttCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGAT‑GGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTg > 2:255251/1‑151 (MQ=255) ggCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGAT‑GGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACAt > 2:93792/1‑149 (MQ=255) gccgggAAGGTCAGGAGCCGAAATTTG‑TGGCCCAACTTGTGGAAATGGGCGTACCCCCCCGGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATa < 2:515924/146‑1 (MQ=255) ggAAGGTCAGGAGACTGATTTTGCTGACCCAGTTGTTGCAGAT‑GGCGTACCCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGccc < 2:260245/150‑1 (MQ=255) 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gaCTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGAT‑GGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCAtcttct > 2:508420/1‑151 (MQ=255) cTGACCCAGCTGTTGCAGAT‑GGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCt > 1:709336/1‑151 (MQ=255) tGACCCAGCTGTTGCAGAT‑GGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCt > 1:693695/1‑150 (MQ=255) tGACCCAGCTGTTGCAGAT‑GGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCt > 2:547195/1‑150 (MQ=255) gACCCAGCTGTTGCAGAT‑GGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTa > 2:646727/1‑150 (MQ=255) ccaggCTGTGGGAGAC‑CGCGTACCCCCCCTCCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTa < 1:321808/144‑1 (MQ=255) cgcttttggCAGCT‑GGCTTACCCCCCCTCCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCg < 2:1198/143‑1 (MQ=255) ttttGCAGAT‑GGCGTACCCCCCCTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCg < 2:99431/145‑1 (MQ=255) tcaagtggcacaacccccACTCCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTg < 1:969486/136‑1 (MQ=255) cAGTT‑GGCGAACCCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGAt < 2:1205389/150‑1 (MQ=255) gCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCTTc > 1:506278/1‑151 (MQ=255) cgcacccccACTCCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCTTc < 1:711110/145‑1 (MQ=255) aaCCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCTTCGGTc > 2:251012/1‑151 (MQ=255) aaCCCCACTCCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCTTCGGt < 2:1018254/150‑1 (MQ=255) ccccACCGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCTTCg < 1:940821/146‑1 (MQ=255) cccACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCTTCGGTCCt > 2:983835/1‑150 (MQ=255) ccACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCTTCGGTCCTAc > 2:1060084/1‑151 (MQ=255) cgcaCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCTTCGGTCCTACa < 1:813170/146‑1 (MQ=255) tGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCTTCGGTCCTACAAGt > 2:1188186/1‑151 (MQ=255) gACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCTTCGGTCCTACAAGtt > 1:712706/1‑151 (MQ=255) | TTTGCCACCCACGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGAT‑GGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCTTCGGTCCTACAAGTT > NC_000913/3350705‑3351002 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |