| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,350,853 | 0 | A | C | 41.1% | 86.6 / 14.7 | 56 | S725A (TCA→GCA) | arcB | aerobic respiration control sensor histidine protein kinase, cognate to two‑component response regulators ArcA and RssB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/7); new base C (0/23); total (26/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.85e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGCCACCCACGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTC‑AGGAGACTGAATTTG‑CTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGA‑CCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCTTCGGTCCTACAAGTTC > NC_000913/3350707‑3351003 | tGCCACCCACGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTC‑AGGAGACTGAATTTG‑CTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGA‑ccc < 1:257477/150‑1 (MQ=255) cccccGCTTTCAGCCCTTCTCCTTCGTGCCGCCCCTCTTCTTCCATCTCTTCAATCCATTCCCCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTC‑AGGAGACTGAATTTG‑CTGACCCAGTTGTTGCAGATGGGGTACCCCCACTGC‑CCccgccg < 1:401752/150‑1 (MQ=255) acGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTC‑AGGAGACTGAATTTG‑CTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGA‑CCCCGCCGCAcc > 1:112069/1‑151 (MQ=255) gCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTC‑AGGAGACTGAATTTG‑CTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGA‑CCCCGCCGCACCtt > 1:679941/1‑151 (MQ=255) tttCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTC‑AGGAGACTGAATTTG‑CTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGA‑CCCCGCCGCACCttt > 1:445945/1‑150 (MQ=255) cAGCTCTTCTACGTCGTGACCCCCCTTTTCTTTCATCTCTTCAATCCATCCCCCGACGTTATCTCCCCAGGCGGGAAGCTC‑AGGAGACTGAATTTG‑CTGCCCCATCTGTTGGAGAGGGCGTACCCCCACTGC‑CCCCGCCGCACCTTTa < 1:236931/148‑1 (MQ=255) accccTTCTCCGCCGGGCCCCCCCTCTTCTTTCATCTCTTCACCCCATCCCCCGACTTTATCTCCCCAGGCCGAAAGCTC‑AGGAGACTGAATTTC‑CTGCCCCGGCTTTTGAAGAGGCCGAACCCCCACTGA‑CCCCGCCGCACCTTTAAtt < 1:165474/146‑1 (MQ=255) cTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTC‑AGGAGACTGAATTTG‑CTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGA‑CCCCGCCGCACCTTTAATTTTATg > 2:58101/1‑151 (MQ=255) ccttcgtGACCCCCCTCTTTTTTCTTCTCTCCAACCCATCCCCCGACTTTATCTCCCCGGGCCGGAAGGCC‑AGGAGACTAATTTCC‑CTCCCCCATTTTTTGAAGATGGCATACCCCCACTGC‑CCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtcctt < 1:459736/148‑1 (MQ=255) gtcgtGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTC‑AGGAGACTGAATTTG‑CTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGA‑CCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtccttcc > 2:1007233/1‑151 (MQ=255) tGACCCCACTCTTTTTTCATCTCTCAACCCCTTTCCCCGACTTTATCTCCCCAGGCCGGAAGGCC‑GGGAGACTGAATTTG‑CTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTACCCCCCCTGC‑CCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTca < 2:1249459/150‑1 (MQ=255) cccccctctCCTTTCACCCCTCCAACCCATCCCCCAACTTTTTCTCCCCGGGCGGGAAGGTC‑GGGAG‑CCGAATTTGCCTCCCCCAGTTGTTGCAGATGGCGTACCCCCCCTTC‑CCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTcaacaa < 1:592971/146‑1 (MQ=255) ccACTCTTCTTTCATCTCTTAAACCCTTCCACCGACTTTATCTCCCCAGGCGGGAAGGTC‑AGGAGACTGAATTTG‑CTGCCCCAGCTGTTGAAGATGGCGTACCCCCACGGC‑CCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTcaacaa < 2:553637/149‑1 (MQ=255) cACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTC‑AGGAGACTGAATTTG‑CTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGA‑CCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGc > 1:904091/1‑151 (MQ=255) acaattcttcCACCTCTTAACCCCTTCCCCCGCCGTTCTCTCCCCAGCCGGGGAGGGC‑AGGAGACTAAATTTC‑CAGACCTTGCTTTTGAAGATGGCATATCCCCGCGAA‑CCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGc < 1:377740/146‑1 (MQ=255) aCTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTC‑AGGAGACTGAATTTG‑CTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGA‑CCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGcc > 2:471275/1‑151 (MQ=255) ttcttTCATCTCTAAAATCCATCCCCCGACTTTATCTCCCCAGGCGGGAAGGTC‑AGGAGACTGATTTGG‑CTGCCCCAGCTGTTGAAGAGGGCGTACCCCCACTGA‑CCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCt < 2:809435/148‑1 (MQ=255) tttttCATCTCTTAAACCCATCCCCCGACTTTTTCTCCCCAGGCCGGAGGTTC‑GGGGGACTGAATTTG‑CTGCCCCAGCTTTTGCAGATGGCGTACCCCCACTGA‑CCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCtttt < 2:1130511/148‑1 (MQ=255) 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ccccgattttctctcCCCAGGCGGAAAGTTG‑GGGAGACTGATTTGG‑CTCCCCCTCCTGTTGAAGTTGGCCAAACCCCATTGC‑CCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGa < 2:445956/140‑1 (MQ=255) cGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTC‑AGGAGACTGAATTTG‑CTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGA‑CCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTc > 1:9763/1‑151 (MQ=255) gACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTC‑AGGAGACTGAATTTG‑CTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGA‑CCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTcc > 2:457878/1‑151 (MQ=255) tttctcCCCAGCCCGGAGGTTC‑GGGACATAAATTTTG‑CTGCCCAAGTTTTTGAAGAGGCCATACCCCCTCCGC‑CCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCa < 1:642041/148‑1 (MQ=255) tATCTTCCCAGGCCGGAAGGTC‑AGGAGACTGAATTTG‑CTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGA‑CCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCAc > 2:464284/1‑151 (MQ=255) 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accccaaatca‑CCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGa < 2:1139471/129‑1 (MQ=255) cccccACTCC‑CCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCTTCGGTc < 1:683227/149‑1 (MQ=255) aCCCCACTGA‑CCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCTTCGGTcc > 2:134701/1‑151 (MQ=255) aCTGA‑CCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCTTCGGTCCTACa > 1:592031/1‑150 (MQ=255) a‑CCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCTTCGGTCCTACAAGTTc > 2:1183223/1‑151 (MQ=255) | TGCCACCCACGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTC‑AGGAGACTGAATTTG‑CTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGA‑CCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCTTCGGTCCTACAAGTTC > NC_000913/3350707‑3351003 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |