| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,219,569 | G→A | intergenic (+368/‑32) | ymgF → / → ycgH | inner membrane division septum protein/pseudogene; putative ATP‑binding component of a transport system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,219,569 | 0 | G | A | 97.5% | 286.5 / ‑1.2 | 81 | intergenic (+368/‑32) | ymgF/ycgH | inner membrane division septum protein/pseudogene; putative ATP‑binding component of a transport system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base A (44/35); total (44/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.06e-01 | |||||||||||
CATGAAAATAAGGTGAAAAATGATAATGCCGACTTATTTATCATTTATATATTGTCGCTGTTTATCTATTTAAATTTTTTGTGCTTTTGTTTTTGTCTTTACCCTCCGTTTTGGTAATCTGAGCTCATAGGTTATTTGACCAGGAATGTTTGTTAATCCAATGAATGGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATG > NC_000913/1219422‑1219715 | cATGAAAATAAGGTGAAAAATGATAATGCCGACTTATTTATCATTTATATATTGTCGCTGTTTATCTATTTAAATTTTTTGTGCTTTTGTTTTTGTCTTTACCCTCCGTTTTGGTAATCTGAGCTCATAGGTTATTTGACCAGGAAtattt < 2:379391/151‑1 (MQ=255) aTGAAAATAAGGTGAAAAATGATAATGCCGACTTATTTATCATTTATATATTGTCGCTGTTTATCTATTTAAATTTTTTGTGCTTTTGTTTTTGTCTTTACCCTCCGTTTTGGTAATCTGAGCTCATAGGTTATTTGACCAGGAAtatttg > 2:175887/1‑151 (MQ=255) tGAAAATAAGGTGAAAAATGATAATGCCGACTTATTTATCATTTATATATTGTCGCTGTTTATCTATTTAAATTTTTTGTGCTTTTGTTTTTGTCTTTACCCTCCGTTTTGGTAATCTGAGCTCATAGGTTATTTGACCAGGAAtatttgt > 1:635529/1‑151 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |