| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,673,499 | C→T | P52S (CCA→TCA) | yphA → | DoxX family inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,673,499 | 0 | C | T | 98.5% | 216.9 / ‑4.2 | 66 | P52S (CCA→TCA) | yphA | DoxX family inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (28/37); total (29/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.45e-01 | |||||||||||
ACACTACGTTATTTTGATTTTGGAGCTGCCCGCCCCGTTTTGTTATTAATTGCCCGTATCGCCGTGGTCTTAATTTTCATTATTTTTGGTTTTCCCAAAATGATGGGCTTTGACGGTACGGTCCAATATATGGCCTCGTTGGGCGCGCCAATGCCGATGCTGGC‑AGCGATTATTGCGGTAGTTATGGAAGTGCCCGCCGCGATATTAATCGTGCTTGGCTTTTTCACCCGTCCGCTGGCGGTGCTGTTTATTTTCTACACGCTGGGTACGGCGGTGATTGGTCACCATTACTGG > NC_000913/2673352‑2673645 | acacTACGTTATTTTGATTTTGGAGCTGCCCGCCCCGTTTTGTTATTAATTGCCCGTATCGCCGTGGTCTTAATTTTCATTATTTTTGGTTTTCCCAAAATGATGGGCTTTGACGGTACGGTCCAATATATGGCCTCGTTGGGCGCGTCa > 1:801521/1‑150 (MQ=255)acacTACGTTATTTTGATTTTGGAGCTGCCCGCCCCGTTTTGTTATTAATTGCCCGTATCGCCGTGGTCTTAATTTTCATTATTTTTGGTTTTCCCAAAATGATGGGCTTTGACGGTACGGTCCAATATATGGCCTCGTTGGGCGCGTCa > 1:381452/1‑150 (MQ=255) acTACGTTATTTTGATTTTGGAGCTGCCCGCCCCGTTTTGTTATTAATTGCCCGTATCGCCGTGGTCTTAATTTTCATTATTTTTGGTTTTCCCAAAATGATGGGCTTTGACGGTACGGTCCAATATATGGCCTCGTTGGGCGCGCCAATg > 2:1077987/1‑151 (MQ=255) 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ACACTACGTTATTTTGATTTTGGAGCTGCCCGCCCCGTTTTGTTATTAATTGCCCGTATCGCCGTGGTCTTAATTTTCATTATTTTTGGTTTTCCCAAAATGATGGGCTTTGACGGTACGGTCCAATATATGGCCTCGTTGGGCGCGCCAATGCCGATGCTGGC‑AGCGATTATTGCGGTAGTTATGGAAGTGCCCGCCGCGATATTAATCGTGCTTGGCTTTTTCACCCGTCCGCTGGCGGTGCTGTTTATTTTCTACACGCTGGGTACGGCGGTGATTGGTCACCATTACTGG > NC_000913/2673352‑2673645 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |