| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 2,850,439 | C→T | intergenic (‑4/‑208) | hycA ← / → hypA | regulator of the transcriptional regulator FhlA/protein involved in nickel insertion into hydrogenases 3 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 2,850,439 | 0 | C | T | 98.9% | 338.9 / ‑3.7 | 90 | intergenic (‑4/‑208) | hycA/hypA | regulator of the transcriptional regulator FhlA/protein involved in nickel insertion into hydrogenases 3 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (41/48); total (41/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.84e-01 | |||||||||||
AGCTCATGGCGTGATGCAGGCGCGCTTTCGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTCAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAGCTTTAAGCATTTTTTGTGCCAACTTTTAATTTATTGTTATTAAAGAGATTTTTAAGCTAAAGATGAATTTCGTCGCCGTGTCGACGTGTCATTTCGACATCATCGACATTATTCACCGC > NC_000913/2850294‑2850585 | aGCTCATGGCGTGATGCAGGCGCGCTTTCGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTTAGGtt > 1:883957/1‑151 (MQ=255)aGCTCATGGCGTGATGCAGGCGCGCTTTCGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTTAGGt < 2:825177/150‑1 (MQ=255) gCTCATGGCGTGATGCAGGCGCGCTTTCGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTTAGGtt > 1:970544/1‑150 (MQ=255) cATGGCGTGATGCAGGCGCGCTTTCGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTTAGGTTAcc < 2:591880/150‑1 (MQ=255) gTGATGCAGGCGCGCTTTCGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTTAGGTTACCCGTTTa > 1:782442/1‑150 (MQ=255) aTGCAGGCGCGCTTTCGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTTAGGTTACCCGTTTAACag < 1:838409/151‑1 (MQ=255) aGGCGCGCTTTCGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATGGTCATTGTTAGGTTACCCGTTTAACag > 1:171964/1‑147 (MQ=255) aGGCGCGCTTTCGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTTAGGTTACCCGTTTAACAGAGAt < 1:1133634/151‑1 (MQ=255) gcgcTTTCGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTTAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCa < 2:125391/151‑1 (MQ=255) cgcTTTCGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTTAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCa < 2:643866/150‑1 (MQ=255) gcTTTCGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTTAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAg < 1:312461/150‑1 (MQ=255) tttCGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTTAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAGCtt > 1:633764/1‑151 (MQ=255) cGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTTAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAGCTTTa > 2:649098/1‑150 (MQ=255) cGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTTAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAGCTTTa > 2:388735/1‑150 (MQ=255) cGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTTAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAGCTTTa < 1:303513/150‑1 (MQ=255) cGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTTAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAGCTTTa < 1:781518/150‑1 (MQ=255) gATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTTAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAGCTTTa > 2:1145252/1‑149 (MQ=255) aaCGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTTAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAGCTTTAAGCAt < 2:99997/151‑1 (MQ=255) 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aaaTAGTCATTGTTAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAGCTTTAAGCATTTTTTGTGCCAACTTTTAATTTATTGTTATTAAAGAGATTTTTAAGCTAAAGATGAATTTCGTCGCCGTGTCGACGTGTCATTTCGACATCATCGACatt > 1:1106979/1‑151 (MQ=255) aaaTAGTCATTGTTAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAGCTTTAAGCATTTTTTGTGCCAACTTTTAATTTATTGTTATTAAAGAGATTTTTAAGCTAAAGATGAATTTCGTCGCCGTGTCGACGTGTCATTTCGACATCATCGACatt < 1:521655/151‑1 (MQ=255) aaTAGTCATTGTTAAGTTACCCGCTTAACCGAGATGCCAGCTTTAAGCATTTTTTGTGCCAACTTTTAATTTATTGTTATTAAAGAGCTTTTTAAGCTAAAGATGAATTTCGTCGCCGTGTCGACGTGTCATTTCGACATCATCGACa > 1:319549/1‑148 (MQ=255) aTAGTCATTGTTAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAGCTTTAAGCATTTTTTGTGCCAACTTTTAATTTATTGTTATTAAAGAGATTTTTAAGCTAAAGATGAATTTCGTCGCCGTGTCGACGTGTCATTTCGACATCATCGACattat > 2:600441/1‑151 (MQ=255) aTAGTCATTGTTAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAGCTTTAAGCATTTTTTGTGCCAACTTTTAATTTATTGTTATTAAAGAGATTTTTAAGCTAAAGATGAATTTCGTCGCCGTGTCGACGTGTCATTTCGACATCATCGACattat > 2:1135709/1‑151 (MQ=255) gTCATTGTCAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAGCTTTAAGCATTTTTTGTGCCAACTTTTAATTTATTGTTATTAAAGAGATTTTTAAGCTAAAGATGAATTTCGTCGCCGTGTCGACGTGTCATTTCGACATCATCGACATTATTCa < 2:1204878/151‑1 (MQ=255) cATTGTTAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAGCTTTAAGCATTTTTTGTGCCAACTTTTAATTTATTGTTATTAAAGAGATTTTTAAGCTAAAGATGAATTTCGTCGCCGTGTCGACGTGTCATTTCGACATCATCGACATTATTCAcc > 1:894214/1‑151 (MQ=255) aTTGTTAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAGCTTTAAGCATTTTTTGTGCCAACTTTTAATTTATTGTTATTAAAGAGATTTTTAAGCTAAAGATGAATTTCGTCGCCGTGTCGACGTGTCATTTCGACATCATCGACATTATTCACCg > 2:1119026/1‑151 (MQ=255) aTTGTTAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAGCTTTAAGCATTTTTTGTGCCAACTTTTAATTTATTGTTATTAAAGAGATTTTTAAGCTAAAGATGAATTTCGTCGCCGTGTCGACGTGTCATTTCGACATCATCGACATTATTCACCg < 2:103747/151‑1 (MQ=255) aTTGTTAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAGCTTTAAGCATTTTTTGTGCCAACTTTTAATTTATTGTTATTAAAGAGATTTTTAAGCTAAAGATGAATTTCGTCGCCGTGTCGACGTGTCATTTCGACATCATCGACATTATTCACCg > 1:886339/1‑151 (MQ=255) ttGTTAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAGCTTTAAGCATTTTTTGTGCCAACTTTTAATTTATTGTTATTAAAGAGATTTTTAAGCTAAAGATGAATTTCGTCGCCGTGTCGACGTGTCATTTCGACATCATCGACATTATTCACCGc > 2:1382582/1‑151 (MQ=255) tGTTAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAGCTTTAAGCATTTTTTGTGCCAACTTTTAATTTATTGTTATTAAAGAGATTTTTAAGCTAAAGATGAATTTCGTCGCCGTGTCGACGTGTCATTTCGACATCATCGACATTATTCCCCGc < 1:501239/150‑1 (MQ=255) | AGCTCATGGCGTGATGCAGGCGCGCTTTCGATAACGTGATCCCCTGAACCAGCGAATTGCAGTAGATGTGCCACTGGTCCTGTAGGCGACGATGCCGCTGTGCGATGTAATCGGCTTTCTCGCTTATTTCCCAAATAGTCATTGTCAGGTTACCCGTTTAACAGAGATGCCAGCTTTAAGCATTTTTTGTGCCAACTTTTAATTTATTGTTATTAAAGAGATTTTTAAGCTAAAGATGAATTTCGTCGCCGTGTCGACGTGTCATTTCGACATCATCGACATTATTCACCGC > NC_000913/2850294‑2850585 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |