| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,080,856 | 0 | T | G | 39.7% | 112.4 / 12.9 | 68 | intergenic (+43/‑500) | putP/efeU | proline:sodium symporter/ferrous iron permease (pseudogene) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (10/31); new base G (27/0); total (37/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.21e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCAACACCCGAGCTGTTATTATGTT > NC_000913/1080708‑1081005 | ggttAGTTTGCGGGGTAAAGCGCCGTCAGCCGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGACGCCGATGCGCACTAACATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTg < 1:1052245/149‑1 (MQ=255) cTGGGTAAAGCGCCGTCAGGGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTCGCCTGCGGCGGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCTCCCtt < 1:1015964/150‑1 (MQ=255) gTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCTCCCTTAAtgt < 1:1071012/151‑1 (MQ=255) aaaGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTTTTTTGGTTCAGCAGCGGGGTGCGCTCCCtt > 1:763489/1‑144 (MQ=255) aaaGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCTCCCTTAAtgtg < 2:197874/150‑1 (MQ=255) aaaGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCTCCCTTAAtgtg < 1:957663/150‑1 (MQ=255) aGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTTTTTTGCCTCAACAGCGGGGTGCGCTCCCCTAATGTGcc > 2:1205112/1‑150 (MQ=255) aGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCt < 2:521281/151‑1 (MQ=255) 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gATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTTTTTTGGTTTAGCAGCGGGGTGCGCTCCCCTTATTTGCCTccccctcttaa > 2:1065422/1‑140 (MQ=255) aTGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTTTTTTGGTTCCGCCACGGGGTGCGCCCCCTTAATGTGCCTCCCCCTATaaaat > 1:133416/1‑146 (MQ=255) cAAAAACGCTTTGCCGCGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGACTTGTTTGGCGTTAGCACCCGGTTGCTGTCCCTTTTTGTGCCTCGCCATATAAAtattattg > 2:865518/1‑144 (MQ=255) aaaaaCGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTTTTTTGCTTCCGCAGCGGGGTGGGCTCCCCTTATTTGGCTCGCCATATAAAATTAATgg > 1:1227806/1‑150 (MQ=255) aaaaaCGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTTTTTGGCCTCAGCAGCGGGGTGCGCCCCCTTAATGTGCCCCCCCCTATAAATTGAATgg > 1:328059/1‑150 (MQ=255) 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gATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGggc < 2:1091566/151‑1 (MQ=255) aTGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTTTTTTGCCTCACGAGCGGGGTTGGCTCCCCTAATGTGCCTCGCCCTATAAATTTAATGGTGCAGGGAGCGCGGCgggggg > 1:217930/1‑149 (MQ=255) gcgcACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGggcggc < 1:543916/151‑1 (MQ=255) cgcACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGcc < 2:645324/151‑1 (MQ=255) aCTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTTTTTTGCTTCATCAGCGGGTTTCTGACCCCTAATGTGTCTCTCCACATAAAATGAATGGGGGGGGGAGCGGCCAGGGGGGGGccca > 2:1025452/1‑148 (MQ=255) aCTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTTTTTGGCTTCAGCAACGGGGTGCGCTCCCTTAATGTGGCTCGCCATATAAATTTAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGGGGCCaa > 2:1287104/1‑150 (MQ=255) cTAGCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAAt < 1:1229867/150‑1 (MQ=255) tATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTGTTTGGTTTCAGCAGGGGGTTTCGGTCCCCTAATTTGGCTTGCCATTTAAAAAGAATGGGGTAGGGGGCGGGCCGGGGGGGGCCa > 2:270530/1‑147 (MQ=255) tATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGCTTTTTTTTGGTTCCGCAACGGGGTGGGCCCCCTTAAAATGGCCCCCCCTCTAAATTGAATGGTGCAGGGGGCCGGCAGGGGGGGGGCCATc > 1:1234770/1‑150 (MQ=255) tCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTTTTTTGGCTCCGCAGCGGGGTTCGCCCCCCTTATGTGGCTCCCCCTTTAAATTTAATGGGGCAGGGGGGGCGCCGGGGGCGGCCAAAcgccccc > 1:984733/1‑150 (MQ=255) 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ggTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTTTTTTGGTTTAGCAGCGGGTTGCGCTCCCCTAATGTGCCTCGCCCTATAAAATTAATTGGGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCCCCCCCTGCTGTccc > 1:56127/1‑149 (MQ=37) ggTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCgg < 2:673281/151‑1 (MQ=255) ggTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGCTTTTTTTTGGTTCAGCAGCGGGGTGCGCTCCCCTTATGTGGCTCCCCCTATAAATTTAATGGTGGAGGGGGGCCGCCGGGGGGGGCCAATCCCCGccccccccccccgttcccg > 1:135243/1‑140 (MQ=255) gTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTTTTTGGCTTCAGCAGCGGGGTGCGCTCCCTTTATGTGCCTCGCCATATAAATTTAATTGTGGAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGGCCATCGCCGCCCCCCCCCGCTGTccccg > 2:991434/1‑148 (MQ=255) tGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGCTTTTTTTTGGTTCAGCAGCGGGGTGCGCTCCCCTAATGTGCCTCGCCATATAAAATGAATTGGGCCGGGGGCGCGCCGGGGGGGGCCAATCGCCGCCCCCCCCCGCTGTCCCGGcc > 2:481215/1‑150 (MQ=255) 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gACTTAGCCTGCGGCGGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAg < 1:1029977/151‑1 (MQ=255) tAGCCTGCGGCGGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCg < 2:247876/149‑1 (MQ=255) gcggcgGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTg < 2:1227881/149‑1 (MQ=255) gcggcgGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTg < 2:961255/149‑1 (MQ=255) ggcggTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGc < 2:1049425/151‑1 (MQ=255) ggTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGccac > 2:792648/1‑151 (MQ=255) gtttgGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCAacac > 1:60892/1‑151 (MQ=255) tgGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGGCATATAAAGTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCGGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCAACAccc < 1:582528/150‑1 (MQ=255) ggCTTCAGCAGCGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCAACACCCGa < 2:332038/151‑1 (MQ=255) tCAGCAGCGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCAACACCCGAGCt < 2:658987/150‑1 (MQ=255) cagcagCGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCAACACCCGAGCTg < 1:357958/150‑1 (MQ=255) gcGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCAACACCCGAGCTGttatta < 2:849753/151‑1 (MQ=255) gggTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCAACACCCGAGCTGTTATTATg < 1:1205039/151‑1 (MQ=255) ggTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCAACACCCGAGCTGTTATTATGt > 2:634275/1‑151 (MQ=255) gTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCAACACCCGAGCTGTTATTATGtt > 1:440960/1‑151 (MQ=255) | GTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCAACACCCGAGCTGTTATTATGTT > NC_000913/1080708‑1081005 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |