| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 511,572 | A→C | intergenic (‑193/‑69) | copA ← / → glsA | copper transporter/glutaminase 1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 511,572 | 0 | A | C | 98.6% | 259.1 / ‑3.4 | 69 | intergenic (‑193/‑69) | copA/glsA | copper transporter/glutaminase 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base C (36/32); total (36/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.30e-01 | |||||||||||
ACCTTCCAGCAAGGGGAAGGTCAAGAAATTAATAAACCAGGCGGGTAAAAGTCCGTAAAGATTAAAAAAT‑CGGCTCGATTTGCATCAGGATTAGACATTTATCTCTTTGTTTTCCTGTAGTTAAGTTGCGGGTGCTAAGTTAAATCAGGATGCCTGAAAATCGGCACCGGGGTGAGGAATTACCTCCCGCATCTATAAAAAGGAGTTAACAAAAGATGTTAGATGCAAACAAATTACAGCAGGCAGTGGATCAGGCTTACACCCAATTTCACTCACTTAACGGCGGACAAA > NC_000913/511426‑511716 | aCCTTCCAGCAAGGGGAAGGTCAAGAAATTAATAAACCAGGCGGGTAAAAGTCCGTAAAGATTAAAAAAT‑CGGCTCGATTTGCATCAGGATTAGACATTTATCTCTTTGTTTTCCTGTAGTTAAGTTGCGGGTGCTAAGTTAAATCCGGAt < 2:1209652/151‑1 (MQ=255)aCCTTCCAGCAAGGGGAAGGTCAAGAAATTAATAAACCAGGCGGGTAAAAGTCCGTAAAGATTAAAAAAT‑CGGCTCGATTTGCATCAGGATTAGACATTTATCTCTTTGTTTTCCTGTAGTTAAGTTGCGGGTGCTAAGTTAAATCCGGAt < 1:1152223/151‑1 (MQ=255) ttCCAGCAAGGGGAAGGTCAAGAAATTAATAAACCAGGCGGGTAAAAGTCCGTAAAGATTAAAAAAT‑CGGCTCGATTTGCATCAGGATTAGACATTTATCTCTTTGTTTTCCTGTAGTTAAGTTGCGGGGGCTAAGTTAAATCCGGATGcc > 2:889366/1‑151 (MQ=255) 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aaaTCCGGATGCCTGAAAATCGGCACCGGGGTGAGGAATTACCTCCCGCATCTATAAAAAGGAGTTAACAAAAGATGTTAGATGCAAACAAATTACAGCAGGCAGTGGATCAGGCTTACACCCAATTTCACTCACTTAACGGCGGACaaa > 2:862380/1‑150 (MQ=255) | ACCTTCCAGCAAGGGGAAGGTCAAGAAATTAATAAACCAGGCGGGTAAAAGTCCGTAAAGATTAAAAAAT‑CGGCTCGATTTGCATCAGGATTAGACATTTATCTCTTTGTTTTCCTGTAGTTAAGTTGCGGGTGCTAAGTTAAATCAGGATGCCTGAAAATCGGCACCGGGGTGAGGAATTACCTCCCGCATCTATAAAAAGGAGTTAACAAAAGATGTTAGATGCAAACAAATTACAGCAGGCAGTGGATCAGGCTTACACCCAATTTCACTCACTTAACGGCGGACAAA > NC_000913/511426‑511716 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |