| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,924,700 | T→G | intergenic (‑587/+35) | yqcC ← / ← syd | DUF446 family protein/SecY‑interacting protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 2,924,700 | 0 | T | G | 97.1% | 399.5 / ‑0.8 | 105 | intergenic (‑587/+35) | yqcC/syd | DUF446 family protein/SecY‑interacting protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/1); new base G (63/39); total (65/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.82e-01 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
TACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGTAAGAGATCTCTCACAACCAGATGGGGTATTTGGATTACAGAAGAGGCTTAAGTTGATTAAGGAATTCCGCAAGATTTGAGGCTAAATGCGTCCGTTTACGTGTTCCCAGCGTCTCTTTGCACACTTCACCGGAGAGATTACACAC > NC_000913/2924555‑2924845 | tACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGGAag > 1:582019/1‑149 (MQ=255) aaGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGGAag > 1:92655/1‑146 (MQ=255) aaGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGGAag > 1:1184875/1‑146 (MQ=255) cAGACAATGCCTTAAGGAAAATCTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGGAAGAGATCTCTCACAAcc < 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tAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGGAAGAGATCTCTCACAACCAGATGGGGTAtt > 1:1005667/1‑151 (MQ=255) tAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGGAAGAGATCTCTCACAACCAGATGGGGTAt < 2:1281202/150‑1 (MQ=255) aaGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGGAAGAGATCTCTCACAACCAGATGGGGTAttt > 2:1190396/1‑151 (MQ=255) aaGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGGAAGAGATCTCTCACAACCAGATGGGGTAttt < 1:336993/151‑1 (MQ=255) aGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGGAAGAGATCTCTCACAACCAGATGGGGTATTTg > 2:798101/1‑151 (MQ=255) 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gCGATCTCCTACAGAGTCTGGAAGAGATCTCTCACAACCAGATGGGGTATTTGGATTACAGAAGAGGCTTAAGTTGATTAAGGAATTCCGCAAGATTTGAGGCTAAATGCGTCCGTTTACGTGTTCCCAGCGTCTCTTTGCACACTTc < 2:226515/148‑1 (MQ=255) gCGATCTCCTACAGAGTCTGGAAGAGATCTCTCACAACCAGATGGGGTATTTGGATTACAGAAGAGGCTTAAGTTGATTAAGGAATTCCGCAAGATTTGAGGCTAAATGCGTCCGTTTACGTGTTCCCAGCGTCTCTTTGCACACTTCAcc > 1:855557/1‑151 (MQ=255) tctcCTACAGAGTCTGGAAGAGATCTCTCACAACCAGATGGGGTATTTGGATTACAGAAGAGGCTTAAGTTGATTAAGGAATTCCGCAAGATTTGAGGCTAAATGCGTCCGTTTACGTGTTCCCAGCGTCTCTTTGCACACTTCACCgg > 1:201807/1‑149 (MQ=255) ccTACAGAGTCTGGAAGAGATCTCTCACAACCAGATGGGGTATTTGGATTACAGAAGAGGCTTAAGTTGATTAAGGAATTCCGCAAGATTTGAGGCTAAATGCGTCCGTTTACGTGTTCCCAGCGTCTCTTTGCACACTTCACCGga < 2:452459/147‑1 (MQ=255) tACAGAGTCTGGAAGAGATCTCTCACAACCAGATGGGGTATTTGGATTACAGAAGAGGCTTAAGTTGATTAAGGAATTCCGCAAGATTTGAGGCTAAATGCGTCCGTTTACGTGTTCCCAGCGTCTCTTTGCACACTTCACCGGAGAGAtt > 2:554256/1‑151 (MQ=255) 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gTCTGGAAGAGATCTCTCACAACCAGATGGGGTATTTGGATTACAGAAGAGGCTTAAGTTGATTAAGGAATTCCGCAAGATTTGAGGCTAAATGCGTCCGTTTACGTGTTCCCAGCGTCTCTTTGCACACTTCACCGGAGAGATTacacac > 2:716746/1‑151 (MQ=255) | TACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGTAAGAGATCTCTCACAACCAGATGGGGTATTTGGATTACAGAAGAGGCTTAAGTTGATTAAGGAATTCCGCAAGATTTGAGGCTAAATGCGTCCGTTTACGTGTTCCCAGCGTCTCTTTGCACACTTCACCGGAGAGATTACACAC > NC_000913/2924555‑2924845 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |