| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,133,696 | A→C | intergenic (+190/‑139) | metF → / → katG | 5,10‑methylenetetrahydrofolate reductase/catalase‑peroxidase HPI, heme b‑containing |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,133,696 | 0 | A | C | 98.9% | 342.0 / ‑4.1 | 87 | intergenic (+190/‑139) | metF/katG | 5,10‑methylenetetrahydrofolate reductase/catalase‑peroxidase HPI, heme b‑containing |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base C (57/29); total (58/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.61e-01 | |||||||||||
TAAACAGAGCACAAAATGCTGCCTCGAAATGAGGGCGGGAAAATAAGGTTATCAGCCTTGTTTTCTCCCTCATTACTTGAAGGATATGAAGCTAAAACCCTTTTTTATAAAGCATTTGTCCGAATTCGGACATAATCAAAAAAGCTTAATTAAGATCAATTTGATCTACATCTCTTTAACCAACAATATGTAAGATCTCAACTATCGCATCCGTGGATTAATTCAATTATAACTTCTCTCTAACGCTGTGTATCGTAACGGTAACACTGTAGAGGGGAGCACATTGATGAGCACG > NC_000913/4133549‑4133843 | tAAACAGAGCACAAAATGCTGCCTCGAAATGAGGGCGGGAAAATAAGGTTATCAGCCTTGTTTTCTCCCTCATTACTTGAAGGATATGAAGCTAAAACCCTTTTTTATAAAGCATTTGTCCGAATTCGGACATAATCAAAAAAGCttcatt > 2:402571/1‑151 (MQ=255) aaaCAGAGCACAAAATGCTGCCTCGAAATGAGGGCGGGAAAATAAGGTTATCAGCCTTGTTTTCTCCCTCATTACTTGAAGGATATGAAGCTAAAACCCTTTTTTATAAAGCATTTGTCCGAATTCGGACATAATCAAAAAAGCttcatt > 2:1190177/1‑150 (MQ=255) aaaCAGAGCACAAAATGCTGCCTCGAAATGAGGGCGGGAAAATAAGGTTATCAGCCTTGTTTTCTCCCTCATTACTTGAAGGATATGAAGCTAAAACCCTTTTTTATAAAGCATTTGTCCGAATTCGGACATAATCAAAAAAGCttcatt < 2:154108/150‑1 (MQ=255) 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tGTCCGAATTCGGACATAATCAAAAAAGCTTCATTAAGATCAATTTGATCTACATCTCTTTAACCAACAATATGTAAGATCTCAACTATCGCATCCGTGGATTAATTCAATTATAACTTCTCTCTAACGCTGTGTATCGTAACGGTAaca > 1:620806/1‑150 (MQ=255) gTCCGAATTCGGACATAATCAAAAAAGCTTCATTAAGATCAATTTGATCTACATCTCTTTAACCAACAATATGTAAGATCTCAACTATCGCATCCGTGGATTAATTCAATTATAACTTCTCTCTAACGCTGTGTATCGTAACGGTAACACt > 1:320449/1‑151 (MQ=255) gTCCGAATTCGGACATAATCAAAAAAGCTTCATTAAGATCAATTTGATCTACATCTCTTTAACCAACAATATGTAAGATCTCAACTATCGCATCCGTGGATTAATTCAATTATAACTTCTCTCTAACGCTGTGTATCGTAACGGTAACACt > 1:1140467/1‑151 (MQ=255) cGAATTCGGACATAATCAAAAAAGCTTCATTAAGATCAATTTGATCTACATCTCTTTAACCAACAATATGTAAGATCTCAACTATCGCATCCGTGGATTAATTCAATTATAACTTCTCTCTAACGCTGTGTATCGTAACGGTAACACTGt > 1:501436/1‑150 (MQ=255) aaTTCGGACATAATCAAAAAAGCTGCATTAAGATCAATTTGATCTACATCTCTTTAACCAACAATATGTAAGATCTCAACTATCGCATCCGTGGATTAATTCAATTATAACTTCTCTCTAACGCTGTGTATCGTAACGGTAACACTGt > 2:1158369/1‑148 (MQ=255) tCGGACATAATCAAAAAAGCTTCATTAAGATCAATTTGATCTACATCTCTTTAACCAACAATATGTAAGATCTCAACTATCGCATCCGTGGATTAATTCAATTATAACTTCTCTCTAACGCTGTGTATCGTAACGGTAACACTGTAGAgg < 2:1122835/150‑1 (MQ=255) cATAATCAAAAAAGCTTCATTAAGATCAATTTGATCTACATCTCTTTAACCAACAATATGTAAGATCTCAACTATCGCATCCGTGGATTAATTCAATTATAACTTCTCTCTAACGCTGTGTATCGTAACGGTAACACTGTAGAGGGGAGca < 1:384382/151‑1 (MQ=255) cAAAAAAGCTTCATTAAGATCAATTTGATCTACATCTCTTTAACCAACAATATGTAAGATCTCAACTATCGCATCCGTGGATTAATTCAATTATAACTTCTCTCTAACGCTGTGTATCGTAACGGTAACACTGTAGAGGGGAGCACATtg > 2:1018713/1‑150 (MQ=255) aaaaaaGCTTCATTAAGATCAATTTGATCTACATCTCTTTAACCAACAATATGTAAGATCTCAACTATCGCATCCGTGGATTAATTCAATTATAACTTCTCTCTAACGCTGTGTATCGTAACGGTAACACTGTAGAGGGGAGCACATtgat > 2:104305/1‑151 (MQ=255) aaaaaaGCTTCATTAAGATCAATTTGATCTACATCTCTTTAACCAACAATATGTAAGATCTCAACTATCGCATCCGTGGATTAATTCAATTATAACTTCTCTCTAACGCTGTGTATCGTAACGGTAACACTGTAGAGGGGAGCACATtgat > 1:518996/1‑151 (MQ=255) aaaaaGCTTCATTAAGATCAATTTGATCTACATCTCTTTAACCAACAATATGTAAGATCTCAACTATCGCATCCGTGGATTAATTCAATTATAACTTCTCTCTAACGCTGTGTATCGTAACGGTAACACTGTAGAGGGGAGCACATtgatg > 1:530438/1‑151 (MQ=255) aaaaaGCTTCATTAAGATCAATTTGATCTACATCTCTTTAACCAACAATATGT‑AGATACCAACTTTCGCAATCGTGGATTAAGTAAATTTTAAACTCTTCCTAACGCTGGGGATCCGAACGGTAAAAATGTTAAGGGGAAcaatttaatgg > 2:475188/1‑142 (MQ=255) aaaaGCTTCATTAAGATCAATTTGATCTACATCTCTTTAACCAACAATATGTAAGATCTCAACTATCGCATCCGTGGATTAATTCAATTATAACTTCTCTCTAACGCTGTGTATCGTAACGGTAACACTGTAGAGGGGAGCACATtgatg > 1:282026/1‑150 (MQ=255) cTTCATTAAGATCAATTTGATCTACATCTCTTTAACCAACAATATGTAAGATCTCAACTATCGCATCCGTGGATTAATTCAATTATAACTTCTCTCTAACGCTGTGTATCGTAACGGTAACACTGTAGAGGGGAGCACATTGATGAGCACg > 1:380837/1‑151 (MQ=255) | TAAACAGAGCACAAAATGCTGCCTCGAAATGAGGGCGGGAAAATAAGGTTATCAGCCTTGTTTTCTCCCTCATTACTTGAAGGATATGAAGCTAAAACCCTTTTTTATAAAGCATTTGTCCGAATTCGGACATAATCAAAAAAGCTTAATTAAGATCAATTTGATCTACATCTCTTTAACCAACAATATGTAAGATCTCAACTATCGCATCCGTGGATTAATTCAATTATAACTTCTCTCTAACGCTGTGTATCGTAACGGTAACACTGTAGAGGGGAGCACATTGATGAGCACG > NC_000913/4133549‑4133843 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |