| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 83,066 | A→C | V155G (GTC→GGC) | leuA ← | 2‑isopropylmalate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 83,066 | 0 | A | C | 98.7% | 279.7 / ‑3.2 | 75 | V155G (GTC→GGC) | leuA | 2‑isopropylmalate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base C (31/43); total (31/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.59e-01 | |||||||||||
GTGGGTATGTACGGAGATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTCACCATATAGATAGCGCGTTCGATCACCTCGTCCAGCGTGCTGCGCAGCTTGGTGGCGATGT > NC_000913/82918‑83213 | gtGGGTATGTACGGAGATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGccc > 2:1156269/1‑151 (MQ=255)gagggTATGCACGGAGATAATGGCTTTGTCGATGGTAGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGccc > 2:153223/3‑151 (MQ=255) tGGGTATGTACGGAGATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGTATGTTGATGGTGGAGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGccc > 2:316331/1‑150 (MQ=255) gTATGTACGGAGATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGCCCACTc < 1:94496/151‑1 (MQ=255) gTATGTACGGAGATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGCGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGCCCa > 2:679559/1‑148 (MQ=255) tGTACGGAGATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGCCCACTcgcg > 1:706967/1‑151 (MQ=255) tGTACGGAGATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGCCAACTcgcg > 2:410808/1‑151 (MQ=255) aCGGAGATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGCCCACTCGCGcc > 1:65664/1‑150 (MQ=255) ggAGATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGCCCACTCGCGcc > 2:62705/1‑148 (MQ=255) gagaTAATGGCTTTGTCGATGTTAGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAAGCGCCGCTTCGCCCACTCGCGCCAGAt < 2:775564/151‑1 (MQ=255) gaTAATGGCTTTGTCGATGTTAGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGCCCACTCGCGCCAGATCg < 1:1011845/151‑1 (MQ=255) aTGGCTTTGTCGATGTTAGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGCCCACTCGCGCCAGATCGGCaa < 2:818348/151‑1 (MQ=255) tGGTTTTGTCGATGTTAGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGCCCACTCGCGCCGGATCGGCaa < 2:786738/150‑1 (MQ=255) gCTTTGTCGATGTTAGGCACGCGTTCATACTGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGCCCACTCGCGCCAGATCGGCAATgg < 1:677957/151‑1 (MQ=255) cTTTGTCGATGTTAGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGCCCACTCGCGCCAGATCGGCAATggg > 2:1197329/1‑151 (MQ=255) ttGTCGATGTTAGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGCCCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGgt < 2:229244/150‑1 (MQ=255) gTCGATGTTAGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGCCCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTa < 2:34401/151‑1 (MQ=255) cGATGTTAGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGCCCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTAc > 1:802651/1‑150 (MQ=255) cGATGTTAGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGCCCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACg > 1:199152/1‑151 (MQ=255) cGATGTTAGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGCCCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGGGTACg > 2:952074/1‑151 (MQ=255) gATGTTAGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGCCCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGc > 1:1004308/1‑151 (MQ=255) gTTAGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGCCCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCg < 2:660752/151‑1 (MQ=255) ttAGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGCCCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCgg > 1:910368/1‑151 (MQ=255) aGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGCCCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGc < 1:1114124/150‑1 (MQ=255) aGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGCCCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCa < 1:519886/151‑1 (MQ=255) ggCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGCCCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCAt < 2:484171/151‑1 (MQ=255) aCGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCCTTAATCGCCGCTTCGCCCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCt > 2:367705/1‑150 (MQ=255) gTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGCCCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCa < 2:911324/151‑1 (MQ=255) aTACAGGCCGATGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGAATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGCCCACTCGCGCCAGATCGGCAACGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCacg > 2:1211530/1‑147 (MQ=255) aCAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGCCCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGaa < 2:737708/149‑1 (MQ=255) gCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGCCCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCa < 2:1043254/151‑1 (MQ=255) ccGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGCCCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCaa < 2:1051496/151‑1 (MQ=255) cGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGCCCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAAc < 2:566929/151‑1 (MQ=255) gCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGCCCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAAc > 1:725977/1‑150 (MQ=255) tgagTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCGCCGGCATTAATCGCCGCTTCGCCCACTCCAGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAAcatc < 1:25976/148‑1 (MQ=255) gatTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGCCCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCg > 1:107911/1‑151 (MQ=255) gatTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGCCCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCg < 2:887965/151‑1 (MQ=255) tCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGCCCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGgt < 1:352424/150‑1 (MQ=255) 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cAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGCCCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACgg < 1:351592/149‑1 (MQ=255) cAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGCCCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGgc > 1:73697/1‑151 (MQ=255) aaaCGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCCCCGGCATTAATCGCCGCTTCGCCCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGgcg < 2:762325/151‑1 (MQ=255) aaaCGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGCCCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGgcg < 1:476632/151‑1 (MQ=255) aaaCGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGCCCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCAGCGGTGTAATTACGGgc < 1:385670/150‑1 (MQ=255) aTGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGCCCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTCa < 2:274135/151‑1 (MQ=255) tGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCGCCGGCATTAATCGCCGCTTCGCCCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTc < 1:54255/149‑1 (MQ=255) tGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGCCCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTCAc > 1:737832/1‑151 (MQ=255) ggTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGCCCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTCAcc < 2:732113/151‑1 (MQ=255) tAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGCCCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTCACCata > 2:294212/1‑150 (MQ=255) 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gATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGCCCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTCACCATATAGATAGCGCGTTCGATCACCTCg > 2:401360/1‑151 (MQ=255) ggtggCCCCGGCATTAATCGCCGCTTCGCCCACTCGCGCCAGATCTGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTTATTACGGGCTCGTTTCACCATATAGATAGCGCGTTCGATCACCTCGTCCa < 2:517801/149‑1 (MQ=255) ggCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGCCCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTCACCATATAGATAGCGCGTTCGATCACCTCGTCCAGCGtg > 1:640827/1‑151 (MQ=255) gCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGCCCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTCACCATATAGACAGCGCGTTCGATCACCTCGTCCAGCGtgc > 1:39915/1‑151 (MQ=255) cACCGGCATTAATCGCCGCTTCGCCCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTCACCATATAGATAGCGCGTTCGATCACCTCGTCCAGCGtgct > 2:592286/1‑151 (MQ=255) 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ccgcTTCGCCCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTCTCCATATAGATAGCGCGTTCGATCACCTCGTCCAGCGTGCTGCGCAGCTTGGTGGc < 2:1210405/151‑1 (MQ=255) ccgcTTCGCCCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTCACCATATAGATAGCGCGTTCGATCACCTCGTCCAGCGTGCTGCGCAGCTTGGTGGc > 1:14792/1‑151 (MQ=255) cgcTTCGCCCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTCACCATATAGATAGCGCGTTCGATCACCTCGTCCAGCGTGCTGCGCAGCTTGGTGGCg > 1:164869/1‑151 (MQ=255) tCGCCCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTCACCATATAGATAGCGCGTTCGATCACCTCGTCCAGCGTGCTGCGCAGCTTGGTGGCGAtgt > 1:85988/1‑151 (MQ=255) tCGCCCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTCACCATATAGATAGCGCGTTCGATCACCTCGTCCAGCGTGCTGCGCAGCTTGGTGGCGAt < 2:795699/149‑1 (MQ=255) | GTGGGTATGTACGGAGATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTCACCATATAGATAGCGCGTTCGATCACCTCGTCCAGCGTGCTGCGCAGCTTGGTGGCGATGT > NC_000913/82918‑83213 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |