| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,691,406 | T→G | D401A (GAT→GCT) | bcsB ← | regulator of cellulose synthase, cyclic di‑GMP binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,691,406 | 0 | T | G | 95.5% | 228.5 / 1.7 | 66 | D401A (GAT→GCT) | bcsB | regulator of cellulose synthase, cyclic di‑GMP binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/2); new base G (39/24); total (40/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
GCCTCCTGTTTGCTGCTCAGGTTGAAGGATTGCAGGAACTGGTTATTCAGGCTGATATCCATCCGCGAACTGTCTTTCACCGGCGGCATGGTGTAGCGGTAATTAATATCCATATCAATGCCGGTACTGCGCATCAGGTAGAGATCCGGCGGCAGGTTTAGCGAAACGTTAATCGCTGCTGGCTCAAGACCGCTGGATTGTAACTGTTCTTCATAGGTTTTCAGTTCGCCAAATGTGACCGGACGATCGGTACGTACCCAGTTCGGCGCATCGTACGGCTTACGCGGT > NC_000913/3691262‑3691549 | gCCTCCTGTTTGCTGCTCAGGTTGAAGGATTGCAGGAACTGGTTATTCAGGCTGATATCCATCCGCGAACTGTCTTTCACCGGCGGCATGGTGTAGCGGTAATTAATATCCATATCAATGCCGGTACTGCGCATCAGGTAGAGAGCcggcg > 1:1164985/1‑151 (MQ=255) cctcctGTTTGCTGCTCAGGTTGAAGGATTGCAGGAACTGGTTATTCAGGCTGATATCCATCCGCGAACTGTCTTTCACCGGCGGCATGGTGTAGCGGTAATTAATATCCATATCAATGCCGGTACTGCGCATCAGGTAGAGAGCcggcgg > 2:950259/1‑151 (MQ=255) cctcctGTTTGCTGCTCAGGTTGAAGGATTGCAGGAACTGGTTATTCAGGCTGATATCCATCCGCGAACTGTCTTTCACCGGCGGCATGGTGTAGCGGTAATTAATATCCATATCAATGCCGGTACTGCGCATCAGGTAGAGAGCcggcgg < 1:1195761/151‑1 (MQ=255) ctcctGTTTGCTGCTCAGGTTGAAGGATTGCAGGAACTGGTTATTCAGGCTGATATCCATCCGCGAACTGTCTTTCACCGGCGGCATGGTGTAGCGGTAATTAATATCCATATCAATGCCGGTACTGCGCATCAGGTAGAGAGCCggcggc > 1:110184/1‑151 (MQ=255) cctGTTTGCTGCTCAGGTTGAAGGATTGCAGGAACTGGTTATTCAGGCTGATATCCATCCGCGAACTGTCTTTCACCGGCGGCATGGTGTAGCGGTAATTAATATCCATATCAATGCCGGTACTGCGCATCAGGTAGAGAGCCGGCGGCAg < 2:1136734/151‑1 (MQ=255) tgctgcTCAGGTTGAAGGATTGCAGGAACTGGTTATTCAGGCTGATATCCATCCGCGAACTGTCTTTCACCGGCGGCATGGTGTAGCGGTAATTAATATCCATATCAATGCCGGTACTGCGCATCAGGTAGAGAGCCGGCGGCAGGttt > 1:624728/1‑149 (MQ=255) gctgctCAGGTTGAAGGATTGCAGGAACTGGTTATTCAGGCTGATATCCATCCGCGAACTGTCTTTCACCGGCGGCATGGTGTAGCGGTAATTAATATCCATATCAATGCCGGTACTGCGCATCAGGTAGAGAGCCGGCGGCAGGTTTAg < 2:676591/150‑1 (MQ=255) gctgctCAGGTTGAAGGATTGCAGGAACTGGTTATTCAGGCTGATATCCATCCGCGAACTGTCTTTCACCGGCGGCATGGTGTAGCGGTAATTAATATCCATATCAATGCCGGTACTGCGCATCAGGTAGAGAGCCGGCGGCAGGTTTAGc > 1:618536/1‑151 (MQ=255) 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tCAGGTTGAAGGATTGCAGGAACTGGTTATTCAGGCTGATATCCATCCGCGAACTGTCTTTCACCGGCGGCATGGTGTAGCGGTAATTAATATCCATATCAATGCCGGTACTGCGCATCAGGTAGAGAGCCGGCGGCAGGTTTAGCGAAAc > 2:1125450/1‑151 (MQ=255) cAGGTTGAAGGATTGCAGGAACTGGTTATTCAGGCTGATATCCATCCGCGAACTGTCTTTCACCGGCGGCATGGTGTAGCGGTAATTAATATCCATATCAATGCCGGTACTGCGCATCAGGTAGAGAGCCGGCGGCAGGTTTAGCGAAAc < 1:43510/150‑1 (MQ=255) ggTTGAAGGATTGCAGGAACTGGTTATTCAGGCTGATATCCATCCGCGAACTGTCTTTCACCGGCGGCATGGTGTAGCGGTAATTAATATCCATATCAATGCCGGTACTGCGCATCAGGTAGAGAGCCGGCGGCAGGTTTAGCGAAACGtt < 1:235703/151‑1 (MQ=255) ggATTGCAGGAACTGGTTATTCAGGCTGATATCCATCCGCGAACTGTCTTTCACCGGCGGCATGGTGTAGCGGTAATTAATATCCATATCAATGCCGGTACTGCGCATCAGGTAGAGAGCCGGCGGCAGGTTTAGCGAAACGTTAATCgct < 1:393968/151‑1 (MQ=255) aaCTGGTTATTCAGGCTGATATCCATCCGCGAACTGTCTTTCACCGGCGGGATGGTGTAGCGGTAATTAATATCCATATCAATGCCGGTACTGCGCATCAGGTAGAGAGCCGGCGGCAGGTTTAGCGAAACGTTAATCGCTGCTGGCTCa < 2:125601/150‑1 (MQ=255) 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tccGCGAACTGTCTTTCACCGGCGGCATGGTGTAGCGGTAATTAATATCCATATCAATGCCGGTACTGCGCATCAGGTAGAGAGCCGGCGGCAGGTTTAGCGAAACGTTAATCGCTGCTGGCTCAAGACCGCTGGATTGTAACTGttcttc > 1:580226/1‑151 (MQ=255) gcgAACTGTCTTTCACCGGCGGCATGGTGTAGCGGTAATTAATATCCATATCAATGCCGGTACTGCGCATCAGGTAGAGAGCCGGCGGCAGGTTTAGCGAAACGTTAATCGCTGCTGGCTCAAGACCGCTGGATTGTAACTGTTCTTCAt > 1:850620/1‑150 (MQ=255) aaCTGTCTTTCACCGGCGGCATGGTGTAGCGGTAATTAATATCCATATCAATGCCGGTACTGCGCATCAGGTAGAGAGCCGGCGGCAGGTTTAGCGAAACGTTAATCGCTGCTGGCTCAAGACCGCTGGATTGTAACTGTTCTTCATAGGt > 1:215807/1‑151 (MQ=255) aaCTGTCTTTCACCGGCGGCATGGTGTAGCGGTAATTAATATCCATATCAATGCCGGTACTGCGCATCAGGTAGAGAGCCGGCGGCAGGTTTAGCGAAACGTTAATCGCTGCTGGCTCAAGACCGCTGGATTGTAACTGTTCTTCATAGGt > 1:204799/1‑151 (MQ=255) aCTGTCTTTCACCGGCGGCATGGTGTAGCGGTAATTAATATCCATATCAATGCCGGTACTGCGCATCAGGTAGAGAGCCGGCGGCAGGTTTAGCGAAACGTTAATCGCTGCTGGCTCAAGACCGCTGGATTGTAACTGTTCTTCATAGGtt < 1:512371/151‑1 (MQ=255) gTCTTTCACCGGCGGCATGGTGTAGCGGTAATTAATATCCATATCAATGCCGGTACTGCGCATCAGGTAGAGAGCCGGCGGCAGGTTTAGCGAAACGTTAATCGCTGCTGGCTCAAGACCGCTGGATTGTAACTGTTCTTCATAGGttt < 1:672523/149‑1 (MQ=255) gTCTTTCACCGGCGGCATGGTGTAGCGGTAATTAATATCCATATCAATGCCGGTACTGCGCATCAGGTAGAGAGCCGGCGGCAGGTTTAGCGAAACGTTAATCGCTGCTGGCTCAAGACCGCTGGATTGTAACTGTTCTTCATAGGTTTTc > 2:330699/1‑151 (MQ=255) gTCTTTCACCGGCGGCATGGTGTAGCGGTAATTAATATCCATATCAATGCCGGTACTGCGCATCAGGTAGAGAGCCGGCGGCAGGTTTAGCGAAACGTTAATCGCTGCTGGCTCAAGACCGCTGGATTGTAACTGTTCTTCATAGGTTTTc < 1:371540/151‑1 (MQ=255) cACCGGCGGCATGGTGTAGCGGTAATTAATATCCATATCAATGCCGGTACTGCGCATCAGGTAGAGAGCCGGCGGCAGGTTTAGCGAAACGTTAATCGCTGCTGGCTCAAGACCGCTGGATTGTAACTGTTCTTCATAGGTTTTCAGTTCg > 2:127773/1‑151 (MQ=255) cACCGGCGGCATGGTGTAGCGGTAATTAATATCCATATCAATGCCGGTACTGCGCATCAGGTAGAGAGCCGGCGGCAGGTTTAGCGAAACGTTAATCGCTGCTGGCTCAAGACCGCTGGATTGTAACTGTTCTTCATAGGTTTTCAGTTCg > 1:738648/1‑151 (MQ=255) 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aTGGTGTAGCGGTAATTAATATCCATATCAATGCCGGTACTGCGCATCAGGTAGAGAGCCGGCGGCAGGTTTAGCGAAACGTTAATCGCTGCTGGCTCAAGACCGCTGGATTGTAACTGTTCTTCATAGGTTTTCAGTTCGCCAAAtgtg > 1:1113614/1‑150 (MQ=255) ggTGTAGCGGTAATTAATATCCATATCAATGCCGGTACTGCGCATCAGGTAGAGAGCCGGCGGCAGGTTTAGCGAAACGTTAATCGCTGCTGGCTCAAGACCGCTGGATTGTAACTGTTCTTCATAGGTTTTCAGTTCGCCAAATGTGAcc > 2:987566/1‑151 (MQ=255) ggTGTAGCGGTAATTAATATCCATATCAATGCCGGTACTGCGCATCAGGTAGAGAGCCGGCGGCAGGTTTAGCGAAACGTTAATCGCTGCTGGCTCAAGACCGCTGGATTGTAACTGTTCTTCATAGGTTTTCAGTTCGCCAAATGTGAcc > 1:1205376/1‑151 (MQ=255) tgtAGCGGTAATTAATATCCATATCAATGCCGGTACTGCGCATCAGGTAGAGAGCCGGCGGCAGGTTTAGCGAAACGTTAATCGCTGCTGGCTCAAGACCGCTGGATTGTAACTGTTCTTCATAGGTTTTCAGTTCGCCAAATGTGACCgg > 1:934303/1‑151 (MQ=255) gtAGCGGTAATTAATATCCATATCAATGCCGGTACTGCGCATCAGGTAGAGAGCCGGCGGCAGGTTTAGCGAAACGTTAATCGCTGCTGGCTCAAGACCGCTGGATTGTAACTGTTCTTCATAGGTTTTCAGTTCGCCAAATGTGACCgg < 1:987360/150‑1 (MQ=255) gtAGCGGTAATTAATATCCATATCAATGCCGGTACTGCGCATCAGGTAGAGAGCCGGCGGCAGGTTTAGCGAAACGTTAATCGCTGCTGGCTCAAGACCGCTGGATTGTAACTGTTCTTCATAGGTTTTCAGTTCGCCAAATGTGACCGGa < 2:1207615/151‑1 (MQ=255) gCGGTAATTAATATCCATATCAATGCCGGTACTGCGCATCAGGTAGAGAGCCGGCGGCAGGTTTAGCGAAACGTTAATCGCTGCTGGCTCAAGACCGCTGGATTGTAACTGTTCTTCATAGGTTTTCAGTTCGCCAAATGTGACCGGACGa < 2:536045/151‑1 (MQ=255) cGGTAATTAATATCCATATCAATGCCGGTACTGCGCATCAGGTAGAGAGCCGGTGGCAGGTTTAGCGAAACGTTAATCGCTGCTGGCTCAAGACCGCTGGATTGTAACTGTTCTTCATAGGTTTTCAGTTCGCCAAATGTGACCGGACGAt < 1:144456/151‑1 (MQ=255) cGGTAATTAATATCCATATCAATGCCGGTACTGCGCATCAGGTAGAGAGCCGGCGGCAGGTTTAGCGAAACGTTAATCGCTGCTGGCTCAAGACCGCTGGATTGTAACTGTTCTTCATAGGTTTTCAGTTCGCCAAATGTGACCGGACGAt > 1:339630/1‑151 (MQ=255) ggTAATTAATATCCATATCAATGCCGGTACTGCGCATCAGGTAGAGAGCCGGCGGCAGGTTTAGCGAAACGTTAATCGCTGCTGGCTCAAGACCGCTGGATTGTAACTGTTCTTCATAGGTTTTCAGTTCGCCAAATGTGACCGGACGATc < 1:153565/151‑1 (MQ=255) ggTAATTAATATCCATATCAATGCCGGTACTGCGCATCAGGTAGAGAGCCGGCGGCAGGTTTAGCGAAACGTTAATCGCTGCTGGCTCAAGACCGCTGGATTGTAACTGTTCTTCATAGGTTTTCAGTTCGCCAAATGTGACCGGACGATc < 2:709547/151‑1 (MQ=255) aattaatATCCATATCAATGCCGGTACTGCGCATCAGGTAGAGAGCCGGCGGCAGGTTTAGCGAAACGTTAATCGCTGCTGGCTCAAGACCGCTGGATTGTAACTGTTCTTCATAGGTTTTCAGTTCGCCAAATGTGACCGGACGATCGgt < 2:1119151/151‑1 (MQ=255) taatATCCATATCAATGCCGGTACTGCGCATCAGGTAGAGAGCCGGCGGCAGGTTTAGCGAAACGTTAATCGCTGCTGGCTCAAGACCGCTGGATTGTAACTGTTCTTCATAGGTTTTCAGTTCGCCAAATGTGACCGGACGATCGgtacg > 2:426623/1‑151 (MQ=255) ccATATCAATGCCGGTACTGCGCATCAGGTAGAGAGCCGGCGGCAGGTTTAGCGAAACGTTAATCGCTGCTGGCTCAAGACCGCTGGATTGTAACTGTTCTTCATAGGTTTTCAGTTCGCCAAATGTGACCGGACGATCGGTACGTAccc > 2:137834/1‑150 (MQ=255) tCAATGCCGGTACTGCGCATCAGGTAGAGAGCCGGCGGCAGGTTTAGCGAAACGTTAATCGCTGCTGGCTCAAGACCGCTGGATTGTAACTGTTCTTCATAGGTTTTCAGTTCGCCAAATGTGACCGGACGATCGGTACGTACCCAGTTCg > 2:559763/1‑151 (MQ=255) cAATGCCGGTACTGCGCATCAGGTAGAGAGCCGGCGGCAGGTTTAGCGAAACGTTAATCGCTGCTGGCTCAAGACCGCTGGATTGTAACTGTTCTTCATAGGTTTTCAGTTCGCCAAATGTGACCGGACGATCGGTACGTACCCAGTTCgg > 1:87811/1‑151 (MQ=255) aTGCCGGTACTGCGCATCAGGTAGAGAGCCGGCGGCAGGTTTAGCGAAACGTTAATCGCTGCTGGCTCAAGACCGCTGGATTGTAACTGTTCTTCATAGGTTTTCAGTTCGCCAAATGTGACCGGACGATCGGTACGTACCCAGTTCGgcg > 1:103483/1‑151 (MQ=255) cGGTACTGCGCATCAGGTAGAGAGCCGGCGGCAGGTTTAGCGAAACGTTAATCGCTGCTGGCTCAAGACCGCTGGATTGTAACTGTTCTTCATAGGTTTTCAGTTCGCCAAATGTGACCGGACGATCGGTACGTACCCAGTTCGGCGCATc > 2:277718/1‑151 (MQ=255) aCTGCGCATCAGGTAGAGAGCCGGCGGCAGGTTTAGCGAAACGTTAATCGCTGCTGGCTCAAGACCGCTGGATTGTAACTGTTCTTCATAGGTTTTCAGTTCGCCAAATGTGACCGGACGATCGGTACGTACCCAGTTCGGCGCATCGTa < 1:2821/150‑1 (MQ=255) gcgcATCAGGTAGAGAGCCGGCGGCAGGTTTAGCGAAACGTTAATCGCTGCTGGCTCAAGACCGCTGGATTGTAACTGTTCTTCATAGGTTTTCAGTTCGCCAAATGTGACCGGACGATCGGTACGTACCCAGTTCGGCGCATCGTACGGc < 1:492523/151‑1 (MQ=255) aTCAGGTAGAGAGCCGGCGGCAGGTTTAGCGAAACGTTAATCGCTGCTGGCTCAAGACCGCTGGATTGTAACTGTTCTTCATAGGTTTTCAGTTCGCCAAATGTGACCGGACGATCGGTACGTACCCAGTTCGGCGCATCGTACGGCTTAc > 1:761614/1‑151 (MQ=255) gTAGAGATCCGGCGGCAGGTTTAGCGAAACGTTAATCGCTGCTGGCTCAAGACCGCTGGATTGTAACTGTTCTTCATAGGTTTTCAGTTCGCCAAATGTGACCGGACGATCGGTACGTACCCAGTTCGGCGCATCGTACGGCTTACGCGGt < 1:253486/151‑1 (MQ=255) gTAGAGAGCCGGCGGCAGGTTTAGCGAAACGTTAATCGCTGCTGGCTCAAGACCGCTGGATTGTAACTGTTCTTCATAGGTTTTCAGTTCGCCAAATGTGACCGGACGATCGGTACGTACCCAGTTCGGCGCATCGTACGGCTTACGCGGt < 1:936975/151‑1 (MQ=255) | GCCTCCTGTTTGCTGCTCAGGTTGAAGGATTGCAGGAACTGGTTATTCAGGCTGATATCCATCCGCGAACTGTCTTTCACCGGCGGCATGGTGTAGCGGTAATTAATATCCATATCAATGCCGGTACTGCGCATCAGGTAGAGATCCGGCGGCAGGTTTAGCGAAACGTTAATCGCTGCTGGCTCAAGACCGCTGGATTGTAACTGTTCTTCATAGGTTTTCAGTTCGCCAAATGTGACCGGACGATCGGTACGTACCCAGTTCGGCGCATCGTACGGCTTACGCGGT > NC_000913/3691262‑3691549 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |