Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,494,308 | T→G | Q33H (CAA→CAC) | idnD ← | L‑idonate 5‑dehydrogenase, NAD‑binding |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,494,308 | 0 | T | G | 98.6% | 285.0 / NA | 70 | Q33H (CAA→CAC) | idnD | L‑idonate 5‑dehydrogenase, NAD‑binding |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base G (44/25); minor base C (1/0); total (45/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GCCCTTCATGTAATTCTGATGAGTCGCTATGAATAACTTTACCGATAACTTCATGACCTAACACCATCGGTGCCTTTATCATGAAATTACCTACTTTTCCTTCCTGATAATAATGTAAATCGGAACCGCAAATTCCACCTCGGGTTATTTGTACTAATGTTCCATTATTATTCCAATCTATCGTCTGCTCGGTAACGGCAACAGTTTTCTTGCCCGCAACAACGCAGGACTGTGTTTTCACTTGCATAAATTCCTCACTGGTCAGGTAGACACCTCGGAAGCATTTAAGCGGTTTT > NC_000913/4494160‑4494455 | gCCCGTCATGTAATTCTGATGAGTCGCTATGAATAACTTTACCGATAACTTCATGACCTAACACCATCGGTGCCTTTATCATGAAATTACCTACTTTTCCTTCCTGATAATAATGTAAATCGGAACCGCAAATTCCACCTCGGGTTAtgtg < 2:238889/151‑1 (MQ=255) tCATGTAATTCTGATGAGTCGCTATGAATAACTTTACCGATAACTTCATGACCTAACACCATCGGTGCCTTTATCATGAAATTACCTACTTTTCCTTCCTGATAATAATGTAAATCGGAACCGCAAATTCCACCTCGGGTTATGTGTACt > 1:195870/1‑150 (MQ=255) cATGTAATTCTGATGAGTCGCTATGAATAACTTTACCGATAACTTCATGACCTAACACCATCGGTGCCTTTATCATGAAATTACCTACTTTTCCTTCCTGATAATAATGTAAATCGGAACCGCAAATTCCACCTCGGGTTATGTGTACTa < 1:952990/150‑1 (MQ=255) aTGTAATTCTGATGAGTCGCTATGAATAACTTTACCGATAACTTCATGACCTAACACCATCGGTGCCTTTATCATGAAATTACCTACTTTTCCTTCCTGATAATAATGTAAATCGGAACCGCAAATTCCACCTCGGGTTATGTGTACTaa > 2:784036/1‑150 (MQ=255) gTAATTCTGATGAGTCGCTATGAATAACTTTACCGATAACTTCATGACCTAACACCATCGGTGCCTTTATCATGAAATTACCTACTTTTCCTTCCTGATAATAATGTAAATCGGAACCGCAAATTCCACCTCGGGTTATGTGTACTAATGt < 2:1101300/151‑1 (MQ=255) gTAATTCTGATGAGTCGCTATGAATAACTTTACCGATAACTTCATGACCTAACACCATCGGTGCCTTTATCATGAAATTACCTACTTTTCCTTCCTGATAATAATGTAAATCGGAACCGCAAATTCCACCTCGGGTTATGTGTACTAATGt > 1:966418/1‑151 (MQ=255) tAATTCTGATGAGTCGCTATGAATAACTTTACCGATAACTTCATGACCTAACACCATCGGTGCCTTTATCATGAAATTACCTACTTTTCCTTCCTGATAATAATGTAAATCGGAACCGCAAATTCCACCTCGGGTTATGTGTACTAATGtt > 2:916214/1‑151 (MQ=255) aTTCTGATGAGTCGCTATGAATAACTTTACCGATAACTTCATGACCTAACACCATCGGTGCCTTTATCATGAAATTACCTACTTTTCCTTCCTGATAATAATGTAAATCGGAACCGCAAATTCCACCTCGGGTTATGTGTACTAATGTTcc < 2:191739/151‑1 (MQ=255) gTCGCTATGAATAACTTTACCGATAACTTCATGACCTAACACCATCGGTGCCTTTATCATGAAATTACCTACTTTTCCTTCCTGATAATAATGTAAATCGGAACCGCAAATTCCACCTCGGGTTATGTGTACTAATGTTCCATTATTATTc > 2:281344/1‑151 (MQ=255) cGCTATGAATAACTTTACCGATAACTTCATGACCTAACACCATCGGTGCCTTTATCATGAAATTACCTACTTTTCCTTCCTGATAATAATGTAAATCGGAACCGCAAATTCCACCTCGGGTTATGTGTACTAATGTTCCATTATTATTCCa < 2:242151/151‑1 (MQ=255) tATGAATAACTTTACCGATAACTTCATGACCTAACACCATCGGTGCCTTTATCATGAAATTACCTACTTTTCCTTCCTGATAATAATGTAAATCGGAACCGCAAATTCCACCTCGGGTTATGTGTACTAATGTTCCATTATTATTCCAATc > 1:545203/1‑151 (MQ=255) aTGAATAACTTTACCGATAACTTCATGACCTAACACCATCGGTGCCTTTATCATGAAATTACCTACTTTTCCTTCCTGATAATAATGTAAATCGGAACCGCAAATTCCACCTCGGGTTATGTGTACTAATGTTCCATTATTATTCCAATCt < 1:403008/151‑1 (MQ=255) aTGAATAACTTTACCGATAACTTCATGACCTAACACCATCGGTGCCTTTATCATGAAATTACCTACTTTTCCTTCCTGATAATAATGTAAATCGGAACCGCAAATTCCACCTCGGGTTATGTGTACTAATGTTCCATTATTATTCCAATCt < 2:385016/151‑1 (MQ=255) tGAATAACTTTACCGATAACTTCATGACCTAACACCATCGGTGCCTTTATCATGAAATTACCTACTTTTCCTTCCTGATAATAATGTAAATCGGAACCGCAAATTCCACCTCGGGTTATGTGTACTAATGTTCCATTATTATTCCAATCt > 2:705969/1‑150 (MQ=255) aaTAACTTTACCGATAACTTCATGACCTAACACCATCGGTGCCTTTATCATGAAATTACCTACTTTTCCTTCCTGATAATAATGTAAATCGGAACCGCAAATTCCACCTCGGGTTATGTGTACTAATGTTCCATTATTATTCCAATCTATc < 2:554744/151‑1 (MQ=255) aaTAACTTTACCGATAACTTCATGACCTAACACCATCGGTGCCTTTATCATGAAATTACCTACTTTTCCTTCCTGATAATAATGTAAATCGGAACCGCAAATTCCACCTCGGGTTATGTGTACTAATGTTCCATTATTATTCCAATCTATc < 2:565442/151‑1 (MQ=255) tACCGATAACTTCATGACCTAACACCATCGGTGCCTTTATCATGAAATTACCTACTTTTCCTTCCTGATAATAATGTAAATCGGAACCGCAAATTCCACCTCGGGTTATGTGTACTAATGTTCCATTATTATTCCAATCTATCGTCTGCTc > 2:543963/1‑151 (MQ=255) aaCTTCATGACCTAACACCATCGGTGCCTTTATCATGAAATTACCTACTTTTCCTTCCTGATAATAATGTAAGTCGGAACCGCAAATTCCACCTCGGGTTATGTGTACTAATGTTCCATTATTATTCCAATCTATCGTCTGCTCGGTAACg > 1:1210855/1‑151 (MQ=255) 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tGACCTAACACCATCGGTGCCTTTATCATGAAATTACCTACTTTTCCTTCCTGATAATAATGTAAATCGGAACCGCAAATTCCACCTCGGGTTATGTGTACTAATGTTCCATTATTATTCCAATCTATCGTCTGCTc > 1:389500/1‑137 (MQ=255) aaCACCATCGGTGCCTTTATCATGAAATTACCCACTTTTTCTTTCTGATAATAATGTAAATCGGAACCGCAAATTCCACCTCCGGTTATGTGTACTAATGTTTCATTATTATTTCAATCTATCGTCTGCTCGGGTACGGCAACAGtttttt > 2:162935/1‑149 (MQ=255) cacCATCGGTGCCTTTATCATGAAATTACCTACTTTTCCTTCCTGATAATAATGTAAATCGGAACCGCAAATTCCACCTCGGGTTATGTGTACTAATGTTCCATTATTATTCCAATCTATCGTCTGCTCGGTAACGGCAACAGTTTTCTTg > 2:142351/1‑151 (MQ=255) acCATCGGTGCCTTTATCATGAAATTACCTACTTTTCCTTCCTGATAATAATGTAAATCGGAACCGCAAATTCCACCTCGGGTTATGTGTACTAATGTTCCATTATTATTCCAATCTATCATCTGCTCGGTAACGGCAACAGTTTTCTTGc > 1:682196/1‑151 (MQ=255) gTGCCTTTATCATGAAATTACCTACTTTTCCTTCCTGATAATAATGTAAATCGGAACCGCAAATTCCACTTCGGGTTATGTGTACTAATGTTCCATTATTATTCCAATCTATCGTCTGCTCGGTAACGGCAACAGTTTTCTTGCCTGca > 2:83285/1‑149 (MQ=255) gTGCCTTTATCATGAAATTACCTACTTTTCCTTCCTGATAATAATGTAAATCGGAACCGCAAATTCCACCTCGGGTTATGTGTACTAATGTTCCATTATTATTCCAATCTATCGTCTGCTCGGTAACGGCAACAGTTTTCTTGCCCGcaac > 1:702053/1‑151 (MQ=255) ccTTTATCATGAAATTACCTACTTTTCCTTCCTGATAATAATGTAAATCGGAACCGCAAATTCCACCTCGGGTTATGTGTACTAATGTTCCATTATTATTCCAATCTATCGTCTGCTCGGTAACGGCAACAGTTTTCTTGCCCGCaacaac < 1:1155185/151‑1 (MQ=255) cTTTATCATGAAATTACCTACTTTTCCTTCCTGATAATAATGTAAATCGGAACCGCAAATTCCACCTCGGGTTATGTGTACTAATGTTCCATTATTATTCCAATCTATCGTCTGCTCGGTAACGGCAACAGTTTTCTTGCCCGCAACAACg > 2:481011/1‑151 (MQ=255) ttATCATGAAATTACCTACTTTTCCTTCCTGATAATAATGTAAATCGGAACCGCAAATTCCACCTCGGGTTATGTGTACTAATGTTCCATTATTATTCCAATCTATCGTCTGCTCGGTAACGGCAACAGTTTTCTTGCCCGCAACAACg < 1:252857/149‑1 (MQ=255) ttATCATGAAATTACCTACTTTTCCTTCCTGATAATAATGTAAATCGGAACCGCAAATTCCACCTCGGGTTATGTGTACTAATGTTCCATTATTATTCCAATCTATCGTCTGCTCGGTAACGGCAACAGTTTTCTTGCCCGCAACAACGc < 1:265420/150‑1 (MQ=255) cATGAAATTACCTACTTTTCCTTCCTGATAATAATGTAAATCGGAACCGCAAATTCCACATCGGGTTATGTGTACTAATGTTCCATTATTATTCCAATCTATCGTCTGCTCGGTAACGGCAACAGTTTTCTTGCCCGCAACAACGCAGGAc > 1:898111/1‑151 (MQ=255) aaTTACCTACTTTTCCTTCCTGATAATAATGTAAATCGGAACCGCAAATTCCACCTCGGGTTATGTGTACTAATGTTCCATTATTATTCCAATCTATCGTCTGCTCGGTAACGGCAACAGTTTTCTTGCCCGCAACAACGCAGGACTgtgt < 2:1036030/151‑1 (MQ=255) aTTACCTACTTTTCCTTCCTGATAATAATGTAAATCGGAACCGCAAATTCCACCTCGGGTTATGTGTACTAATGTTCCATTATTATTCCAATCTATCGTCTGCTCGGTAACGGCAACAGTTTTCTTGCCCGCAACAACGCAGGACTGTGtt > 2:284506/1‑151 (MQ=255) tACCTACTTTTCCTTCCTGATAATAATGTAAATCGGAACCGCAAATTCCACCTCGGGTTATGTGTACTAATGTTCCATTATTATTCCAATCTATCGTCTGCTCGGTAACGGCAACAGTTTTCTTGCCCGCAACAACGCAGGACTGTGtttt > 2:217233/1‑151 (MQ=255) aCCTACTTTTCCTTCCTGATAATAATGTAAATCGGAACCGCAAATTCCACCTCGGGTTATGTGTACTAATGTTCCATTATTATTCCAATCTATCGTCTGCTCGGTAACGGCAACAGTTTTCTTGCCCGCAACAACGCAGGACTGTGtttt < 1:509261/150‑1 (MQ=255) ccTACTTTTCCTTCCTGATAATAATGTAAATCGGAACCGCAAATTCCACCTCGGGTTATGTGTACTAATGTTCCATTATTATTCCAATCTATCGTCTGCTCGGTAACGGCAACAGTTTTCTTGCCCGCAACAACGCAGGACTGTGtt > 1:356842/1‑147 (MQ=255) cTACTTTTCCTTCCTGATAATAATGTAAATCGGAACCGCAAATTCCACCTCGGGTTATGTGTACTAATGTTCCATTATTATTCCAATCTATCGTCTGCTCGGTAACGGCAACAGTTTTCTTGCCCGCAACAACGCAGGACTGTGTTTTCAc > 1:1036310/1‑151 (MQ=255) cTACTTTTCCTTCCTGATAATAATGTAAATCGGAACCGCAAATTCCACCTCGGGTTATGTGTACTAATGTTCCATTATTATTCCAATCTATCGTCTGCTCGGTAACGGCAACAGTTTTCTTGCCCGCAACAACGCAGGACTGTGTTTTCAc > 2:1162589/1‑151 (MQ=255) aCTTTTCCTTCCTGATAATAATGTAAATCGGAACCGCAAATTCCACCTCGGGTTATGTGTACTAATGTTCCATTATTATTCCAATCTATCGTCTGCTCGGTAACGGCAACAGTTTTCTTGCCCGCAACAACGCAGGACTGTGTTTTCACtt > 2:781387/1‑151 (MQ=255) aCTTTTCCTTCCTGATAATAATGTAAATCGGAACCGCAAATTCCACCTCGGGTTATGTGTACTAATGTTCCATTATTATTCCAATCTATCGTCTGCTCGGTAACGGCAACAGTTTTCTTGCCCGCAACAACGCAGGACTGTGTTTTCACt < 2:95483/150‑1 (MQ=255) aCTTTTACTTTCTGATAATCATGTAAATCGGAACCGCAAATTCCAACTCCGTTTATCTGTCCTAATGTTCCATTATTATTAAACTCTATCGTCTGCTCGCTAACGGCAACGGTTCTCTCGCCCGCAACAACGCCGGACTGGGTCCTCAc > 2:84184/1‑149 (MQ=255) ttttCCTTCCTGATAATAATGTAAATCGGAACCGCAAATTCCACCTCGGGTTATGTGTACTAATGTTCCATTATTATTCCAATCTATCGTCTGCTCGGTAACGGCAACAGTTTTCTTGCCCGCAACAACGCAGGACTGTGTTTTCACTTGc > 2:440504/1‑151 (MQ=255) tttCCTTCCTGATAATGATGTAAATCGGAACCGCAAATTCCACCTCGGGTTATGTGTACTAATGTTCCATTATTATTCCAATCTATCGTCTGCTCGGTAACGGCAGCAGTTTTCTTGCCCGCAACAACGCAGGACTGTGTTTTCTCTTg < 2:409081/149‑1 (MQ=255) tttCCTTCCTGATAATAATGTAAATCGGAACCGCAAATTCCACCTCGGGTTATGTGTACTAATGTTCCATTATTATTCCAATCTATCGTCTGCTCGGTAACGGCAACAGTTTTCTTGCCCGCAACAACGCAGGACTGTGTTTTCACTTg < 2:1144569/149‑1 (MQ=255) tttCCTTCCTGATAATAATGTAAATCGGAACCGCAAATTCCACCTCGGGTTATGTGTACTAATGATCCATTATTATTCCAATCTATCGTCTGCTCGGTAACGGCAACAGTTTTCTTGCCCGCAACAACGCAGGACTGTGTTTTCACTTGc > 1:183796/1‑150 (MQ=255) 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gTTATGTGTACTAATGTTCCATTATTATTCCAATCTATCGTCTGCTCGGTAACGGCAACAGTTTTCTTGCCCGCAACAACGCAGGACTGTGTTTTCACTTGCATAAATTCCTCACTGGTCAGGTAGACACCTCGGAAGCATTTAAGCGGtt > 2:607639/1‑151 (MQ=255) gTTATGTGTACTAATGTTCCATTATTATTCCAATCTATCGTCTGCTCGGTAACGGCAACAGTTTTCTTGCCCGCAACAACGCAGGACTGTGTTTTCACTTGCATAAATTCCTCACTGGTCAGGTAGACACCTCGGAAGCATTTAAGCGGtt > 2:268617/1‑151 (MQ=255) tATGTGTACTAATGTTCCATTATTATTCCAATCTATCGTCTGCTCGGTAACGGCAACAGTTTTCTTGCCCGCAACAACGCAGGACTGTGTTTTCACTTGCATAAATTCCTCACTGGTCAGGTAGACACCTCGGAAGCATTTAAGCGGtttt > 2:994249/1‑151 (MQ=255) | GCCCTTCATGTAATTCTGATGAGTCGCTATGAATAACTTTACCGATAACTTCATGACCTAACACCATCGGTGCCTTTATCATGAAATTACCTACTTTTCCTTCCTGATAATAATGTAAATCGGAACCGCAAATTCCACCTCGGGTTATTTGTACTAATGTTCCATTATTATTCCAATCTATCGTCTGCTCGGTAACGGCAACAGTTTTCTTGCCCGCAACAACGCAGGACTGTGTTTTCACTTGCATAAATTCCTCACTGGTCAGGTAGACACCTCGGAAGCATTTAAGCGGTTTT > NC_000913/4494160‑4494455 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |