| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 802,118 | 0 | A | C | 45.6% | 89.7 / 23.2 | 68 | T78P (ACC→CCC) | ybhI | putative DASS family tricarboxylate or dicarboxylate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (31/6); new base C (0/31); total (31/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.20e-13 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTT‑CCCGGAACC‑TGTCGTACTGTTAATTG‑CCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTC‑GGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGCTGGGTC > NC_000913/801973‑802265 | cGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTT‑CCCGGAACC‑TGTCGTACTGTTAATTG‑CCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTC‑GGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAa‑ccacc > 2:104002/1‑151 (MQ=255)cGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTT‑CCCGGAACC‑TGTCGTACTGTTAATTG‑CCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTC‑GGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAa‑ccacc < 2:348856/151‑1 (MQ=255) gAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTT‑CCCGGAACC‑TGTCGTACTGTTAATTG‑CCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTC‑GGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCAccg > 1:789422/1‑151 (MQ=255) aaCTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTT‑CCCGGAACC‑TGTCGTACTGTTAATTG‑CCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTC‑GGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCAccgc < 1:468609/151‑1 (MQ=255) tGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTT‑CCCGGAACC‑TGTCGTACTGTTAATTG‑CCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTC‑GGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCAccgccg > 1:828125/1‑150 (MQ=255) gCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTT‑CCCGGAACC‑TGTCGTACTGTTAATTG‑CCGTTGCTGCCGCAATGGTGGTGGTC‑GGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTAt < 2:306974/151‑1 (MQ=255) tttGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTT‑CCCGGAACC‑TGTCGTACTGTTAATTG‑CCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTC‑GGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTAct > 1:487620/1‑151 (MQ=255) ttGGTATTTCCCTGGCGGCCTTTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTT‑CCCGGAACC‑TGTCGTACTGTTAATTG‑CCGTTGCTGCCTAAATGGTGGTGGTC‑GGTAACTTATCCGACGGTGCTTTTAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTaat < 1:504518/150‑3 (MQ=255) gttttttCCCGGGGGGCTATTGTGGGGGTGTTTACAAAGCTTTC‑CCCGGACCC‑TGTCGTATTTTTATTTC‑CGGTTGCTGCCCCAAGGGTGGTGGTC‑GGTAATTTATCCGGCGGTGCTTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTActct < 1:41419/146‑1 (MQ=255) ttttCCTGGTGGCAATTGGGGATTTGTTTATC‑AGCCTTTACCCGGACCG‑TGTCGGAC‑GTTAAATGCCCGTTGCTGCCTAAATGG‑GGTGGGCGGGTAAGTAATCCGGCGTTATGTTTAAAC‑CCCCCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCa < 1:138030/149‑1 (MQ=255) ttACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTT‑CCCGGAACC‑TGTCGTACTGTTAATTG‑CCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTC‑GGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGt > 2:193717/1‑151 (MQ=255) cccgggcgccCTTTGTGGGGCTGGTTACCAAGCTTTC‑CCCGAACCC‑GGTCTTACTTTTAATGG‑CCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTG‑GGTAATTTACCCGAGGGTGCTTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTac < 2:1041180/147‑1 (MQ=255) ccTGGCGGCCTTTGGGGGGCTGGTTATCAAGCTTTT‑CCCGGAACC‑TGTCGTACTGTTATTTG‑CCGTTGCTGCCTAAATGGTGGTGGTC‑GGTAATTTACCCGACGGTGCTTTTAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTa < 1:702492/149‑1 (MQ=255) tGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTT‑CCCGGAACC‑TGTCGTACTGTTAATTG‑CCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTC‑GGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTaccac > 2:329913/1‑151 (MQ=255) tGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTT‑CCCGGAACC‑TGTCGTACTGTTAATTG‑CCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTC‑GGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTaccac > 1:1168926/1‑151 (MQ=255) cggcCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTT‑CCCGGACCC‑TGTCGTACTTTTATTTG‑CCGTTGCTCCCTAAATGGTGGTGGTC‑GGTAACTTACCCGACGGTGCGTTTAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACct < 1:1178312/150‑1 (MQ=255) ttGTGGGGTTGTTTATCAAGCTTTC‑CCCGGACCT‑TTTCGTCCTTTTAATTG‑CCGTTGCTCCCTCAAGGGTGGTGGTC‑GTTACCTTATCCGACGGTCCGTTTAAAC‑CCCCCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACctggctgg < 1:555115/150‑1 (MQ=255) ttGGGGGGTTGTTTATCAAGCTTTC‑CCCGGAACC‑TGTCGTACTGTTAATTG‑CCGTTGCTGCCTAAATGGGGGTGGTC‑GGTAACTTACCCGACGGTGCTTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACctggctgg < 1:297702/150‑1 (MQ=255) tgggggggCGGGTAATAAAGCTTTC‑CCCGGACCC‑TGTCGTATTGTAATTGG‑CCGTTGCTGCCTAAAGGGGGGGGGGG‑GGTAATTTACCCGCGGGGGCGTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACctggctg < 2:328600/145‑1 (MQ=255) tgGGGCTGGTTATCAAGCCTTT‑CCCGGAACC‑TGTCGTACTGTTAATTG‑CCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTC‑GGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGtt > 1:733289/1‑151 (MQ=255) ggggCTGGTTATCAAGCCTTT‑CCCGGAACC‑TGTCGTACTGTTAATTG‑CCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTC‑GGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTtc > 1:53514/1‑151 (MQ=255) gtttATCAAGCCTTT‑CCCGGACCC‑TGTCGTATTGTTAATTG‑CCGTTGCTCCCTCAATGGTGGTGGTC‑GGTACCTTATCCGACGGTTCGTTAAAAA‑CCTCCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCgg < 1:249819/147‑1 (MQ=255) ggTTAACAAGCCTTT‑CCCGGAACC‑TGTCGTTTTTTTATTCG‑CCGTTGCTCCCTCAAGGGGGGTGGTG‑GGTAACTTATCCGAGGGTGCGTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCg < 2:805791/151‑1 (MQ=255) tCAAGCCTTT‑CCCGGAACC‑TGTCGTACTGTTAATTG‑CCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTC‑GGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTAc > 2:1138503/1‑151 (MQ=255) cAAGCCTTT‑CCCGGAACC‑TGTCGTACTGTTAATTG‑CCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTC‑GGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTAcc > 1:436196/1‑151 (MQ=255) aaGCCTTT‑CCCGGAACC‑TGTCGTACTGTTAATTG‑CCGTTGCCGCCTCAATGGTGGTGGTC‑GGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACATGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCt > 2:239913/1‑151 (MQ=255) gctttt‑CCCGGACCC‑TGTCTTATTGTTAATTG‑CCGTTGCTCCCTCAATGGTGGTGGTG‑GGTAACTTATCCGAGGGTGCTTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCtt < 2:747974/147‑1 (MQ=255) ccTTT‑CCGGGACCC‑TGTCTTACTTTTAATTG‑CCGTTGCTGCCTCAAGGGTGGTGGTC‑GGTAACTTATCCGACGGTGCTTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTa < 1:998746/150‑1 (MQ=255) ccTTT‑CCCGGAACC‑TGTCGTACTGTTAATTG‑CCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTC‑GGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTa > 2:559412/1‑150 (MQ=255) ttccccGGACCC‑TGTCGTACTGTTAATGG‑CCGTTGCTGCCTCAAGGGTGGTGGTC‑GGTAACTTACCCGACGGTGCGTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAg < 1:987366/147‑1 (MQ=255) tt‑CCCGGACCC‑TGTCGTACTGTTAATTG‑CCGTTGCTGCCTCAATGGGGGTGGTC‑GGTAACTTATCCGACGGTGGGTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAgc < 1:761805/150‑1 (MQ=255) cccGGACCC‑TGTCGTACTGTTAATTG‑CCTTTGCTCCCTCAATGGTGGTGTTC‑GGTAATTTATCCGACGGGGCTTTTAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGcgcc < 2:296660/151‑1 (MQ=255) ccGGGACCTTGTCGTATTTTTATTGG‑CCGTTGCTGCCTCAAGGGTGGGGGTG‑GGTACCTTATCCGACGGTGCGTTTAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAgcgc < 2:761073/150‑1 (MQ=255) cGGAACC‑TGTCGTACTGTTAATTG‑CCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTC‑GGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGcgccgc > 1:555716/1‑151 (MQ=255) cc‑TGTCGTACTGTTAATTG‑CCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTC‑GGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTtg > 1:728983/1‑151 (MQ=255) c‑TGTCGTACTGTTAATTG‑CCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTC‑GGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTtgt > 1:547953/1‑151 (MQ=255) cttACTGTTAATGG‑CCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGCG‑GGTACTTTACCCGGCGGTGCTTTTAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGa < 1:756842/147‑1 (MQ=255) tACTGTTAATTG‑CCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTC‑GGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGaccac > 2:697849/1‑151 (MQ=255) aCTGTTAATTG‑CCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTC‑GGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGaccacc > 1:545778/1‑151 (MQ=255) aCTGTTAATTG‑CCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTC‑GGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGaccacc > 1:1214246/1‑151 (MQ=255) ttATTTG‑CCTTTGCTCCCTAAATGGTGGTGGTC‑GTTACCTTATCCGCCGTTG‑GTTTAAAACCCCCCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCgg < 1:549973/149‑1 (MQ=255) tAATTG‑CCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTC‑GGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGttt > 1:117065/1‑151 (MQ=255) aaTTG‑CGGTTTCTGCCTCAATGGTGGTGGTC‑GTTAATTTATCCGCGGGTGTTTTTAAAC‑CCCCCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTa < 2:901184/151‑1 (MQ=255) aaTTG‑CCGTTGCTCCCTCAATGGGGGTGGTG‑GGTAATTTACCCGACGGTGCTTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGtt < 1:952078/149‑1 (MQ=255) aaTTG‑CCGTTCCTGCCTCAAGGGGGGTGTTC‑GGTAACTTATCCGAGGGGTCGTTAAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGttt < 2:1071816/150‑1 (MQ=255) aTTG‑CCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTC‑GGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGttt > 1:212261/1‑149 (MQ=255) tG‑CCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTC‑GGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGt > 2:842881/1‑151 (MQ=255) g‑CCTTTGCCGCCTAAAGGGTGGTGTTC‑GGTACCTTTCCCGACGGTGCGTTAAAAC‑CCCCCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAg < 2:535225/148‑1 (MQ=255) 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aaaa‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGctgggtc > 1:1256204/1‑151 (MQ=255) aaaa‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGctgggtc > 2:1227758/1‑151 (MQ=255) | CGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTT‑CCCGGAACC‑TGTCGTACTGTTAATTG‑CCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTC‑GGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGCTGGGTC > NC_000913/801973‑802265 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |