| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,151,686 | 0 | G | T | 41.5% | 48.5 / 25.4 | 66 | intergenic (+40/+25) | yegJ/yegK | uncharacterized protein/ser/thr phosphatase‑related protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/11); new base T (11/16); total (39/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.15e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATACGCGCGGGGATAAAATTTACGGCGGTTATACCATTGATCCTTTATTGGTCACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAAC‑TGGC‑GGTTGAA‑TTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACG‑CTC‑GTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCC > NC_000913/2151543‑2151834 | ataCGCGCGGGGATAAAATTTACGGCGGTTATACCATTGATCCTTTATTGGTCACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAAC‑TGGC‑GGTTGAA‑TTGTTGTCtt < 2:574132/151‑1 (MQ=255) aCGCGCGGGGATAAAATTTACGGCGGTTATACCATTGATCCTTTATTGGTCACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAAC‑TGGC‑GGTTGAA‑TTGTTGTCTTc < 2:95304/150‑1 (MQ=255) aCGCGCGGGGATAAAATTTACGGCGGTTATACCATTGATCCTTTATTGGTCACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAAC‑TGGC‑GGTTGAA‑TTGTTGTCTTCa < 2:1200166/151‑1 (MQ=255) ggcggTTATACCATTGATCCTTTATTGGTCACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGCGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAAC‑TGGCGGGTTGAT‑TTTTTTTTTTCAA‑CCCCCA‑GAGaaa > 2:839539/1‑144 (MQ=255) ggTTATACCATTGATCCTTTATTGGTCACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAAC‑TGGC‑GGTTGAA‑TTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATTAGAAactcac > 1:270050/1‑146 (MQ=255) ttATACCATTGATCCTTTATTGGTCACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAAC‑TGGC‑GGTTTGA‑TTTTTTTCTTTCA‑CCGCCACGAGaaaaatacctttccc > 2:434228/1‑139 (MQ=255) taCCATTGATCCTTTATTGGTCACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAAC‑TGGC‑GGTTTTA‑TTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATTGGAAaattactcatccc > 1:75704/1‑143 (MQ=255) ttGATCCTTTATTGGTCACCTTCCAAAAAAAAGAAGCCTACGAGCTAAGAGAAAAATTAGTTCTCTAATCAGCGTTTATATTTTTTTTTTAAAC‑TGGC‑GGTTGAT‑TTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCcaca < 2:931316/146‑1 (MQ=255) tCCTTTATTGGTCACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAAC‑TGGC‑GGTTGAA‑TTTTTTTCTTCAA‑ACGCCCTGAGAAACTCACTATGCCCACAGCGCCAGTg > 2:89214/1‑151 (MQ=255) tttATTGGTCACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAAC‑TGGC‑GGTTGAA‑TTGTTGTCTTTAA‑CCGCCATGAGAAAATCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGcc > 1:184373/1‑150 (MQ=255) ttATTGGTCCCCTATCAAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGAAAAATTATTTCGCTAATCAGCCTTTATATTTATTTTTAAAAC‑GGGC‑GGTTGAA‑TTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCa < 1:260414/150‑1 (MQ=255) ttGGTCACCTATCAAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGAAAAATTAGTTCGCAAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAAC‑GGGC‑GGTTGAA‑TTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACg < 1:84004/150‑1 (MQ=255) tggtcccccTACCAAAAAGAAAAGCCCGACAAGAAAAAAAAAAAATTTTTCCGCTAACCAGCC‑TTATTATTTTTTTTTAAAC‑CGGG‑GGTTTAATTTTTTGTCTAAAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCaa < 2:649519/141‑1 (MQ=255) 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gCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAAC‑TGGC‑GGTTGAA‑TTGTTGTCTTCAA‑CCGCCCTGAGAAAACCACTCTGCCCCCAGCGCCCAGGCCAACGGTTTATCATCCTCCGttccccc > 1:1255408/1‑142 (MQ=255) cagaggaGCAAAAAGAAAATTTAGTTCGCAAACCAGCCTTTTTATTTTTTTTTAAAAC‑GGGC‑GTTTGAA‑TTTTTGCTTCCAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACG‑Ct < 2:54800/141‑1 (MQ=255) aGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAAC‑TGGC‑GGTTGAA‑TTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGGGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACG‑CTC‑GTTTAccgcc > 1:1088066/1‑151 (MQ=255) gcaaggtgCAAAATTGGTTCGCTAATCACCTGTTATATTTATTGTTAAACC‑GGGC‑GGTTAAA‑TTTTTGTTTCCAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACG‑CTC‑GTTTAccgcc < 1:362632/143‑1 (MQ=255) gCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAAC‑TGGC‑GGTTGAA‑TTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAATGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACG‑CCC‑GTTTAccgcc > 1:296834/1‑150 (MQ=255) aaaaTTAGTGCGCAAATCAGCCTTTATATTTTTTTTTAAAAC‑GGGC‑GTTTGAT‑TTGTTGTCTCAAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACG‑CTC‑GTTTACCGCCGGGCTgg < 1:527793/148‑1 (MQ=255) aaaTTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAAC‑TGGC‑GGTTGGA‑TTGTTTTCTTTCA‑CCGCCATGAGAAAATCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAAAGTTTTATCATCATTCGTACG‑CTC‑GTTTACCGCCggg > 1:718605/1‑143 (MQ=255) ttAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAAC‑TGGC‑GGTTGTA‑TTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATTAGAAAATCCCCCTGCCCACAGCGCCAGGCCCAACGGTTTATCATCATCCGTACG‑CTC‑GTTTAACGCCCGGCTGGACaaaa > 1:1281124/1‑150 (MQ=255) tccgttAATCAGCCTTTATTTTTTTTTTTAAAAC‑GGGC‑GTTTGAT‑TTTTTGTCTTCAC‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACG‑CTC‑GTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACt < 1:988947/144‑1 (MQ=255) tCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAAC‑TGGC‑GGTTGAA‑TTGTTGTCTTTAA‑ACGCCCTGAGAAAATCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCCACGTTTTTTCACCATCCGTACG‑CTC‑GTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGc > 1:596445/1‑150 (MQ=255) cGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAAC‑TGGC‑GGTTGAA‑TTGTTTTCTTCAA‑ACGCCCTGAGAAAATCACTCTGCCCCCAGCGCCAGTGGCAACGTTTTTTCATCATCCGTACG‑CCC‑GTTTTCCCCCGGGCTGGGAAAAAAATGCtt > 2:673295/1‑151 (MQ=255) gcaaaccAGCTGTTATTTTTATT‑TTTAAACGGGGC‑GTTTAAT‑TTTTTTTCTAACA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACG‑CTC‑GTTTACCGCCGGGCTGGACaaaaa < 1:35352/138‑1 (MQ=255) tAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAAC‑TGGC‑GGTTGAA‑TTTTTTTCTTTAA‑CCCCCATGAGAAACTCACTCTGCCCCCCGCGCCAGTGCCAACGTTTTTTTATCATCCGTACG‑CCC‑GTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAAATGCttt > 2:1256851/1‑149 (MQ=255) tCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAAC‑TGGC‑GGTTGAA‑TTTTTGTCTTCAA‑CCCCCCCGAGAAACTCAATTTGCCCACAGCGCCAATGCCCAAGATTTATCATCCTCCCTGCG‑CTC‑GTTTAACGCCCGGGTGGACAAAAAATGCTTTAACa > 1:710695/1‑150 (MQ=255) tCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAAC‑TGGC‑GGTTGAA‑TTGTTTTCTTCCA‑CCGCCCTGAGAAACTCACTCTGCCCCCAGCGCCAGTGGCCACGCTTTATCATCATTCGTACG‑CTC‑GTTTACCCCCGGGCTGGGCAAAAACAGCttt > 2:306892/1‑146 (MQ=255) 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ttATATTTATTGTTTAAAC‑TGGC‑GGTTGAA‑TTGTTGTCTTTAA‑CCGCCATGAGAAAATCACTCTGCCCACAACGCCAGTGCCCACGTTTTATTATCATCCGTACG‑CCC‑GTTTACCGCCCGGGTGGGCAAAAACTGCTTTAAAAAtttaag > 1:142244/1‑146 (MQ=255) tataTTTATTGTTTAAAC‑TGGC‑GGTTGGA‑ATTTTTTCTTCAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCCGTGCCAACGTTTTTTCATCATCCCTACG‑CCC‑GTTTACCCCCGGGCCGGACAAAAACTGCTTTTACAAATCAgg > 2:648129/1‑149 (MQ=255) atatTTATTGTTTAAAC‑TGGC‑GGTTGAA‑TTTTTGTCTTTAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCCCGCCGCGAGGGGCAACGGTTTTTTATCATCCCTTAG‑CTC‑GTTTTCCGCCGGGGGGGAAAAAAACTGCGTTTACAAtt > 1:78268/1‑144 (MQ=255) tttttttttttagaaC‑TGGG‑GTTTTAA‑TTTTTGTCTTCAT‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACG‑CTC‑GTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGtaa < 2:1115876/137‑1 (MQ=255) tattttttGTTTAACC‑GGGG‑GTTTAAT‑TTTTTGTCTTCAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACG‑CTC‑GTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGta < 1:827322/149‑1 (MQ=255) ttttttttttAAAC‑CGGG‑GGTTTAA‑TTTTTTTTCTCAACCCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACG‑CTC‑GTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGtaat < 2:16815/150‑1 (MQ=255) ttattGTTTAAAC‑TGGC‑GGTTGCA‑TTTTTTTCTTCCA‑CCCCCATCCGAAACCTACTCTGCCCACAGCGCCCGTCGCCACCTTTTTTTATTACACCTACG‑CGC‑CTTTTTCGCCCGGCTGGGCCCAAAATCCTTTTACAATCTAGGgaataa > 2:870073/1‑150 (MQ=255) ttGTTAAAGC‑GGGG‑GTTTGAT‑TTTTTGTCTCCAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACG‑CTC‑GTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGTAATAAAt < 1:251478/149‑1 (MQ=255) gTTTAAAC‑TGGC‑GGTTGAA‑TTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACG‑CTC‑GTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCCGGTAATAAATCg > 1:147352/1‑149 (MQ=255) tttAAAC‑TGGC‑GGTTGAA‑TTGTTTTCTTTAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCCACGTTTTTTCCTCATTCGTACG‑CTC‑GTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTTACAATTCAGGGAATAAATCGAg > 2:813704/1‑150 (MQ=255) 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gggggtttGAA‑TTGTTGTCTACAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACG‑CTC‑GTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCt < 2:796013/145‑1 (MQ=255) gggggTTGAATTTTTTGTCTTAAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACG‑CTC‑GTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAgttgtt < 1:104269/145‑1 (MQ=255) ttGAT‑TTTTTGTTTAAAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACG‑CTC‑GTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGtt < 1:273396/150‑1 (MQ=255) ttGAA‑TTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACG‑CTC‑GTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGtt > 1:1027534/1‑150 (MQ=255) aa‑TTTTTGTCTTCAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACG‑CTC‑GTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTtgct < 1:339067/150‑1 (MQ=255) aa‑TTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACG‑CTC‑GTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTtgctg > 2:890327/1‑151 (MQ=255) aa‑TTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACG‑CTC‑GTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTtgct > 2:225047/1‑150 (MQ=255) a‑TTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACG‑CTC‑GTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTtgctgc > 2:1096927/1‑151 (MQ=255) ttgttgTCTTCAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACG‑CTC‑GTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTgcc > 2:1143628/1‑151 (MQ=255) | ATACGCGCGGGGATAAAATTTACGGCGGTTATACCATTGATCCTTTATTGGTCACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAAC‑TGGC‑GGTTGAA‑TTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACG‑CTC‑GTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCC > NC_000913/2151543‑2151834 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |