New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 1722616 = | 120 (0.900) | 3 (0.020) | 3/276 | 24.8 | 2.6% | coding (496/2013 nt) | ydhK | putative efflux protein (PET) component of YdhJK efflux pump |
? | NC_000913 | = 1722612 | 112 (0.900) | coding (492/2013 nt) | ydhK | putative efflux protein (PET) component of YdhJK efflux pump | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below cutoff threshold. |
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
TAACGTCGCGTATGCATTTCAACTGGCGGGCTACACGGCTGCCATCATCGCCTTTCCGATGGTTAATATTACTGAGGCCAGCCAGCTGTGGGATATCGCTCAGGCGCGCGTTTGCGAGGTAATAGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTAACCGCATTGAAAAACATGCACGCCCGATTACTGGAACATGCCAGTTTACTCTGGCAGCCTGAAACAACCGATGCCATTCGTGCAGCACATGAAGGGGTGATTGGG > NC_000913/1722468‑1722765 | aCGTCGCGTATGCATTTCAACTGGCGGGCTACACGGCTGCCATCATCGCCTTTCCGATGGTTAATATTACTGAGGCCAGCCAGCTGTGGGATATCGCTCAGGCGCGCGTTTGCGAGGTAATAGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCatgatgat < 2:1759401/151‑1 (MQ=255) aCGTCGCGTATGCATTTCAACTGGCGGGCTACACGGCTGCCATCATCGCCTTTCCGATGGTTAATATTACTGAGGCCAGCCAGCTGTGGGATATCGCTCAGGCGCGCGTTTGCGAGGTAATAGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCatgatgat < 1:1374964/151‑1 (MQ=255) gTCGCGTATGCATTTCAACTGTCGGGCTACACGGATACCATCATCGCCTTTCCGATGGTTAATATTACTGAGGCCAGCCAGCTGTGGGATATCGCTCAGGCGCGCGTTTGCGAGGTAATAGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCatgatgatg > 1:1708196/1‑150 (MQ=255) cgcgTATGCATTCCAACTGGCGGGCTACACGGCTGCCATCATCGCCTTTCCGATGGTTAATATTACTGAGGCCAGCCAGCTGTGGGATATCGCTCAGGCGCACGTTTGCGAGGTAATATACGGTATTTTGTGCGGCGGCatgatgatgatg > 2:646543/1‑151 (MQ=255) gcgTATGCATTTCAACTGGCGGGCTACACGGCTGCCATCATCGCCTTTCCGATGGTTAATATTACTGAGGCCAGCCAGCTGTGGGATATCGCTCAGGCGCGCGTTTGCGAGGTAATAGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCatgatgatgatg > 2:885005/1‑150 (MQ=255) gcgTATGCATTTCAACTGGCGGGCTACACGGCTGCCATCATCGCCTTTCCGATGGTTAATATTACTGAGGCCAGCCAGCTGTGGGATATCGCTCAGGCGCGCGTTTGCGAGGTAATAGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCAtgatgatgatga < 2:789165/151‑1 (MQ=255) gTATGCATTTCAACTGGCGGGCTACACGGCTGCCATCATCGCCTTTCCGATGGTTAATATTACTGAGGCCAGCCAGCTGTGGGATATCGCTCAGGCGCGCGTTTGCGAGGTAATAGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATc > 1:1948219/1‑151 (MQ=255) gCATTTCAACTGGCGGGCTACACGGCTGCCATCATCGCCTTTCCGATGGTTAATATTACTGAGGCCAGCCAGCTGTGGGATATCGCTCAGGCGCGCGTTTGCGAGGTAATAGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTg < 1:1866703/150‑1 (MQ=255) aTTTCAACTGGCGGGCTACACGGCTGCCATCATCGCCTTTCCGATGGTTAATATTACTGAGGCCAGCCAGCTGTGGGATATCGCTCAGGCGCGCGTTTGCGAGGTAATAGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCg < 2:407259/151‑1 (MQ=255) ttCAACTGGCGGGCTACACGGCTGCCATCATCGCCTTTCCGATGGTTAATATTACTGAGGCCAGCCAGCTGTGGGATATCGCTCAGGCGCGCGTTTGCGAGGTAATAGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCg > 2:1462923/1‑149 (MQ=255) cAACTGGCGGGCTACACGGCTGCCATCATCGCCTTTCCGATGGTTAATATTACTGAGGCCAGCCAGCTGTGGGATATCGCTCAGGCGCGCGTTTGCGAGGTAATAGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGc > 2:415213/1‑150 (MQ=255) cAACTGGCGGGCTACACGGCTGCCATCATCGCCTTTCCGATGGTTAATATTACTGAGGCCAGCCAGCTGTGGGATATCGCTCAGGCGCGCGTTTGCGAGGTAATAGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGc > 1:1913810/1‑150 (MQ=255) aaCTGGCGGGCTACACGGCTGCCATCATCGCCTTTCCGATGGTTAATATTACTGAGGCCAGCCAGCTGTGGGATATCGCTCAGGCGCGCGTTTGCGAGGTAATAGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAg < 2:1136201/151‑1 (MQ=255) aCTGGCGGGCTACACGGCTGCCATCATCGCCTTTCCGATGGTTAATATTACTGAGGCCAGCCAGCTGTGGGATATCGCTCAGGCGCGCGTTTGCGAGGTAATAGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAg > 2:1880852/1‑150 (MQ=255) cTGGCGGGCTACACGGCTGCCATCATCGCCTTTCCGATGGTTAATATTACTGAGGCCAGCCAGCTGTGGGATATCGCTCAGGCGCGCGTTTGCGAGGTAATAGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGtt > 2:1365343/1‑151 (MQ=255) cTGGCGGGCTACACGGCTGCCATCATCGCCTTTCCGATGGTTAATATTACTGAGGCCAGCCAGCTGTGGGATATCGCTCAGGCGCGCGTTTGCGAGGTAATAGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGtt > 1:727256/1‑151 (MQ=255) gggCTACACGGCTGCCATCATCGCCTTTCCGATGGTTAATATTACTGAGGCCAGCCAGCTGTGGGATATCGCTCAGGCGCGCGTTTGCGAGGTAATAGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGAt < 2:326315/151‑1 (MQ=255) gggCTACACGGCTGCCATCATCGCCTTTCCGATGGTTAATATTACTGAGGCCAGCCAGCTGTGGGATATCGCTCAGGCGCGCGTTTGCGAGGTAATAGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGAt < 2:1897744/151‑1 (MQ=255) 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gCCATCATCGCCTTTCCGATGGTTAATATTACTGAGGCCAGCCAGCTGTGGGATATCGCTCAGGCGCGCGTTTGCGAGGTAATAGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCt < 1:777146/149‑1 (MQ=255) catcatCGCCTTTCCGATGGTTAATATTACTGAGGCCAGCCAGCTGTGGGATATCGCTCAGGCGCGCGTTTGCGAGGTAATAGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCtttt > 2:1019752/1‑150 (MQ=255) atcatcGCCTTTCCGATGGTTAATATTACTGAGGCCAGCCAGCTGTGGGATATCGCTCAGGCGCGCGTTTGCGAGGTAATAGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTaa < 2:1597600/151‑1 (MQ=255) atcatcGCCTTTCCGATGGTTAATATTACTGAGGCCAGCCAGCTGTGGGATATCGCTCAGGCGCGCGTTTGCGAGGTAATAGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTa > 2:1766199/1‑150 (MQ=255) tcatcGCCTTTCCGATGGTTAATATTACTGAGGCCAGCCAGCTGTGGGATATCGCTCAGGCGCGCGTTTGCGAGGTAATAGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTAAc > 1:571773/1‑151 (MQ=255) catcGCCTTTCCGATGGTTAATATTACTGAGGCCAGCCAGCTGTGGGATATCGCTCAGGCGCGCGTTTGCGAGGTAATAGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTAAcc < 1:1637236/151‑1 (MQ=255) atcGCCTTTCCGATGGTTAATATTACTGAGGCCAGCCAGCTGTGGGATATCGCTCAGGCGCGCGTTTGCGAGGTAATAGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTAACCg > 1:12488/1‑151 (MQ=255) gCCTTTCCGATGGTTAATATTACTGAGGCCAGCCAGCTGTGGGATATCGCTCAGGCGCGCGTTTGCGAGTTAATAGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCCAGCAGTTCCGATGCTTCTGCCCTTTTAACCGCAt < 1:58245/151‑1 (MQ=255) ccTTTCCGATGGTTAATATTACTGAGGCCAGCCAGCTGTGGGATATCGCTCAGGCGCGCGTTTGCGAGGTAATAGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTAACCGCAtt > 1:1687393/1‑151 (MQ=255) ccTTTCCGATGGTTAATATTACTGAGGCCAGCCAGCTGTGGGATATCGCTCAGGCGCGCGTTTGCGAGGTAATAGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTAACCGCAtt < 1:1961269/151‑1 (MQ=255) 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ttGCGAGGTAATAGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTAACCGCATTGAAAAACATGCACGCCCGATTACTGGAACATGCCAGTTTACTCTGGCAGCCTGAaacaac < 2:1693456/150‑1 (MQ=255) cGAGGTAATAGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTAACCGCATTGAAAAACATGCACGCCCGATTACTGGAACATGCCAGTTTACTCTGGCAGCCTGAAACAACCGAt > 1:1341210/1‑151 (MQ=255) ggTAATAGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTAACCGCATTGAAAAACATGCACGCCCGATTACTGGAACATGCCAGTTTACTCTGGCAGCCTGAAACAACCGATGc < 1:479456/150‑1 (MQ=255) aaTAGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTAACCGCATTGAAAAACATGCACGCCCGATTACTGGAACATGCCAGTTTACTCTGGCAGCCTGAAACAACCGATGCCAtt > 2:6333/1‑151 (MQ=255) aTAGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTAACCGCATTGAAAAACATGCACGCCCGATTACTGGAACATGCCAGTTTACTCTGGCAGCCTGAAACAACCGATGCCATTc < 1:171809/151‑1 (MQ=255) aGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTAACCGCATTGAAAAACATGCACGCCCGATTACTGGAACATGCCAGTTTACTCTGGCAGCCTGAAACAACCGATGCCATTCg < 1:1475441/150‑1 (MQ=255) aGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTAACCGCATTGAAAAACATGCACGCCCGATTACTGGAACATGCCAGTTTACTCTGGCAGCCTGAAACAACCGATGCCATTCGt > 2:874644/1‑151 (MQ=255) aGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTAACCGCATTGAAAAACATGCACGCCCGATTACTGGAACATGCCAGTTTACTCTGGCAGCCTGAAACAACCGATGCCATTCGt < 1:1403987/151‑1 (MQ=255) gTCGGTATTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTAACCGCATTGAAAAACATGCACGCCCGATTACTGGAACATGCCAGTTTACTCTGGCAGCCTGAAACAACCGATGCCATTCGTg > 2:519588/1‑151 (MQ=255) gTCGGTATTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTAACCGCATTGAAAAACATGCACGCCCGATTACTGGAACATGCCAGTTTACTCTGGCAGCCTGAAACAACCGATGCCATTCGTg < 1:332552/151‑1 (MQ=255) cGGTATTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTAACCGCATTGAAAAACATGCACGCCCGATTACTGGAACATGCCAGTTTACTCTGGCAGCCTGAAACAACCGATGCCATTCGTgca < 1:1266944/151‑1 (MQ=255) cGGTATTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTAACCGCATTGAAAAACATGCACGCCCGATTACTGGAACATGCCAGTTTACTCTGGCAGCCTGAAACAACCGATGCCATTCGTgc < 2:224595/150‑1 (MQ=255) ggTATTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTAACCGCATTGAAAAACATGCACGCCCGATTACTGGAACATGCCAGTTTACTCTGGCAGCCTGAAACAACCGATGCCATTCGTgc > 1:1769163/1‑149 (MQ=255) aTTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTAACCGCATTGAAAAACATGCACGCCCGATTACTGGAACATGCCAGTTTACTCTGGCAGCCTGAAACAACCGATGCCATTCGTGCAGcac > 2:1405041/1‑151 (MQ=255) aTTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTAACCGCATTGAAAAACATGCACGCCCGATTACTGGAACATGCCAGTTTACTCTGGCAGCCTGAAACAACCGATGCCATTCGTGCAGcac < 2:1698806/151‑1 (MQ=255) aTTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTAACCGCATTGAAAAACATGCACGCCCGATTACTGGAACATGCCAGTTTACTCTGGCAGCCTGAAACAACCGATGCCATTCGTGCAGcac > 1:646220/1‑151 (MQ=255) tttGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTAACCGCATTGAAAAACATGCACGCCCGATTACTGGAACATGCCAGTTTACTCTGGCAGCCTGAAACAACCGATGCCATTCGTGCAGCACAt > 2:1539731/1‑151 (MQ=255) tgtgCGGCGGCATGATGATGATGGTCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTAACCGCATTGAAAAACATGCGCGCCCGATTACTGGAACATGCCAGTTTACTCTGGCAGCCTGAAACAACCGATGCCATTCGTGCAGCACAt < 1:540782/149‑1 (MQ=255) gtgCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTAACCGCATTGAAAAACATGCACGCCCGATTACTGGAACATGCCAGTTTACTCTGGCAGCCTGAAACAACCGATGCCATTCGTGCAGCACATGaa < 2:427711/151‑1 (MQ=255) tgCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTAACCGCATTGAAAAACATGCACGCCCGATTACTGGAACATGCCAGTTTACTCTGGCAGCCTGAAACAACCGATGCCATTCGTGCAGCACATGa > 1:1131555/1‑149 (MQ=255) gcggcgGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTAACCGCATTGAAAAACATGCACGCCCGATTACTGGAACATGCCAGTTTACTCTGGCAGCCTGAAACAACCGATGCCATTCGTGCAGCACATGAAgg < 2:1179994/151‑1 (MQ=255) cggcggCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTAACCGCATTGAAAAACATGCACGCCCGATTACTGGAACATGCCAGTTTACTCTGGCAGCCTGAAACAACCGATGCCATTCGTGCAGCACATGAAggg < 1:428650/151‑1 (MQ=255) cggcggCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTAACCGCATTGAAAAACATGCACGCCCGATTACTGGAACATGCCAGTTTACTCTGGCAGCCTGAAACAACCGATGCCATTCGTGCAGCACATGAAggg > 1:1105242/1‑151 (MQ=255) gcggcATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTAACCGCATTGAAAAACATGCACGCCCGATTACTGGAACATGCCAGTTTACTCTGGCAGCCTGAAACAACCGATGCCATTCGTGCAGCACATGAAgggg > 2:1863217/1‑150 (MQ=255) ggcATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTAACCGCATTGAAAAACATGCACGCCCGATTACTGGAACATGCCAGTTTACTCTGGCAGCCTGAAACAACCGATGCCATTCGTGCAGCACATGAAGGGGTg > 1:1945830/1‑150 (MQ=255) gatgatgatgatCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTAACCGCATTGAAAAACATGCACGCCCGATTACTGGAACATGCCAGTTTACTCTGGCAGCCTGAAACAACCGATGCCATTCGTGCAGCACATGAAGGGGTGATTggg < 2:20830/151‑1 (MQ=255) gatgatgatgatCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTAACCGCATTGAAAAACATGCACGCCCGATTACTGGAACATGCCAGTTTACTCTGGCAGCCTGAAACAACCGATGCCATTCGTGCAGCACATGAAGGGGTGATTgg < 2:427417/150‑1 (MQ=255) | TAACGTCGCGTATGCATTTCAACTGGCGGGCTACACGGCTGCCATCATCGCCTTTCCGATGGTTAATATTACTGAGGCCAGCCAGCTGTGGGATATCGCTCAGGCGCGCGTTTGCGAGGTAATAGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTAACCGCATTGAAAAACATGCACGCCCGATTACTGGAACATGCCAGTTTACTCTGGCAGCCTGAAACAACCGATGCCATTCGTGCAGCACATGAAGGGGTGATTGGG > NC_000913/1722468‑1722765 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |