| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 2,781,645 | 0 | A | C | 40.8% | 200.4 / 37.2 | 129 | V361G (GTT→GGT) | ypjA | adhesin‑like autotransporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (55/19); new base C (0/51); total (55/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.76e-19 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
ATAATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGA‑TATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCCATAATTATTAATATTCTGTGTGCCACCATTAATTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCATATGCGTTTATGTCTAAATGACCACCGTTTTCCAGCAACACATTGTCTGCCACGT > NC_000913/2781501‑2781795 | ataATTGTTTTTTAAGCTTCCCCGCCGCTTTTGA‑TATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCCATAATTATTAATATTCTGTGTGCCACCATTAATTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCAGAAccc < 1:444657/148‑1 (MQ=255)ataATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGA‑TATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCCATAATTATTAATATTCTGTGTGCCACCATTAATTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGc > 1:446472/1‑151 (MQ=255) atgtttgtGTGAGTTTCCCCGCCGCTTTTGA‑TATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTTGTGCCTGTGGCTATGCCATAATTATTAATATTCTGTGTGCCACCATTAATTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCa < 1:791237/146‑1 (MQ=255) 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cgTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCATATGCGTTTATGTCTAAATGACCACCGtttt > 1:701259/1‑147 (MQ=255) gTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCATATGCGTTTATGTCTAAATGACCACCGTTTTCCAGc > 1:1940045/1‑151 (MQ=255) gTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCATATGCGTTTATGTCTAAATGACCACCGTTTTCCAGc > 1:799263/1‑151 (MQ=255) tttCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGCCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCATATGCGTTTATGTCTAAATGACCACCGTTTTCCAGcg > 1:415789/1‑150 (MQ=255) tttCCTGCAACACCCATACCCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCATATGCGTTTATGTCTAAATGACCACCGTTTTCCa < 2:1490186/148‑1 (MQ=255) ttCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCATATGCGTTTATGTCTAAATGACCACCGTTTTCCAGCa > 1:1392461/1‑150 (MQ=255) tCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCATATGCGTTTATGTCTAAATGACCACCGTTTTCCAGCAac > 1:1443601/1‑151 (MQ=255) aaCGTCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCATATGCGTTTATGTCTAAATGACCACCGTTTTCCAGCAACACATTg > 1:1687778/1‑151 (MQ=255) aCATCCATAGCCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCATATGCGTTTATGTCTAAATGACCACCGTTTTCCAGCAACACATTg < 1:1749400/150‑1 (MQ=255) cATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGGCGCTTCAGCTTTAGCATTGGCTAAAACTGTCATTGCTCTTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCATATGCGTTTATGTCTAATTGACCACCGTTTTCCAGCAACACATTGTc > 1:315301/1‑151 (MQ=255) ctaTACCCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCATATGCGTTTATGTCTAAATGACCACCGTTTTCCAGCAac < 1:1224624/138‑1 (MQ=255) aCCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCATATGCGTTTATGTCTAAATGACCACCGTTTTCCAGCAACACATTGTCTGCCACGt > 2:463137/1‑151 (MQ=255) | ATAATTGTTGTGTCAGCTTTCCCGCCGCTTTTGA‑TATTTTGCGTTCCGCTGTTGATATTGGTGCCTGTGGCTATGCCATAATTATTAATATTCTGTGTGCCACCATTAATTATGGTATTTGTCGCGTTTCCTGCAACATCCATAACCCCGCCATTATCTATTCGGGTCGCATCAGCTTTAGCATTGGTTAAAACTGACATTGTTCCTTTATCTTTAATAATCGTCTTGTTTGCCGAACCATATGCGTTTATGTCTAAATGACCACCGTTTTCCAGCAACACATTGTCTGCCACGT > NC_000913/2781501‑2781795 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |