| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,206,435 | 0 | C | T | 42.4% | 81.2 / 65.5 | 86 | intergenic (‑179/‑28) | ttdR/ttdA | transcriptional activator of ttdABT/L‑tartrate dehydratase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (9/40); new base T (36/0); total (46/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.36e-16 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑G‑AATTTTTCCAGACAAA‑TACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTA > NC_000913/3206289‑3206582 | gtATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑G‑AATTTTTCCAg < 1:1263812/150‑1 (MQ=255)gtATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑G‑AATTTTTCCAg < 2:1623123/150‑1 (MQ=255) tttCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGG‑AATTTTTcaa > 2:1403749/1‑145 (MQ=255) cGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑G‑AATTTTTCCAGACAAA‑t < 2:505985/150‑1 (MQ=255) gCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑G‑GATTTTTTCAGACaaa > 2:1681335/1‑148 (MQ=255) cATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑G‑AATTTTTTCCAACAAA‑TACaaaaa > 1:1318165/1‑150 (MQ=255) tGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑G‑GAATTTTTCATAAaaa‑aacaaaaacaa > 1:1779512/1‑148 (MQ=255) tGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑G‑AATTTTTCCAGACAAA‑TACAAAAACTg < 1:1862903/150‑1 (MQ=255) gCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑G‑AATTTTTTCCGACAAA‑AACAAAAAATgg > 2:397647/1‑150 (MQ=255) gCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑G‑AATTTTTCCAGACAAA‑TACAAAAACTGGa < 2:1741359/151‑1 (MQ=255) cATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑G‑AATTTTTCCAGACAAA‑TACAAAAACTGGAGt < 2:455093/151‑1 (MQ=255) cATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑G‑AAATTTTTCCGACAaa‑aaaaaaaaa > 2:626000/1‑144 (MQ=255) ttCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑G‑AAATTTTTTAGACAAA‑TAaaaaaaa > 1:2088195/1‑142 (MQ=255) cccTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑G‑GATTTTTTCAGAAAAA‑AAAAAAAAAATGAGTTggc > 2:91377/1‑149 (MQ=255) gCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑G‑AATTTTTCCAGACAAA‑TACAAAAACTGGAGTTGCCat < 2:1303574/149‑1 (MQ=255) ctGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑G‑AATTTTTTCAGACAAA‑AAAAAAAACTGGAGGTGCCatg > 2:258687/1‑147 (MQ=255) tGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑G‑AATTTTTCCAGACAAA‑TACAAAAACTGGAGTTGCCatgat < 2:1518815/148‑1 (MQ=255) ggCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑G‑AATTTTTCCAGACAAA‑TACAAAAACTGGAGTTGCCatgatg < 2:1492103/148‑1 (MQ=255) 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aaTATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAAATTTTTCCGCAAAAA‑AAAAAAACATGGGGTTGcactgt > 1:576019/1‑137 (MQ=255) attcattcTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑G‑AATTTTTCCAGACAAA‑TACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGtaa < 2:618700/151‑1 (MQ=255) attcattcTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑G‑AATTTTTCCAGACAAA‑TACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGta < 1:1465818/150‑1 (MQ=255) cattcTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGGG‑G‑AATTTTTTCA‑ACAAA‑AACAAAAAAATGAGTTGGCCTTATGGGCGAAAGgaa > 2:331928/1‑148 (MQ=255) attcTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑G‑AATTTTTCCAGACAAA‑TACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGtaataa < 1:340296/150‑1 (MQ=255) attcTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑G‑AATTTTTCCAGACAAA‑TACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAg < 2:65889/151‑1 (MQ=255) tATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAAATTTTTCCA‑AAAAA‑AAAAAAAAAAGGAGTTGGCATTATGAGGGGAAAaaataaaaaa > 1:1371969/1‑145 (MQ=255) aTTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGGGGCAAAATAAATAAAACCACTTTTTTGGGGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑G‑AATTTTTCCTTACAAA‑GAAAAAAAATGTGGGTGCCATGATTGACGAAAGtaataaaaaa > 2:529987/1‑144 (MQ=255) tttCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑G‑AATTTTTTCAGACAAA‑TAAAAAAAATGGAGGTGGCCTGATGAGCGAAAATAATAAACaaaa > 2:809593/1‑146 (MQ=255) tttCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑G‑AATTTTTCCAGACAAA‑TACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAgg < 2:842463/150‑1 (MQ=255) 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ttCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGG‑G‑AATTTTTTTCCAAAAA‑AATAAAAAAAGGAGTTGGCAAGATGAGCGGAAAGAATAAAGAAAAAGCAAGGAAAAAATTTTAAGAAATTGTCGGTaa > 2:1819776/1‑148 (MQ=255) tCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑G‑AATTTTTCCAGACAAA‑TACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAGCtt < 1:1377743/150‑1 (MQ=255) cGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑G‑AATTTTTTCAGACAAA‑AAAAAAAAATGGAGGTGCCCTGATGAGGGAAAGGAATAAACAAAAAGCAGGGAAAAAATTGACAGAGGATGTCGCTAAAttt > 2:1286863/1‑148 (MQ=255) ggTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑G‑AATTTTTCCAGACAAA‑TACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCg < 2:302457/151‑1 (MQ=255) ggTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGG‑G‑AAATTTTTCAAAAAAA‑AACAAAAAATGGGGGTTTCATGATTAGGGGAAAGAATAAAAAACAAGCAGGGAATAAATTTTAAGAGAATGTTGCTAAATTTatcc > 1:1241919/1‑148 (MQ=255) 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tttGGGGG‑GGT‑G‑AATTTTCCCAAAAAAA‑TACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCAAAAGTAATAAGCAACAGGAAGTAAATAAGTTAACAGAGTTTGCCGCAAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACgtggtg < 1:1403702/149‑1 (MQ=255) ttgggggC‑GGT‑G‑AATTTTTCCAGAAAAA‑AACAAAAATGGGGGTTGACATGAGGAGAGAAAGTAATAAGCAACAGGGGGTGAATAATTTGACAGAGATTGTCAGTAATTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGtggtgg < 2:1351931/145‑1 (MQ=255) ttGTGGC‑GGT‑G‑AATTTTCCCAAACAAA‑TACAAAAACGGGAGTTCCCATGATGAGCGAAATTAATAAGCAACAGGCTGTGAATAAGTTGACAGATATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGa < 1:1253780/150‑1 (MQ=255) tgtgGC‑GGT‑G‑AATTTTTCCAGACAAA‑TACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGAt < 2:322494/150‑1 (MQ=255) tgGC‑GGT‑G‑AATTTTTCCAGACAAA‑TACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATaa > 2:1177002/1‑150 (MQ=255) gC‑GGT‑G‑AATTTTTCCAGAAAAA‑TAAAAAAACTGGAGTGGCCATGATGAGCAAAAGTAATAAGCAACAGGCGGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAATTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACt < 1:751647/151‑1 (MQ=255) ggT‑G‑AATTTTTCCAGACAAA‑TACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTa > 1:1336483/1‑150 (MQ=255) tttttCCAGAAAAA‑AAAAAAAACGGGGGTTCCAATGATGAGGGAAAGTAATAAGAAACAGGCGGTAAATAATTGGACAAAGATTTTCCTTAATTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAAc < 2:326558/148‑1 (MQ=255) ttCCAGACAAA‑TACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTa > 2:1273287/1‑150 (MQ=255) tcccAGAAAAA‑TAAAAAAACGGGAGTTGCCATGATGAGCAAAAGTAATAAGCAACGGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTACCTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTa < 2:577716/148‑1 (MQ=255) | GTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑G‑AATTTTTCCAGACAAA‑TACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTA > NC_000913/3206289‑3206582 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |