Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,684,736 | 0 | A | C | 39.7% | 90.6 / 12.7 | 59 | T160P (ACC→CCC) | tus | inhibitor of replication at Ter, DNA‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/9); new base C (0/23); total (26/33) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.24e-09 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGGTCAGTCATATTCAGCACATCAATAAACTCAAGACCACGTTCGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGG‑CTGATCACCCTTAA‑TGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAGTGTCGCACCGTGGACGCGCGAGGAGTGG > NC_000913/1684587‑1684882 | tGGTCAGTCATATTCAGCACATCAATAAACTCAAGACCACGTTCGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGG‑CTGATCACCCTTAA‑TGCTTACCGCACGCTCa < 1:410428/150‑1 (MQ=255) atTCAGCACATCAATAAACTCAAGACCACGTTCGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCTCCGCGCCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGG‑CTGATCTCCCTTAA‑TGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCa < 2:1108918/149‑1 (MQ=255) gCACATCAATAAACTCAAGACCACGTTCGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGG‑CTGATCACCCTTAA‑TGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGAcccc < 1:370079/151‑1 (MQ=255) aaccTCAACCCCCCGTCCGAGCATATCGTCACGGTTAAATCAGACCCCCCCCCCGCGCCCCGTTTTGAATGGGTGCATCGTCTTTTGCCGGGG‑CTGACCCCCCTTAT‑TTCTTCCCGCACGCTCCCCGTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTa < 2:357957/147‑1 (MQ=255) aaCTCAAGACCACGTTCGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGG‑CTGATCACCCTTAA‑TGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACg > 2:281572/1‑151 (MQ=255) ccgcGTTCGAGCATATCGTCACGTTTGAATCAGACCCCCCCCCCGGGCCACTTTTTGAGTGGGTACGTCTTCTTTTGCCGGGC‑CTGCCCCCCCTAAT‑TGCTTCCGGCACCCTCCCCGTCCTGCACCCCCCCGCCACTTTACGCTttggtt < 2:566219/147‑1 (MQ=255) ccccGTTCGAGCATATCGTCACGGTTAAACCAGACCCCCCCCCCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCTTTTGCCGGGG‑CTGATCCCCCTTAA‑TGCTTCCCGCCCGCTCCCCTTTCTGCCCGCCCCCGCCACTTTACGCTttggt < 1:106520/146‑1 (MQ=255) ccccGTTCGAGCATATCGCCGCGGTTGAACCAAACCCCCCCCCCGCGGCACTTTTTGAGTGGGTGCTTCGTCTTTTGCCGGGG‑CTGCCCCCCCTTAT‑TGCTTCCCGCCCGCTCCCGGTTCGGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTttggtt < 2:14198/147‑1 (MQ=255) aCGTTCGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGG‑CTGATCACCCTTAA‑TGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTggg > 1:424841/1‑151 (MQ=255) ttCGACCATGTCGACCCGGTTGAATCAGACCCCCCCCCCGCGCCACTTTTTGAAGGGGTGCTTCGTCTTTTCCGGGGG‑CTGACCCCCTTTAA‑TGCTTCCCGCCCGCTCCCCTTTCGGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTggg < 1:881819/148‑1 (MQ=255) cGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGG‑CTGATCACCCTTAA‑TGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCtaat > 1:833988/1‑151 (MQ=255) gAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGACCCCCCCCCCGCGGCGCTTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGG‑CTGATCCCCCTTAA‑TGCTTCCCGCACGCTCACCGTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCtaat < 1:1092340/150‑1 (MQ=255) tatCGTCACGTTTAAATCACAACCCCCCCCCGCGGCATTTTTAGAAGGGGTGCTTCGTCATTTGCCGGGG‑CTGACCCCCTTTAT‑TCCTTCCCGCACCCTCCCCTTACTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCtaata < 2:1228418/146‑1 (MQ=255) tCGCCACGTTTAAATCAAACCCCCCCCCCGGGGCTGTTTTTGATTGGGTCCATCGTCTTTTGCCGGGG‑CTGATCCCCCTTAT‑TGCTTCCCCCCCGCTCCCCTTTCGCCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACa < 2:732452/148‑1 (MQ=255) tCAGGGTTAATTCAAACCCCCCCCCCGCGGCTCTTTTTAAAGGGGGTCATCGTCTTTGGCCGGGC‑CTGACCCCCCTTAA‑TTTTTACCGCTCGCTCCCCTTTCTGCGCAACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACatat < 2:323851/148‑1 (MQ=255) cccggtgaaaTCAAACCCCCCCCCCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCCTCGTCTTTTGCCGGGG‑CTAATCCCCTTTAA‑TGCTTCCCGCCCGCTCCCCGTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACata < 1:287825/138‑1 (MQ=255) cACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGG‑CTGATCACCCTTAA‑TGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCAtt > 2:118620/1‑151 (MQ=255) cGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGG‑CTGATCACCCTTAA‑TGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTa > 1:257156/1‑150 (MQ=255) ggTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGG‑CTGATCACCCTTAA‑TGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTa > 1:576059/1‑149 (MQ=255) aaccAGACCCCCCCCCCGCGGCACGTTTTGAAGGGGTGCATCGTCATTTCCCGGGG‑CTCACCCCCTTTAT‑TGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTCAACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAg < 2:613621/143‑1 (MQ=255) accAGAACCCCCCCCCGCGACACTTTTTGAGTGGGTGCTTCGTCATTTGCGGGGG‑CTGATCCCCTTAAA‑TGCTTCCCGCCCGCTCCCCTTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTa < 1:917983/149‑1 (MQ=255) aTCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGG‑CTGATCACCCTTAA‑TGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAAttt > 2:446722/1‑150 (MQ=255) aTCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGGGGCATCGTCATTTGCCGGGG‑CTGATCACCCTTAA‑TGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAAttt > 2:994036/1‑150 (MQ=255) accccccccCTCGGCATTTTTTGAATGGGTGCTTCGTCTTTTCCCGGGC‑CGGCCCCCCCTTAC‑TGCTTCCCGCGGGCTCCCCGTTCAGCCCCACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCg < 2:776156/147‑1 (MQ=255) ccccccGCCGCGCCTCTTTTTGAATGGGTGCACTTTCTTTTGCCGGGG‑CTGCTCCCCCTTAA‑TGCTTCCCGACCGCTCCCCTTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGt < 1:646383/148‑1 (MQ=255) ccccGCCGCGGCACGTTTTAATGGGGGGCTTCGTCA‑TGGCCGGGGACAGACCACCCTTAA‑GGCTTCCCGCCCGCCCGCCCTTCTCCACGGCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGtga < 1:1072871/150‑1 (MQ=255) cccACCGCGCCTCTTTTTGAAGGGGTGCATCGTCTTTGGCGGGGG‑CTGATCCCCTTTAT‑TGCTTCCCGCGCGCTCCCCTTTCTCCCCGCCACCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGtgatg < 2:461020/151‑1 (MQ=255) ccccGCGGCACTTTTTGAATGGGTGCATCTTCTTTTGCGGGGG‑CTGACCCCCCTTAA‑TCCTTCCCGCACGCTCACCTTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGaa < 1:451527/149‑1 (MQ=255) cgcagtgTTTGGAATGGGTGCCTCTTCTTTTGCCGGGG‑CTGATCCCCCTTAA‑TGCTCCCCCCCCGCTCCCGGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAg < 1:23461/141‑1 (MQ=255) cgGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGG‑CTGATCACCCTTAA‑TGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTcc > 2:1141288/1‑150 (MQ=255) cgGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGG‑CTGATCACCCTTAA‑TGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCt > 2:426418/1‑151 (MQ=255) ggCCCGTTTGGAAGGGGCGCCTCGCTTTTTGCGGGGA‑CAGACCCCCTTTAA‑TGCTTACCGCACGTCCACGTTTCCTCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCt < 1:1218593/150‑1 (MQ=255) ggCACTTTTTGAAGGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGG‑CTGATCCCCCTTAA‑TGCTTACCGCCCGCTCCCCGTTCTGCCCGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCt < 1:661262/150‑1 (MQ=255) aCGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGG‑CTGATCACCCTTAA‑TGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGc > 2:790319/1‑150 (MQ=255) ttttGATGGGGTGTATGCTCATTTGCGGGGG‑TTAATCTCCCTTAG‑TTCTTACCCCACCATCACCTTTCTCCGCGCCTCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTg < 2:1244723/145‑1 (MQ=255) ttttGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGG‑CTGATCACCCTTAA‑TGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGcac > 2:751248/1‑149 (MQ=255) tttaaaagggatgaaTCTTCATTTGCGGGGG‑CAG‑CCCCCCTTAATTGCTAACCCCTCGCCCCCCTTTCAGCGCTACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTgg < 2:831564/132‑1 (MQ=255) tttGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGG‑CTGATCACCCTTAA‑TGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGc > 2:424571/1‑151 (MQ=255) aTGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGG‑CTGATCACCCTTAA‑TGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGa > 1:1072463/1‑150 (MQ=255) ggggTGCATCGTCTTTTGCCGGGG‑CTGACCCCCCTTAT‑TGCTTCCCGCACGCTCCCCTTTCTGCCCGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGa < 2:565267/148‑1 (MQ=255) ggTGCATCGTCATTTGCCGGGG‑CTGATCACCCTTAA‑TGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGaaaa > 1:1211696/1‑150 (MQ=255) cATCGTCATTTGCCGGGG‑CTGATCACCCTTAA‑TGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGcc > 2:1286808/1‑151 (MQ=255) cATCGTCATTTGCCGGGG‑CTGATCACCCTTAA‑TGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGcc > 1:1200673/1‑151 (MQ=255) aTCGTCATTTGCCGGGG‑CTGATCACCCTTAA‑TGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCt > 2:1294074/1‑151 (MQ=255) gTCATTTGCCGGGG‑CTGATCACCCTTAA‑TGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGa > 2:930548/1‑150 (MQ=255) ttGCCGGGG‑CTGCTCCCCCTTAA‑TGCTTCCCGCCCCCTCCCCTTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATc < 1:1284403/149‑1 (MQ=255) ccGGGG‑CTGACCCCCTTTAT‑TTCTTACCGCCCCCTCCCCTTTCTCCCCGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGc < 2:570408/138‑1 (MQ=255) tGATCACCCTTAA‑TGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAgtgt > 1:620506/1‑151 (MQ=255) gATCCCCCTTAA‑TGCTTCCCGCACGCTCCCCGTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAgtgt < 1:526604/150‑1 (MQ=255) cccccTAAT‑TGCTTGCCGCACGCTCACCGTTCCGCACCCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAgtgt < 1:688168/145‑1 (MQ=255) cACCCTTAA‑TGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAGTGTCGc > 2:1283861/1‑150 (MQ=255) ccccTTAA‑TGCTCCCCCCCCGCCCCCCTTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAGTGTCGCAc < 1:332718/150‑1 (MQ=255) cctttAA‑TGTTTACCACCCCCCCACTTTCCTGCCCGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAGTGTCGCa < 2:1327301/146‑1 (MQ=255) ttACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAGTGTCGCACCGTGGAcgcgc > 2:388683/1‑151 (MQ=255) tACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAGAGGAGCAGAGCGGAcgcgcg > 2:860496/1‑151 (MQ=255) ccGCCCCCTCCCCTTTCTCCCCGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAGTGTCGCACCGTGGAcgcgc < 1:230191/148‑1 (MQ=255) ccGCACGCTCCCCGTCCTGCACCCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAGTGTCGCACCGTGGACGCGCga < 2:410716/150‑1 (MQ=255) gCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTACTAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAGTGTCGCACCGTGGACGCGCgagg > 1:188007/1‑150 (MQ=255) aCGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAGTGTCGCACCGTGGACGCGCGAGGAGt > 1:337492/1‑151 (MQ=255) gCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAGTGTCGCACCGTGGACGCGCGAGGAGTgg > 2:848926/1‑151 (MQ=255) | TGGTCAGTCATATTCAGCACATCAATAAACTCAAGACCACGTTCGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGG‑CTGATCACCCTTAA‑TGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAGTGTCGCACCGTGGACGCGCGAGGAGTGG > NC_000913/1684587‑1684882 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |