| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,376,505 | 0 | A | C | 45.2% | 60.0 / 10.9 | 42 | T158P (ACC→CCC) | ycjR | putative TIM alpha/beta barrel enzyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (16/7); new base C (0/19); total (16/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.01e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACA‑GGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATG > NC_000913/1376361‑1376643 | ccgccgATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACA‑GGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTc < 1:429036/150‑1 (MQ=255) ccgATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACA‑GGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCg < 1:449764/151‑1 (MQ=255) ccgATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACA‑GGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCg < 2:312381/151‑1 (MQ=255) gACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCTTACTGGAACA‑GGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGCATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGc < 2:556733/150‑1 (MQ=255) ggccGGCGACCGAAAAATGGTGAGTGTTTCCCTGCGCGTACGGGAACA‑GGCCGCGGCGCGCCCCGGACCGGTGTTTTATCTCGAACTGTTAAC‑CCGTTATCAGAATCATATGACAACCCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACAtcgtcg < 2:486294/146‑1 (MQ=255) ggACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACA‑GGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGa > 1:709256/1‑150 (MQ=255) ggCGCCCGAAAATGGGTGTGGGATCCCCGGCGCTTACTGGAACG‑GGTCGCGGCGCGTACGGGACCCGTGTTTTA‑CCCCAACCCTTAAACCCGCTACCAGAACAATATAAACACCCCCCCCGCCGATCCCCGCCGTTACATCGTCGaaaa < 2:207807/149‑1 (MQ=255) ggCGACCGAAAAAGGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGAAACA‑GGTCGCCGCGCGTACCGAAACCGTGGTGTATCTCGACCCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATAATATGACAAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACg < 1:451776/151‑1 (MQ=255) ggCGACCGAAAAAGGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACGGGAACG‑GGTCGCCGCGCGTCCCGGACCCGGGGTGTCTCTCGAACCGTAAAC‑CCGCTATCAGGATAATATGATCAACCCCCGCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACg < 2:681548/151‑1 (MQ=255) aaagTGGTGAGTAATTCCCTGGGGGTATGGGAACA‑GGCCGCGGCGCTTCCGGGACCGGTGTTTTATCCCGACCCGTTAAC‑CCGTTACCAGGATAATATGACAAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTaa < 2:378979/149‑1 (MQ=255) aaagTGGGGAGTGTTCCCCTGCGCGTACGGGAACA‑GGTCCCCGCGCTTACCGGACCGGGGGTGTTTCCCGACCCGTTAAC‑CCGTTATAAGGATAATATGAACACCCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTa < 2:214380/148‑1 (MQ=255) aaTGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACA‑GGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACAt > 1:406737/1‑151 (MQ=255) aTGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACA‑GGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATg > 1:314367/1‑151 (MQ=255) gtttCCCTGCGCGTACTGAACCG‑GGTCGCCGCGCGTCCCGGAACCGTGGTTTATCTCGACCCTTAAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGAt < 1:435148/147‑1 (MQ=255) gtttCCCTGCGCGTACGGGAACA‑GGCCGCCGCGCGTCCCGGACCCGTGGTGTATCTCGACCCTTTAAC‑CCCCTATCAGAATCATATGATCAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTa < 1:602947/149‑1 (MQ=255) aTTCCCTGCGCGTACTGGAACA‑GGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTAt > 1:118063/1‑151 (MQ=255) tCCCTGCGCGTACTGGAACA‑GGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCg > 1:605873/1‑151 (MQ=255) ttcggaaaCA‑GGTCGCCGCGCTCACCGAAACGTTGGTGTATCTCGAACTGTTAAC‑CCGCTATCAGGATCATATGACCAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCt < 1:388282/144‑1 (MQ=255) gAACAGGGTCGCCGCGTTTACGGGAACGGTGGTGTATCTCGAACCTTTAAA‑CCTCTATAAGAATCATATTCCAACCACCCCCGCGGATCCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATca < 1:734442/150‑1 (MQ=255) gttccccgcGCGACCCGGACCCGGGTTGTATC‑CCAACCTTTAAACCCCCTATCAGAATAATATGATCACCCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGa < 2:406052/144‑1 (MQ=255) gttCGCCGCGCGTGCCGGACCCTTGGGTTATTCGGAACCTTTAAC‑CCCCTACCCGGTTAGTTAAATCACCCCCCCCGCGGTTGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACAt < 1:752163/145‑1 (MQ=255) ggTCGCCGCGCGTACGGGACCCGGGGTGTATCTCGACCCGTTAAC‑CCGCTATCAGGATCATATGACCAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGa < 1:252531/149‑1 (MQ=255) gccgcGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCg > 2:698221/1‑151 (MQ=255) cggcgcgcACGGAACCCGTGGTTTATC‑CCAACCCTTAAACCCGCTTTAAGAATAATATAACCACCACCCTCGCCGGTGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCg < 1:664530/148‑1 (MQ=255) ccgcGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGACCCGTAAAA‑CCGCTATCAGGTTCATATGACCAACCCCCCCCCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAatat < 1:787338/148‑1 (MQ=255) gcgcgTCCCGGACCGGTGGTTTATCTCGACCCTTAAAC‑CCGCTATAAGGAAAATATAAACAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAatat < 2:521085/146‑1 (MQ=255) gcgTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCgaaga > 1:700330/1‑150 (MQ=255) cgTACCGAACCTGTGGTGTATCCCGACCCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGaagaag < 1:614542/151‑1 (MQ=255) ccgaacccGGGGTGTATCTCGACCCGTAAAC‑CCGCTATCAGAATAATATGACAAACCCCCCCGCCGAGGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCgaagaa < 1:525268/140‑1 (MQ=255) cGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATaa > 1:413401/1‑150 (MQ=255) ggaccggtggttTATC‑CCAACCGTTAAACCCGCTAACAGAATCATATAACAAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAAc < 1:148382/144‑1 (MQ=255) aaCCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTg > 1:653738/1‑151 (MQ=255) cGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGgcg > 2:618548/1‑151 (MQ=255) accggTTAAC‑CCGCTATAAGGATAATATAATCAACCCCCCCGCCGAGGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCt < 2:548025/141‑1 (MQ=255) aCCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGAc > 2:588186/1‑151 (MQ=255) aCCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGAc > 2:10854/1‑151 (MQ=255) ccGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGAc > 2:54625/1‑150 (MQ=255) aacccccTATCAGGATCATATGAACAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACcgc < 2:353955/145‑1 (MQ=255) ggATCATATGATCAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCg < 1:525212/149‑1 (MQ=255) tCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCAt > 1:63863/1‑151 (MQ=255) cATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCAtg > 2:446788/1‑151 (MQ=255) atatGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCAtg > 1:393584/1‑150 (MQ=255) | CCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACA‑GGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATG > NC_000913/1376361‑1376643 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |