| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,001,911 | 0 | G | A | 41.7% | 81.6 / 41.1 | 73 | intergenic (‑122/+199) | fliA/fliC | RNA polymerase, sigma 28 (sigma F) factor/flagellar filament structural protein (flagellin) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (36/6); new base A (0/30); total (36/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.37e-14 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGAT > NC_000913/2001764‑2002048 | ccTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGaa > 1:787980/1‑150 (MQ=255) ttCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGGTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGGTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGaaaa > 2:585432/1‑150 (MQ=255) aGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑‑c < 1:223737/151‑1 (MQ=255) ggTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑‑cccc > 1:425200/1‑151 (MQ=255) ataGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGGAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATTGCAGGCAGAAAAAAA‑‑cc > 2:965254/1‑146 (MQ=255) ataGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑‑CCccgc < 1:580282/150‑1 (MQ=255) taGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑‑CCccgccg > 1:363481/1‑151 (MQ=255) agagTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑‑CCCCGCCgg > 1:39242/1‑151 (MQ=255) gagTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑‑CCCCGCCGGt > 1:799678/1‑151 (MQ=255) aaTTCACGAAAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCTTGATTATCCTTTTCGGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGGGGGTGAAATGAGGGTTTTTTG‑GGGGTTTACAGGTAAATCCCGGGAAAAAAAAAC‑‑CCCCGCCGGTg < 2:1064175/147‑1 (MQ=255) ttCACGAAAACCAGCCCTGTTTTATATGAGTTTGGGGCTTGATTTTCTTTTTCTGAAGGGTTTTTAATCGGACATTGGGGGGGTAAAAGGAGGGTTTTTTG‑GGGGGTTACGGAAAAATCCAAGGAAAAAAAAAA‑‑CCCCGCCGGTGGCg < 2:574341/148‑1 (MQ=255) cGAAAAACAGCCCTGCGTTATATGATTTATGGGCATGATTATCCGTTTCTGCGGGTTTTTTAATGGGACGTTTAGGGGGTAAAATGGGGGTTTATTG‑GGGGTTTAAAGGTAAATTCCAGGAAAAAAAAAC‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGa < 1:1043651/148‑1 (MQ=255) cccTGCGTTATATGATTTATCGGCATAATTATCCTTTTCTGCGGGGTTTTTAATCGGACGTTTGGGGGGTAAAATGAGGGGTTATTG‑GGGGTTTACAGGAAAATCCCAGGAAAAAAAAAA‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGa < 1:509762/151‑1 (MQ=255) gttttATATGAGTTATCGGCTTGTTTATCCGTTTCTGCAGGTTTTTTAATCGGACGATTGGTGGGTAAAAGGAGGGTTTTTTG‑GGGGGTTACAGGTAATTTCCAGGCAAAAAAAAA‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACa < 2:269727/146‑1 (MQ=255) gTTATATCAATTATCGGCATGATTATACGCTTCAGAAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGAGAAATGAGGTGTTCTTT‑GGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑‑ACCCGCCGGAGGCGGGGAAGCACGTTGTCGACAAAtt > 2:999726/1‑151 (MQ=255) ttATATGATTTATCGGCATGATTATCCTTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGAGGATTAGTGGGTAAAATGAGGGGTTATTG‑GGGGGTTACAGGTAATTCCCAGGAAAAAAAAAC‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACaaa < 2:282281/148‑1 (MQ=255) ttATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAAtt > 1:837687/1‑150 (MQ=255) tataTGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTgc > 1:173006/1‑151 (MQ=255) tGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCtt > 1:696073/1‑151 (MQ=255) gAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCtt > 2:675262/1‑150 (MQ=255) ttATCGGTAGTATTTTCCTTTTCTGGGTGTTTTTAAATCGGACGTTTAGTGGGAGAAAGGAGGGTTTTTTG‑GGGGGTTACAGGAAAATCCCAGGAAAAAAAACA‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTAt < 2:934267/150‑1 (MQ=255) cGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGc > 2:105088/1‑151 (MQ=255) cGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGc > 2:1011861/1‑151 (MQ=255) gcgtGATTATCCTTTTCTGAGGGTTTTTTATTGGGACGATTAGGGGGGAAAAGGAGGGTTTTTTG‑GGGGGTTAGGGGTAAATTCCAGGAAAAAAAAAC‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGtt < 2:482696/144‑1 (MQ=255) aTGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCgg > 2:736243/1‑150 (MQ=255) aTGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCgg > 2:633017/1‑150 (MQ=255) ttATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATgcg > 2:277876/1‑151 (MQ=255) ccGTTTCTGGGGGTTTTTTAATGGGACGATTAGGGGGTGAAAGGGGGGTTTTTTG‑GGGGGTTACAGGAAAATTCCAGGAAAAAAAAAC‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATgcggc < 1:931178/149‑1 (MQ=255) cGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGt > 2:606271/1‑150 (MQ=255) ttCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAAc > 2:760048/1‑151 (MQ=255) tCTGCAGGTTTTTTAATCGGACGATTAGGGGGTGAAATGAGGGGTTATTG‑GGGGGTTACAGTAAAATTCCAGGAAAAAAAAAC‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAAc < 1:907964/150‑1 (MQ=255) tCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAAc > 1:201107/1‑150 (MQ=255) gggTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTAt > 2:294194/1‑151 (MQ=255) gggTTTTTAATCGGACGATTAGGGGGTGAAATGAGGGGTTTTGG‑GGGGGTTAAAGGTAATTTCCAGGAAAAAAAAAC‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGc < 2:280167/146‑1 (MQ=255) ttttATGCGAACGATTGGTGGGAAAAAGGGGGGGTTGTTG‑GGGGGTTAAGGTTAATTTCCGGGCAAAAAAAAC‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCg < 2:359765/150‑1 (MQ=25) ttttAATCGGACGTTGAGGGGGGAAAAGGGGGGGTTTTGG‑GGGGTTTAAAGGTAATTTCCGGGCAAAAAAAAA‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCg < 2:961753/150‑1 (MQ=37) ttttAATCGGACGATTGGGGGGTAAAAGGAGGGGTTTTTT‑GGGGGTTACAGGTAAATTCAAGGCAAAAAAAAC‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCg < 1:501927/150‑1 (MQ=38) tttAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGc > 2:360032/1‑151 (MQ=255) tAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCt > 2:351696/1‑151 (MQ=255) aaccGGACGATTGGGGGGTAAAATGAGGGTTTTTTT‑GGGGTTTACAGATAAATCCCAGGCAAAAAAACC‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGcc < 2:1055954/146‑1 (MQ=37) aTCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTAc > 2:910237/1‑151 (MQ=255) ggACGATTGGGGGGAAAAAGGGGGGGTTATTG‑GGGGGTTACAGATAAATTCCAGGAAGAAAAAAC‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACa < 2:644911/149‑1 (MQ=37) ggACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACaa > 2:749589/1‑150 (MQ=255) aCGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACaaaa > 1:355040/1‑150 (MQ=255) gATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAAtg > 1:56526/1‑151 (MQ=255) gATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAAt > 1:766140/1‑150 (MQ=255) ttggggggTAAAATGGGGGTTTTTTG‑GGGGGTTACAGGTAATTCCCAGGAAAAAAAAAC‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAAt < 2:267464/143‑1 (MQ=25) tAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGc > 2:138744/1‑151 (MQ=255) gggTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGTTTAAAGGAAATTTCCAGGAAGAAAAAAC‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAAt < 2:50706/151‑1 (MQ=38) ggTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAAtt > 2:373327/1‑151 (MQ=255) aaaggggggtTTATTT‑GGGGGTTACGGGAAAATCCCAGGAAGAAAAAAC‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTc < 2:426375/142‑1 (MQ=37) aaaTGGGGTTTTTTTT‑GGGGTTAACAGGTAAATTCAAGGAAAAAAAAAC‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCa < 1:263581/149‑1 (MQ=25) aaaggggggTTTTTTGGGGGGTTACAGGAAAATTCCAGGAAAAAAAAAC‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCa < 2:56732/144‑1 (MQ=37) attaGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATa > 2:1073868/4‑150 (MQ=255) gggggtTTTTTT‑GGGGGTTAAGGTTAATTTCCAGGAAAAAAAAAC‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATaa < 2:125333/147‑1 (MQ=25) gggggtTTATTG‑GGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAAAAAAAAC‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATaaa < 2:473496/148‑1 (MQ=255) gAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAAt > 1:380514/1‑151 (MQ=255) ggggTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTg > 1:829248/1‑151 (MQ=255) tttttt‑GGGGGTTAGAGTAAAATTCCAGGAAAAAAAAAC‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCa < 2:765151/146‑1 (MQ=25) ttt‑GGGGGTTACAGGTAAATCCCAGGAAAAAAAAAC‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAAtt < 1:1069745/149‑1 (MQ=255) ggggtTTAGAGTAAATTTCCGGGAAAAAAAAAA‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACt < 2:126413/151‑1 (MQ=25) ggggtTAACGGGTAAATCCCGGCAATAAAAAAC‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCa < 1:734763/148‑1 (MQ=25) gggggTTAAGGGAAATTTCCAGGCAAAAAAAAC‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACt < 2:408944/151‑1 (MQ=37) gggTTCCAGGTAAATCGCAGACAGAAAAAAC‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTg < 1:585435/151‑1 (MQ=255) ttACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGt > 1:288446/1‑149 (MQ=255) ttACAGGTAAATTCCAGGAAAAAAAAAC‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTa < 1:633020/150‑1 (MQ=255) taaCAGGAAAATCCAAGGCAAAAAAAAC‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTa < 1:864953/148‑1 (MQ=37) ttcgggTAAAATCC‑GGCAAAAAAAAACCCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTa < 1:269443/146‑1 (MQ=25) tACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAgg > 1:429863/1‑151 (MQ=255) aaaGGAAAATCCCAGGAAAAAAAAAC‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGc < 2:259727/149‑1 (MQ=37) ggaaaaTCCCAGGAAAAAAAAAC‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAg < 1:177516/143‑1 (MQ=255) tAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGAt > 1:423061/1‑151 (MQ=255) aaaTGCCAGACAAAAAAAAC‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGAt < 2:837678/150‑1 (MQ=255) | CCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGAT > NC_000913/2001764‑2002048 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |