| Predicted mutation | ||||||
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| JC JC | NC_000913 | 1,743,880 | IS1 (–) +9 bp | coding (424‑432/1374 nt) | mdtK → | multidrug efflux system transporter |
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| ? | NC_000913 | 1978503 = | NA (NA) | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region | |||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
CAGGTTTTGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACATTATCCGCTCCATGGAAAACATCGATCCGGCTCTGGCGGACAAAGCCGTGGGTTATCTGCGTGCGTTGTTGTGGGGCGCGCCGGGATATCTGTTCTTCCAGGTTGCCCGTAACCAGTGTGAAGGTCTGGCAAAAACCAAGCCGGGTATGGTAATGGGCTTTATCGGCCTGCTGGTGAACATCCCGGTGAACTATATCTTTATTTATGGTCATTTCGGTATGCCTGAGCTCGGTGGCGTTGGTTGTGGC > NC_000913/1743740‑1744038 | cAGGTTTTGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACATTATCCGCTCCATGGAAAACATCGATCCGGCTCTGGCGGACAAAGCCGTGGGTTATCTGCGTGCGTTGTTGTGGGGCGCGCCGGGATATCTGTTCTTCgg < 1:963900‑M1/151‑3 (MQ=255) tgatgtccggcggtgcttttgccgttacgcaccaccccgtcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCTGTTCTTCCAgg > 1:545191‑M2/139‑151 (MQ=255) ggTTTTGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACATTATCCGCTCCATGGAAAACATCGATCCGGCTCTGGCGGACAAAGCCGTGGGTTATCTGCGTGCGTTGTTGTGGGGCGCGCCGGGATATCTGTTCTTCggt > 1:716425‑M1/1‑147 (MQ=255) 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agttggcagcatcaccCTGTTCTTCCAGGTTGCCCGTAACCAGTGTGAAGGTCTGGCAAAAACCAAGCCGGGTATGGTAATGGGCTTTATCGGCCTGCTGGTGAACATCCCGGTGAACTATATCTTTATTTATGGTCATTTCGGTATGCCt > 2:37280‑M2/17‑151 (MQ=255) agttggcagcatcaccCTGTTCTTCCAGGTTGCCCGTAACCAGTGTGAAGGTCTGGCAAAAACCAAGCCGGGTATGGTAATGGGCTTTATCGGCCTGCTGGTGAACATCCCGGTGAACTATATCTTTATTTATGGTCATTTCGGTATGCCt > 1:368666‑M2/17‑151 (MQ=255) gcgcCGGGATATCTGTTCTTCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagccgtgccaggtgctgcctcagattc < 1:536370‑M1/151‑131 (MQ=255) gcagcatcaccCTGTTCTTCCAGGTTGCCCGTAACCAGTGTGAAGGTCTGGCAAAAACCAAGCCGGGTATGGTAATGGGCTTTATCGGCCTGCTGGTGAACATCCCGGTGAACTATATCTTTATTTATGGTCATTTCGGTATGCCTGAGCt < 1:923217‑M2/140‑1 (MQ=255) cGGGATATCTGTTCTTCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagccgtgccaggtgctgcctcagattcaggt < 1:108489‑M1/151‑135 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |