| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,000,421 | 0 | A | T | 42.9% | 43.4 / 13.6 | 36 | Y26F (TAT→TTT) | xdhA | xanthine dehydrogenase, molybdenum binding subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (7/13); new base T (15/0); total (23/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.87e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CAAATGTTCAAATCGAGGGGATTTCTATGGAAGCGCGGGAAGCAACCGCTACGGGTGAATCATGCATGCGCGTCGATGCCATTGCTAAGGTCACCGGGCGGGCACGATATACTGACGATTATGTTATGGCGGGCATGTGTTATGCGAAATATGTACGTAGCCCTATCGCACAT‑GGTTATGCCGTAAGTATTAATGATGAACAAGCCAGAAGTTTGCCGGGCGTACTGGC‑GATTTTTACCTGGGAAGATGTGCCTGATATTCCATTCGCTACAGCTGGGCATGCCTGGAC > NC_000913/3000280‑3000568 | cAAATGTTCAAATCGAGGGGATTTCTATGGAAGCGCGGGAAGCAACCGCTACGGGTGAATCATGCATGCGCGTCGATGCCATTGCTAAGGTCACCGGGCGGGCACGATATACTGACGATTATGTTATGGCGGGGAGGTGGTTTGCGgaa > 2:26378/1‑149 (MQ=255)cAAATGTTCAAATCGAGGGGATTTCTATGGAAGCGCGGGAAGCAACCGCTACGGGTGAATCATGCATGCGCGTCGATGCCATTGCTAAGGTCACCGGGCGGGCACGATATACTGACGATTATGTTATGGCGGGCATGGGTTTTTCGaaa > 1:565192/1‑149 (MQ=255) aaTGTTCAAATCGAGGGGATTTCTATGGAAGCGCGGGAAGCAACCGCTACGGGTGAATCATGCATGCGCGTCGATGCCATTGCTAAGGTCACCGGGCGGGCACGATATACTGACGATTATGTTATGGCGGGCATGTGTTATGCGAAATATg < 1:460522/151‑1 (MQ=255) gTTCAAATCGAGGGGATTTCTATGGAAGCGCGGGAAGCAACCGCTACGGGTGAATCATGCATGCGCGTCGATGCCATTGCTAAGGTCACCGGGCGGGCACGATATACTGACGATTATGTTATGGCGGGCATGTGTTATGCGAAATATGTAc < 1:3518/151‑1 (MQ=255) tCAAATCGAGGGGATTTCTATGGAAGCGCGGGAAGCAACCGCTACGGGTGAATCATGCATGCGCGTCGATGCCATTGCTAAGGTCACCGGGCGGGCACGATATACTGACGATTATGTTATGGCGGGCATGTGTTATGCGGAAAATGTACg > 1:263167/1‑150 (MQ=255) aaTCGAGGGGATTTCTATGGAAGCGCGGGAAGCAACCGCTACGGGTGAATCATGCATGCGCGTCGATGCCATTGCTAAGGTCACCGGGCGGGCACGATATACTGACGATTATGTTATGGCGGGCATGTGTTATGCGAAATATGTACGTAGc < 2:40675/151‑1 (MQ=255) aTCGAGGGGATTTCTATGGAAGCGCGGGAAGCAACCGCTACGGGTGAATCATGCATGCGCGTCGATGCCATTGCTAAGGTCACCGGGCGGGCACGATATACTGACGATTATGTTATGGCGGGCGTGTGGTTTGCGAAATAAGTACGTa > 1:232866/1‑148 (MQ=255) tCGAGGGGATTTCTATGGAAGCGCGGGAAGCAACCGCTACGGGTGAATCATGCATGCGCGTCGATGCCATTGCTAAGGTCACCGGGCGGGCACGATATACTGACGATTATGTTATGGCGGGCATGTGTTTTTCGAAAAATGTACGTAGccc > 1:624469/1‑151 (MQ=255) ggggATTTCTATGGAAGCGCGGGAAGCAACCGCTACGGGTGAATCATGCATGCGCGTCGATGCCATTGCTAAGGTCACCGGGCGGGCACGATATACTGACGATTATGTTATGGCGGGGATGTGGTGTGCGGAAAATGTACGGAAGCCTAt > 2:206385/1‑150 (MQ=255) ggggATTTCTATGGAAGCGCGGGAAGCAACCGCTACGGGTGAATCATGCATGCGCGTCGATGCCATTGCTAAGGTCACCGGGCGGGCACGATATACTGACGATTATGTTATGGCGGGCATGTGTTATGCGAAATATGTACGTAGCCCTATc < 1:760801/151‑1 (MQ=255) gggATTTCTATGGAAGCGCGGGAAGCAACCGCTACGGGTGAATCATGCATGCGCGTCGATGCCATTGCTAAGGTCACCGGGCGGGCACGATATACTGACGATTATGTTATGGCGGGCATGTGTTATGCGAAATATGTACGTAGCCCTATCg < 2:111011/151‑1 (MQ=255) tttCTATGGAAGCGCGGGAAGCAACCGCTACGGGTGAATCATGCATGCGCGTCGATGCCATTGCTAAGGTCACCGGGCGGGCACGATATACTGACGATTATGTTATGGCGGGCATGTGGTTTGCGGAATATGTAAGGAACCCCATCGcac > 1:677705/1‑150 (MQ=255) tCTATGGAAGCGCGGGAAGCAACCGCTACGGGTGAATCATGCATGCGCGTCGATGCCATTGCTAAGGTCACCGGGCGGGCACGATATACTGACGATTATGTTATGGCGGGCATGTGTTTTTCGAAAAAAGTAAGTAGCCCCATccccc > 1:142196/1‑144 (MQ=255) tATGGAAGCGCGGGAAGCAACCGCTACGGGTGAATCATGCATGCGCGTCGATGCCATTGCTAAGGTCACCGGGCGGGCACGATATACTGACGATTATGTTATGGCGGGGATGTGGTTTGCGAAATATGttaggaaccc > 2:212658/1‑129 (MQ=255) aTGGAAGCGCGGGAAGCAACCGCTACGGGTGAATCATGCATGCGCGTCGATGCCATTGCTAAGGTCACCGGGCGGGCACGATATACTGACGATTATGTTATGGCGGGCATGTGTTATGCGAAATATGTACGTAGCCCTATCGCACAT‑gg < 1:397731/149‑1 (MQ=255) gAAGCGCGGGAAGCAACCGCTACGGGTGAATCATGCATGCGCGTCGATGCCATTGCTAAGGTCACCGGGCGGGCACGATATACTGACGATTATGTTATGGCGGGCATGTGTTATGCGAAATATGTACGTAGCCCTATCGCACAT‑GGTTATg < 1:567561/151‑1 (MQ=255) ccGCTACGGGTGAATCATGCATGCGCGTCGATGCCATTGCTAAGGTCACCGGGCGGGCACGATATACTGACGATTATGTTATGGCGGGCATGTGTTATGCGAAATATGTACGTAGCCCTATCGCACAT‑GGTTATGCCGTAAGTATTAatga < 1:167012/151‑1 (MQ=255) cTACGGGTGAATCATGCATGCGCGTCGATGCCATTGCTAAGGTCACCGGGCGGGCACGATATACTGACGATTATGTTATGGCGGGGATGTGTTTTTCGAAAAATGTAAGGAGCCCCATCGCACAA‑GGGTTTGGCGGAAGAATTAat > 1:474908/1‑146 (MQ=255) aggTGAATCATGCATGCGCGTCGATGCCATTGCTAAGGTCACCGGGCGGGCACGATATACTGACGATTATGTTATGGCGGGCATGTGTTTTTCGGAAAATAGACGCAGCCCCATTCCACCA‑GGTTTTGCCGTAAGAATTAATgaagaaaa > 1:83628/2‑148 (MQ=255) aaTCATGCATGCGCGTCGATGCCATTGCAAAGGTCACCGGGCGGGCACGATATACTGACGATTATGTTATGGCGGGCATGTATTATGCGAAATATGTACGTAGCCCTACCGCACAT‑GGTTATGCCGTAAGTATTAATGATGATCAAGc < 2:236080/148‑1 (MQ=255) tCATGCATGCGCGTCGATGCCATTGCTAAGGTCACCGGGCGGGCACGATATACTGACGATTATGTTATGGCGGGGGTTTGTTTTGCGAAAAATATAAGTAGACCCATTGCCCCT‑GGTTTTTTCGGAAAAATTAATTATGAACaa > 2:653597/1‑144 (MQ=255) atgcatgcGCGTCGATGCCATTGCTAAGGTCACCGGGCGGGCACGATATACTGACGATTATGTTATGGCGGGCATGTGTTTTGCGAAATATTTATGTAGCCCCATCGCACAC‑GGGTTTTTCGTAAGGATTAATTATGAAAAAACCAGa > 1:534247/1‑148 (MQ=255) gcgcGTCGATGCCATTGCTAAGGTCACCGGGCGGGCACGATATACTGACGATTATGTTATGGCGGGGCTTGGTTATGACGAATCTTAAAGTTGCCCTATTCCACAC‑GGTTTAGCCGTAAAGATTAATTATGAACAAAACACAAGTTTGcc > 1:718617/1‑150 (MQ=255) gcgcGTCGATGCCATTGCTAAGGTCACCGGGCGGGCACGATATACTGACGATTATGTTATGGCGGGCATGTGTTATGCGAAATATGTACGTAGCCCTATCGCACAT‑GGTTATGCCGTAAGTATTAATGATGAACAAGCCAGAAGTTTGCCg < 2:116189/151‑1 (MQ=255) cgTCGATGCCATTGCTAAGGTCACCGGGCGGGCACGATATACTGACGATTATGTTATGGCGGGCATGTGTTATGCGAAATATGTACGTAGCCCTATCGCACAT‑GGTTATGCCGTAAGTATTAATGATGAACAAGCCAGAAGTTTGCCGGGc < 2:454439/151‑1 (MQ=255) gTCGATGCCATTGCTAAGGTCACCGGGCGGGCACGATATACTGACGATTATGTTATGGCGGGCAAGTGTTTTGCGAAAAATGTACGTAGCCCCATCTCACCT‑GGTTTTGCCGTAAGGATTTATGATGAACAAAACCGAAGTTTTCCGGGCg > 1:593696/1‑151 (MQ=255) tAAGGTCACCGGGCGGGCACGATATACTGACGATTATGTTATGGCGGGGAAGTGTTTTGCGAAATATGTAAGTAGCCCTATCGCAAAA‑GGTTATTGCGTAAGGATTAATGATGAACAAAACAGAAATTTTCCGGGGGGAATGGC‑GGttttt > 1:50319/1‑151 (MQ=255) cACGATATACTGACGATTATGTTATGGCGGGCATGTGTTATACGGAAAAATTACGTTGCCCTTTCCCACATGGGTTTGGCCGAAAG‑ATTAATGATGAACAAACCCGAAGGTTGACGGGCGTACTGGG‑GCTTTTTTTCTGGGAAGGtgtg > 1:723284/1‑149 (MQ=255) tataCTGACGATTATGTTATGGCGGGGATGGGTTATGCGGAATATATAAGTAGCCCCATTGCCCAA‑GGTTATGGCGTAAGGATTAATTATTAAAAAAACAGAAGATTTCCGGGCGGACTGGC‑GGTTTTTTTCTGGGgagaagggtctg > 2:711735/1‑140 (MQ=255) aCTGACGATTATGTTATGGCGGGCCTGTGGTTTTCGAAAAATGTAACTAACCCTATACCACAA‑GGGTTTTGCGGAAAAATTAATTATGAAAAAGCCAGAAGTTTGCCCGGCGTACTGGCGGGTTTTTCCCTGGGAA‑AAGGGTCTGATAtt > 1:140118/1‑150 (MQ=255) atgttatgGCGGGCATGTGTTTTGCGAAAAATTTAAGTAACCCTTTTACACAT‑GGGTTTGCCGGAAAGATTTAAAATGAACAAACCCGAAGGTTTGCGGGGGGACTGGC‑GGTTTTTTTCTTGGGAGAAGTGGCTGGTAtttcctt > 2:183599/1‑140 (MQ=255) tgGCGGGCATGTGTTATGCGAAATATGTACGTAGCCCTATCGCACAT‑GGTTATGCCGTAAGTATTAATGATGAACAAGCCAGAAGTTTGCCGGGCGTACTGGC‑GATTTTTACCTGGGAAGATGTGCCTGATATTCCATTCGCTACAGCTgg > 2:613247/1‑151 (MQ=255) gggCATGTGTTATGCGAAATATGTACGTAGCCCTATCGCACAT‑GGTTATGCCGTAAGTATTAATGATGAACAAGCCAGAAGTTTGCCGGGCGTACTGGC‑GATTTTTACCTGGGAAGATGTGCCTGATATTCCATTCGCTACAGCTGGGCAt < 1:577576/151‑1 (MQ=255) gggCATGTGTTATGCGAAATATGTACGTAGCCCTATCGCACAT‑GGTTATGCCGTAAGTATTAATGATGAACAAGCCAGAAGTTTGCCGGGCGTACTGGC‑GATTTTTACCTGGGAAGATGTGCCTGATATTCCATTCGCTACAGCTGGGCAt > 1:442319/1‑151 (MQ=255) aTGTGTTATGCGAAATATGTACGTAGCCCTATCGCACAT‑GGTTATGCCGTAAGTATTAATGATGAACAAGCCAGAAGTTTGCCGGGCGTACTGGC‑GATTTTTACCTGGGAAGATGTGCCTGATATTCCATTCGCTACAGCTGGGCATGCCt > 1:39476/1‑151 (MQ=255) gtTATGCGAAATATGTACGTAGCCCTATCGCACAT‑GGTTATGCCGTAAGTATTAATGATGAACAAGCCAGAAGTTTGCCGGGCGTACTGGC‑GATTTTTACCTGGGAAGATGTGCCTGATATTCCATTCGCTACAGCTGGGCATGCCTGGac < 1:743835/151‑1 (MQ=255) | CAAATGTTCAAATCGAGGGGATTTCTATGGAAGCGCGGGAAGCAACCGCTACGGGTGAATCATGCATGCGCGTCGATGCCATTGCTAAGGTCACCGGGCGGGCACGATATACTGACGATTATGTTATGGCGGGCATGTGTTATGCGAAATATGTACGTAGCCCTATCGCACAT‑GGTTATGCCGTAAGTATTAATGATGAACAAGCCAGAAGTTTGCCGGGCGTACTGGC‑GATTTTTACCTGGGAAGATGTGCCTGATATTCCATTCGCTACAGCTGGGCATGCCTGGAC > NC_000913/3000280‑3000568 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |