| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,776,263 | 0 | T | G | 42.1% | 93.8 / 17.9 | 58 | V226G (GTG→GGG) | ydiF | putative acetyl‑CoA:acetoacetyl‑CoA transferase: alpha subunit/beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (7/26); new base G (24/0); total (32/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.60e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGATTGCGCCAGATATTGCCTTCATTCGCGCTACCACCTGCGACAGTGAAGGCTACGCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCAG‑AAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTATTCCGGGTTATCTGGTGGATATTGTGGTGGTCGATCCGGATCAAACCCAACTGTATGGCGGTGCA‑CCGGTTAACCGCTTTATTTCTGGTGACTTCACCCT > NC_000913/1776119‑1776410 | cGATTGCGCCAGATATTGCCTTCATTCGCGCTACCACCTGCGACAGTGAAGGCTACGCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCAG‑aa < 1:93735/151‑1 (MQ=255)cGATTGCGCCAGATATTGCCTTCATTCGCGCTACCACCTGCGACAGTGAAGGCTACGCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGGGCAg > 2:1026627/1‑149 (MQ=255) gATTGCGCCAGATATTGCCTTCATTCGCGCTACCACCTGCGACAGTGAAGGCTACGCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGGTGATGGAGGGGccg > 2:1165697/1‑146 (MQ=255) gcCAGATATTGCCTTCATTCGCGCTACCACCTGCGACAGTGAAGGCTACGCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTTTGATGATGCAGGGGCCG‑AAAATgggt > 2:788429/1‑149 (MQ=255) ccAGATATTGCCTTCATTCGCGCTACCACCTGCGACAGTGAAGGCTACGCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCAG‑AAAATGGTTa < 2:70410/151‑1 (MQ=255) cAGATATTGCCTTCATTCGCGCTACCACCTGCGACAGTGAAGGCTACGCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTTTGATGGTGCAGGGGCAG‑AAAAAgggt > 1:236382/1‑147 (MQ=255) gCCTTCATTCGCGCTACCACCTGCGACAGTGAAGGCTACGCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCAG‑AAAATGGTTAAGAAAGCCa < 1:682249/151‑1 (MQ=255) tCATTCGCGCTACCACCTGCGACAGTGAAGGCTACGCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATTATGCAGGGGCAG‑AAAAAGGGTAAGAAAACCAc > 1:566741/1‑148 (MQ=255) tCATTCGCGCTACCACCTGCGACAGTGAAGGCTACGCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCAG‑AAAATGGTTAAGAAAGCCACg < 1:579507/149‑1 (MQ=255) aTTCGCGCTACCACCTGCGACAGTGAAGGCTACGCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCAG‑AAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGc < 2:604776/151‑1 (MQ=255) cgcgCTACCACCTGCGACAGTGAAGGCTACGCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCAG‑AAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCAt < 2:461174/150‑1 (MQ=255) cgcgCTACCACCTGCGACAGTGAAGGCTACGCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGGGCAG‑AAAAAGGTTAAGAAAGCCACGCTGCAt > 2:423383/1‑150 (MQ=255) cgcTACCACCTGCGACAGTGAAGGCTACGCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCAG‑AAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCt < 1:218366/151‑1 (MQ=255) accaccTGCGACAGTGAAGGCTACGCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCAG‑AAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTaa < 2:160073/149‑1 (MQ=255) ccaccTGCGACAGTGAAGGCTACGCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCAG‑AAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATc < 1:138156/151‑1 (MQ=255) accTGCGACAGTGAAGGCTACGCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTTTGTTGATGCAGGGGCAG‑GAAAAGGGTAAGAAAAACACGCTGCCTCCTAAAtat > 1:912280/1‑148 (MQ=255) cTGCGACAGTGAAGGCTACGCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGGTGATGGAGGGGCAG‑AAAATGGTTAAGAAAGACACGCTGCATCCTAAATCTGt > 2:168748/1‑150 (MQ=255) cTGCGACAGTGAAGGCTACGCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGGTGATGCAGGGGCAG‑AAAATGGGTAAGAAAACCACCCTGCCTCCTAAATCTGt > 1:161255/1‑150 (MQ=255) gCGACAGTGAAGGCTACGCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCAG‑AAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTcc < 2:912286/150‑1 (MQ=255) cAGTGAAGGCTACGCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCAG‑AAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTAtt < 1:467558/151‑1 (MQ=255) aaGGCTACGCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCAG‑AAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTATTCCggg < 1:315082/151‑1 (MQ=255) ggCTACGCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCAG‑AAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTATTCCGGGtt < 1:349436/151‑1 (MQ=255) aCGCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCAG‑AAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTATTCCGGGTTAt < 2:353694/149‑1 (MQ=255) aCGCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCAG‑AAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTATTCCGGGTTATc < 2:1129774/150‑1 (MQ=255) ttttGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGGTGGAGGGGGAG‑AAAAAGGTTAAAAAAAGCACGCTGCATCCTAAATCTTTCCGTATTCCGGGGTATCttgtggg > 1:250827/1‑149 (MQ=255) tttGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCAG‑AAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTATTCCGGGTTATCTGGTGGat < 1:1140388/150‑1 (MQ=255) tGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGCTGGTGAAAGGGCAG‑AAAATAGTTAAAAAAACCACACGGCATCCCAAATCTGTTCGTATTCCGGGTTTTCttgcggggatt > 2:217776/1‑141 (MQ=255) aaGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAAGGGGAG‑AAAAAGGTTAAAAAAGACACGCCTCATCCTCAAAATGTCCCGATTCCGGGGTATTTGGGGGGTAtt > 2:900336/1‑149 (MQ=255) aTGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTTTGGTGATGGAGGGGCAG‑AAAAAGGGTAAAAAAGACACGCGGCATTCCAAATATGTTCGTATTCCCGGGTATTTGGTGGATAAtggtg > 1:430682/1‑147 (MQ=255) gAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTTTGATGATGCAGGGGCAG‑AAAATGGGTAAAAAAACCACCCCGCCTCCTAAATTTGTCCGTATTTCGGGGTTTCTGGGGGGTATTTtggtgg > 2:243478/1‑151 (MQ=255) gAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCAG‑AAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTATTCCGGGTTATCTGGTGGATATTgtggtg < 2:258458/150‑1 (MQ=255) gTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGGGGTTGTGGAGGTGCAGCAAAAGGGTTAA‑AAAGCCCCGCCGCATCCTAAATCTGTTCCTGTTTCGGGTTATCTGGTGGGTAtt > 1:134317/1‑141 (MQ=255) aTCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCAG‑AAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTATTCCGGGTTATCTGGTGGATATTGTGGTGGTCGATCCgg < 1:42059/150‑1 (MQ=255) aCGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGGTGGTGCAGGGGCAG‑AAAAAGGGTAAGAAAACCACCCTGCATCCTAAATCTTTTCGTATTCCGGGGTTTTTTGTGGGTATTGTGGTGGGCGATcccggtccaa > 1:1039252/1‑142 (MQ=255) cGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCAG‑AAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTATTCCGGGTTATCTGGTGGATATTGTGGTGGTCGATCCGGATCAAAcc < 1:1048458/151‑1 (MQ=255) gCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTTTGATGATGCAGGGGCAG‑AAAAAGGGTAAGAAAACCACGCTGCATCCTAAAACTGTTCGTATTCCGGGGTATCTGGGGGGTATTGTGGGGGGCGATCCGGGTCAAAacc > 2:1114096/1‑151 (MQ=255) ttGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGGTGGTGCAGGGGCAG‑AAAATGGGTGAGAAAACCACGCTGCCTCCTAAATCTGTCCGTTTTTCCGGGTATCTGGGGGGAATTGTGGTGGGCGCTCCGGGTCAAACCCaa > 1:288243/1‑150 (MQ=255) aTTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCAG‑AAAATGGTTAAGAAAACCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTATTCCGGGGTATCTTGTGGGTATTGTGGTGGTCGATCCGGGTCAAACCCAACTGTa > 2:1042185/1‑149 (MQ=255) tGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCAG‑AAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTGAATCTGTCCGTATTCCGGGTTATCTGTTGTATATTGTGGTGGTCGATCCGGATCAAACCCAACTGTATgg < 2:153486/150‑1 (MQ=255) gCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGCATTGTGATGATGCAGGGGCCG‑AAAAAGGGTAAGAAAACCACGCCGCCTCCTAAATCTTTTCGTATTCCGGGTTTTTTGGGGGGTATTTTGGGGGGTGATCCCGGTCAAACCCAACTTTATgggg > 1:255955/1‑149 (MQ=255) cccAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGGGCAG‑AAAATGGGTTAGAAAACCCCCCCGCCTCCTAAATCTGTCCGTATTTCGGGGTTTCTGGGGGGTATTTTGGGGGTCGATCCCGCTCAAAACCAACAGTATTGCgg > 1:1172064/1‑151 (MQ=255) cccAGGCGGTGCACAATAACGGCGGAATTTTGATGATGCAGGGGGAG‑AAAAAGGTTAAGAAAACCACGCCGCCTCCTAAATCTGTCCGTATTTCGGGGTTTCTTGTGGGTATTTTGGGGGGCGATCCGGATCAAACCCCACTGTATGGCgg > 2:1135037/1‑151 (MQ=255) ggCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGGGCCG‑AAAATGGGTAAGAAAACCACCCCGCATCCTAAATCTGTCCGGATTTCGGGGTATCTGGTGGGTATTGTGGTGGGCGATCCGGGTCAAACCCCAATGTATGgggggg > 1:257557/1‑147 (MQ=255) cGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCAG‑AAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTATTCCGGGTTATCTGGTGGATATTGTGGTGGTCGATCCGGATCAAACCCAACTGTATGGCGGTGCA‑cc < 2:105385/151‑1 (MQ=255) gCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCAG‑AAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTATTCCGGGTTATCTGGTGGATATTGTGGTGGTCGATCCGGATCAAACCCAACTGTATGGCGGTGCA‑CCGGt < 1:271084/150‑1 (MQ=255) cacaATAACGGCGGTATTGTGGTGATGCAGGGGCAG‑AAAAAGGGTAAAAAAACCCCGCTGCATCCTAAATCTGGCCGGATTCCGGGGTATTTGGGGGGGATTTTGGGGGTCGATCCCGGGCAAACCCAAATGTATGGCGGTGCA‑cccggt > 1:314226/1‑146 (MQ=255) caATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGGGCAG‑AAAAAGGTTAAGAAAACCCCCCCGCATCCTAAAACTGTCCGTATTCCGGGGTATCTGGGGGGTATTGTGGTGGTCGATCCGGATCAAACCCCACCTTATGGCGGGGCACCCGGTTa > 1:337245/1‑150 (MQ=255) aCGGCGGTATTGTGATGATGCAAGGGCAG‑AAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGGATTTCGGGTTATCTGGGGGGTATTGTGGTGGGCGATCCGGATCAAACCCAACTGTATGGCGGGGCC‑CCGGTTAAccccct > 1:431588/1‑147 (MQ=255) ggcggTATTGTGATGATGCAGGTGCAG‑AAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTATTCCGGGTTATCTGGTGGATATTGTGGTGGTCGATCCGGATCAAACCCAACTGTATGGCGGTGCA‑CCGGTTAACCGCttt > 2:952140/1‑150 (MQ=255) tATTGAGATGATGAAGGAGCAG‑AAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTATTCCGGGTTATCTGGTGGATATTGTGGAGGCCGATCCGGATCAAACCCAAATGTATGGCGGCGGA‑ACGGTTAACCGCTTTATTTCt > 1:900217/1‑151 (MQ=255) aTTGTGATGATGCAGGTGCAG‑AAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTATTCCGGGTTATCTGGTGGATATTGTGGTGGTCGATCCGGATCAAACCCAACTGTATGGCGGTGCA‑CCGGTTAACCGCTTTATTTCTg < 1:452944/151‑1 (MQ=255) tgtgATGATGCAGGTGCAG‑AAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTATTCCGGGTTATCTGGTGGATATTGTGGTGGTCGATCCGGATCAAACCCAACTGTATGGCGGTGCA‑CCGGTTAACCGCTTTATTTCTgg < 1:1152553/150‑1 (MQ=255) atgatgCAGGTGCAG‑AAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTATTCCGGGTTATCTGGTGGATATTGTGGTGGTCGATCCGGATCAAACCCAACTGTATGGCGGTGCA‑CCGGTTAACCGCTTTATTTCTGGTGACt < 2:1194944/151‑1 (MQ=255) atgatgCAGGTGCAG‑AAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTATTCCGGGTTATCTGGTGGATATTGTGGTGGTCGATCCGGATCAAACCCAACTGTATGGCGGTGCA‑CCGGTTAACCGCTTTATTTCTGGTGACt > 1:1069857/1‑151 (MQ=255) atgCAGGTGCAG‑AAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTATTCCGGGTTATCTGGTGGATATTGTGGTGGTCGATCCGGATCAAACCCAACTGTATGGCGGTGCA‑CCGGTTAACCGCTTTATTTCTGGTGACTTc > 2:434657/1‑150 (MQ=255) gCAGGTGCAG‑AAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTATTCCGGGTTATCTGGTGGATATTGTGGTGGTCGATCCGGATCAAACCCAACTGTATGGCGGTGCA‑CCGGTTAACCGCTTTATTTCTGGTGACTTCAcc > 1:346932/1‑151 (MQ=255) cAGGTGCAG‑AAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTATTCCGGGTTATCTGGTGGATATTGTGGTGGTCGATCCGGATCAAACCCAACTGTATGGCGGTGCA‑CCGGTTAACCGCTTTATTTCTGGTGACTTCAccc > 1:514486/1‑151 (MQ=255) aGGTGCAG‑AAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTATTCCGGGTTATCTGGTGGATATTGTGGTGGTCGATCCGGATCAAACCCAACTGTATGGCGGTGCA‑CCGGTTAACCGCTTTATTTCTGGTGACTTCACCCt < 1:578679/151‑1 (MQ=255) | CGATTGCGCCAGATATTGCCTTCATTCGCGCTACCACCTGCGACAGTGAAGGCTACGCCACTTTTGAAGATGAGGTGATGTATCTCGACGCATTGGTTATTGCCCAGGCGGTGCACAATAACGGCGGTATTGTGATGATGCAGGTGCAG‑AAAATGGTTAAGAAAGCCACGCTGCATCCTAAATCTGTCCGTATTCCGGGTTATCTGGTGGATATTGTGGTGGTCGATCCGGATCAAACCCAACTGTATGGCGGTGCA‑CCGGTTAACCGCTTTATTTCTGGTGACTTCACCCT > NC_000913/1776119‑1776410 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |