Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,376,505 | 0 | A | C | 48.3% | 83.6 / 16.5 | 58 | T158P (ACC→CCC) | ycjR | putative TIM alpha/beta barrel enzyme |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/4); new base C (0/28); total (26/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.25e-12 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCATATTGCGG > NC_000913/1376361‑1376655 | ccgccgATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCg < 2:222429/151‑1 (MQ=255) gTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACAt > 2:655203/1‑151 (MQ=255) aGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACAtcg > 2:563447/1‑151 (MQ=255) cTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACAtcgtcg > 2:1021366/1‑151 (MQ=255) cTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACAtcgtcg > 1:638364/1‑151 (MQ=255) ggACGGCGACCGAAAAATGGGGAGTGATCCCCTGCGCGTATTGGAACGGGCCGCCGCGCTTACGGGACCC‑GTGGTTTATCTC‑AACCCTTAAACCCGTTATCAGATTCATATGATCAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGaa < 2:540528/151‑1 (MQ=255) gACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGaa > 2:199929/1‑150 (MQ=255) ggCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACg > 1:632259/1‑151 (MQ=255) ccGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCtt > 1:995578/1‑151 (MQ=255) ccGAAAAATGGTGAGTGTTCCCCGGCGCGTCCTGAAACAGGTCGCCGCCCGCCCCGGACCC‑GTGGTGTATCCCGACCCGTAAAC‑CCGCTATCAGGATAATATGATAAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCt < 2:221334/150‑1 (MQ=255) aaaaTGGTGGGTGTTTCCCTGGGGGTACGGAAAAGGGTCGCCGCGCGTCCCGGACCC‑GTGGTTTTTCCCGACCGTTTAAA‑CCGCTATCAGAATCATATGACCAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAAc < 2:227226/151‑1 (MQ=255) aaaaTGGTGAGTGTTTCCCGGCGCGTACTGGAACGGGGCCCCGCGCGTCCCGGACCG‑GTGGTGTATCTCGACCCGTTAAC‑CCGCTATCGGGATCATATGATCACCCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTaa < 1:481721/149‑1 (MQ=255) tGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGt > 1:722362/1‑151 (MQ=255) ggTGAGTGTTTCCCGGCGCGTACGGAAACGGGCCGCCGCGCGTCCCGGACCC‑GTGTTTTTTCTCGACCCTTAAAC‑CCGCTATCAGGATAATATAATCAACCCCCTCGCCGATCCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTa < 1:375193/151‑1 (MQ=255) ggTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCACCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGt < 2:1027346/150‑1 (MQ=255) ggTGAGTGATCCCCTGCGCGTACTGGAACGGGTCGCCGCGCGTCCCGAACCC‑GTGGTGTATCTCGACCCGTAAAC‑CCGTTATCAGGATCATATGATCAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTa < 2:431165/151‑1 (MQ=255) tgagtgaTTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTAc > 1:746892/1‑150 (MQ=255) gagtgaTCCCCTGCGCTTACGGAAACGGGTCCCCGCGCGTACGGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTAAAC‑CCGCTATCAGGATCATATGACAACCACCCGCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACa < 2:218573/150‑1 (MQ=255) tgaTTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGCTCTTAAACATGTACAGAtt > 2:159476/1‑151 (MQ=255) aTTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGCACAGATTAt > 2:535497/1‑151 (MQ=255) ctcTGCGCGAACCGGTACAGGTCGCCGCGCGAACCGGAGAG‑GGGCAGTCTCGCGACAGGTAAAG‑CCGCAAAAAGTATGATATAATAACCACCCCCCAGGAGCACCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGAtt < 2:65187/144‑1 (MQ=255) cccGGCGCGAACGGGAAGAGGCCGCGGGGCG‑ACCGGACCCGGTGGTTTACCCCGACCCTTAAAC‑CCGTTATAAGGACAATAGGAAAAACCCCCCCGCCGAGCCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCgg < 1:727421/151‑1 (MQ=255) ccgccgctTACGGGAACGGGCCGCCGCGCGCACCGGACCG‑GTGGTTTATCT‑AAAGCATTAAACCCGCTATCAGGATAATATGACCACCCCCCTCGCGGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGc < 1:22417/147‑1 (MQ=255) cTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCg > 1:1201287/1‑151 (MQ=255) gcgTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGAttt > 1:971582/1‑151 (MQ=255) gTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCt > 1:693745/1‑151 (MQ=255) ggAACGGGCCGCCGCGCGTCCCGGACCG‑GTGTTGTTTCTCGACCTGTTAAC‑CCGCTATCAGAATAATATGAAAACCCCCCCCCCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTa < 1:210813/147‑1 (MQ=255) ggAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGACCG‑GTGTTGTATCTCAAACCGTAAAC‑CCGTTATAAGGATAATATAATCAACCCCCCCGCCGAGGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTAt < 1:1014813/148‑1 (MQ=255) aaCAGGTCGCCGCGCGTCCCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGACCCGTTAAC‑CCGCTATCAGGATAATATGATCAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATcaca < 1:1157595/150‑1 (MQ=255) aaCAGGTCGCCGCGCGTCCCGGAACC‑GTGGTGTATCCCGAACCGTTAAC‑CCGCTATCAGGATAATATGATCAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACAt < 2:1134077/151‑1 (MQ=255) aaCAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACAt > 2:960399/1‑151 (MQ=255) aGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGa > 1:1114588/1‑150 (MQ=255) ggTCGCCGCGCGTACCGGACCC‑GTGGTTTATCTCGAACCTTTAAC‑CCGCTATCAGGTTCATATGACCAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGa < 2:1194324/149‑1 (MQ=255) gTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAat > 2:463470/1‑150 (MQ=255) cgccgcGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATc > 1:917392/1‑151 (MQ=255) ccgcGCGTCCCGGACCG‑GTGTTGTATCCCAAACCGTAAAC‑CCGCTATCAGGATCATATAAACAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCg < 2:834801/150‑1 (MQ=255) ccgcGCGTCCCGAACCG‑GGGGTGTTCCTC‑AACCGTTAAACCCGCTACAAGAATAATTTAACCAACCCCCTCGCAGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAata < 1:619661/147‑1 (MQ=255) cgtccgggACCC‑GTGGTGTATCTCAAACCTTAAAC‑CCGCTATCGGGATCATATGATAAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCgaag < 1:33212/142‑1 (MQ=255) cgTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCgaaga > 2:294541/1‑149 (MQ=255) ccgaaccc‑GTGGTTTATCTCGACCCTTAAAC‑CCGTTACAAGGATCATATGACAAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATa < 2:708375/144‑1 (MQ=255) ccGGACCC‑GTGGTGTATCCCGACCCTTAAAA‑CCGCTATCAGAATAATATGATCAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATa < 2:339415/150‑1 (MQ=255) gtggtgTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGgcgc > 1:64166/1‑151 (MQ=255) ctcaaCCCTTAAACCCGCTATCAGGATAATATGACCACCCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGgcgc < 2:1198476/145‑1 (MQ=255) accctttAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGc < 2:318578/142‑1 (MQ=255) aaCCGTAAAC‑CCTCTATCAGTATCATATGATCAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCAt < 1:1801/149‑1 (MQ=255) aCCCTTAAACCCTCTATAAGGATAAAATAATCAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGgc < 1:12449/142‑1 (MQ=255) ccGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGAc > 1:1031973/1‑150 (MQ=255) ccGTTAAA‑CCGCTAACAGAATCATATGACCACCCCCCCCGCGGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCAt < 2:169478/147‑1 (MQ=255) ccGTAAAC‑CCCCTATAAGAATAATAAGACCAACCCCCCCGCCTATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGgcg < 1:1188914/141‑1 (MQ=255) cGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGAcc > 1:244879/1‑151 (MQ=255) tCAGGATCATATGATCACCCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTTGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGAcc < 1:287577/146‑1 (MQ=255) aGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCgg > 2:398439/1‑151 (MQ=255) cATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCAtg > 2:724571/1‑151 (MQ=255) atatGATAAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCa < 2:490042/148‑1 (MQ=255) gATCAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCAtgt < 2:728431/147‑1 (MQ=255) aTCAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCat < 1:1202354/150‑1 (MQ=255) cAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCATAtt > 1:51916/1‑151 (MQ=255) cAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCATAtt > 1:676860/1‑151 (MQ=255) acacCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCATATTGc > 1:429550/1‑151 (MQ=255) acCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCATATTGCgg > 2:64268/1‑151 (MQ=255) acCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCATATTGCgg > 2:114144/1‑151 (MQ=255) | CCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGCTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCATATTGCGG > NC_000913/1376361‑1376655 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |