Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,487,163 | 0 | C | T | 42.6% | 62.1 / 29.2 | 54 | intergenic (+200/‑72) | hrpA/ydcF | putative ATP‑dependent helicase/DUF218 superfamily protein, SAM‑binding |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (7/24); new base T (23/0); total (30/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.69e-09 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 |
GTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTAAGGACATACGATTTCCTCCTTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCA‑GTA‑TTCTTAAGGGAACGATAAGGAGGAACCAT‑GAACA‑TTACCCCGTTTCCGACGCTTTCGCCGGCAACTATAGATGCCATAAATGTTATCGGACAGTGGCTGGCG > NC_000913/1487014‑1487309 | gTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTAAGGACATACGATTtcc < 2:1092420/151‑1 (MQ=255) ttattaATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTAAGGACATACGATTTcctcct < 1:806088/150‑1 (MQ=255) taATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTAAAGAAATAAGAATTCtttctttc > 1:551653/1‑149 (MQ=255) ttCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTAAGGAAATAAGAATTTCTTCttttacag > 1:290577/1‑145 (MQ=255) tCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGTGGAGTGGCGG‑TTAAGGACATACGATTTCCTCCTTTCAGAGt < 1:141081/150‑1 (MQ=255) tCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTAAGGACATACGATTTCCTCCTTTCAGAGt < 1:1288167/150‑1 (MQ=255) tCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTAAAAAAAAACGAATTTCTCCcttttga > 2:936665/1‑144 (MQ=255) aaCGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTAAGGACATACGATTTCCTCCTTTCAGAGTGCTCCg < 1:955410/151‑1 (MQ=255) 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ctgctgCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTAAGGACATACGATTTCCTCCTTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCA‑GTA‑TTCTTAAGGGAACGATa < 1:900875/149‑1 (MQ=255) gctgcAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTAAGGACATACGATTTCCTCCTTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCA‑GTA‑TTCTTAAGGGAACGATAagg < 1:471968/150‑1 (MQ=255) tgcAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTAAAGACATAAGATTTTCTCCTTTTTGAGTGCTCCGCCTCTCCCTCTTTTTTCACCCA‑GGA‑TTCTTTAGGGGACGATaa > 1:979727/1‑146 (MQ=255) gcAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTAAGGACATACGATTTCCTCCTTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCA‑GTA‑TTCTTAAGGGAACGATAaggagg < 2:378911/150‑1 (MQ=255) cAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTAAGGACATACGATTTCCTCCTTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCA‑GTA‑TTCTTAAGGGAACGATAAGGAGGaa < 1:45243/151‑1 (MQ=255) cAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTAAGGACATACGATTTCCTCCTTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCA‑GTA‑TTCTTAAGGGAACGATAAGGAGGaa < 2:1135511/151‑1 (MQ=255) aGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTAAAGACATAAGAATTTCTCCTTTCAGAGTGCTCCGCCTCTCACTATTATTTCACCCC‑GGA‑TTCTTTAAGGGACGATAaagaggga > 2:854618/1‑147 (MQ=255) aTGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTAAGGACATACGATTTCCTCCTTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCA‑GTA‑TTCTTAAGGGAACGATAAGGAGGAACCAt < 2:841129/151‑1 (MQ=255) gAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTAAGGACATACGATTTCCTCCTTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCA‑GTA‑TTCTTAAGGGAACGATAAGGAGGAACCAT‑g < 1:318997/150‑1 (MQ=255) taatGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTAAAGAAAAAAGATTTTCTCCTTTTTGAGTGCTCCCCCTCTCACTATTATTTCACCCA‑GGA‑TTTTTTAAGGAACGAAAAAGAGGAAACAT‑Gaaa > 2:1161016/1‑149 (MQ=255) aatGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTAAGGACATACGATTTCCTCCTTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCA‑GTA‑TTCTTAAGGGAACGATAAGGAGGAACCAT‑GAACA‑t < 1:905057/151‑1 (MQ=255) aatGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTAAGGACATACGATTTCCTCCTTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCA‑GTA‑TTCTTAAGGGAACGATAAGGAGGAACCAT‑GAACA‑t < 2:82725/151‑1 (MQ=255) atGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTTAAGACATAAAATTTTCTCCTTTTTTAGGGCTCCGCCTCTCACTCTTATTTCACCCC‑GGA‑TTTTTTATGGAAAGGTAAAGAGGAAACAA‑GAAAA‑tt > 1:1192402/1‑151 (MQ=255) gTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTAAGGACATACGATTTCCTCCTTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCA‑GTA‑TTCTTAAGGGAACGATAAGGAGGAACCAT‑GAACA‑TTa < 1:178504/150‑1 (MQ=255) aCAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTAAAGACATAACATTTTCTCCCTTTCTAGTGGTCCGCCTTTCCCTATTTTTTCACCCA‑GAA‑TTTTTTTGGGGAAGATAAAGAGGGAACAT‑GAAAA‑ATAaccccctt > 1:1199135/1‑146 (MQ=255) cATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTAAAGAAAAAAAATTTCCTCCCTTTAGAGGGCTCCGCCTTTCTCTATTATTTCACCCA‑GTATTTTTTAAGGGAA‑GAAAAAGAGGAAACAA‑GAAAA‑TTATCCCCttttc > 2:1253053/1‑146 (MQ=255) aTTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTTAAGAAAAAACATTTTCTCCTTTTCGTGGGGTTCGCCTCTCCCTATTTTTTTACCCA‑GTA‑TTTTTTATGGGAAGATAAGGAGGGAACATAGAAAA‑TACCCCCCTTTcccc > 1:8532/1‑148 (MQ=255) aTTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑ATTAAGAAATACAATTTTCTTCTTTTTGAGTGGTCCGCCTCTCACTCTTTTCTCTCGCA‑CGA‑TTTTTTTAGGAACGATAAGGGGGGAACAT‑AAAAA‑ATAACCCCCTTCCgcc > 1:917413/1‑148 (MQ=255) ccTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTTAAGACATACGAATTTTTCCTTTTTTGGTGGTCCCCCTCTCCCTATTATTTCCCCCC‑GTA‑TTTTTTAGGGGAAGGTAAAGAGGGAACAA‑GAAAA‑ATAACCCCTTTTCGACGCttt > 1:209332/1‑151 (MQ=255) cTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTTAGGAAATAAAATTTTCTCCTTTTTGAGGGGTCCGCCTCTCACTATTTTTTTCCCCC‑GTA‑TTTTTTAGGGGAAGATAAAGGGGGACCAT‑GAAAA‑ATACCCCCttttccccccctt > 1:30673/1‑140 (MQ=255) ttAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTTAAGACATACGATTTTCTCCTTTTAGAGGGTTCCCCCTCTCCCTATTTTTTCACCCA‑GTATTTTTTAAGGGAA‑GAAAAAGAGGAAACAT‑GAAAA‑TTAcccccctttccacgcctt > 2:1211444/1‑135 (MQ=255) aGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTAAAGAAAAACGATTTTCTCCTTTTTGAGGGGTCCCCTTTTCACTATTTTTTTACCCA‑GGATTTTTTAAGGGAA‑GATAAAGAGGAAACAT‑GAAAA‑ATAACCCCCTTTCGACGCcttttcc > 2:364548/1‑144 (MQ=255) tatGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTTAAGAAAAAACATTTTCTCCTTTTCGAGGGCTCCCCCTTTCCCTTTTTTCTCACGCAGGAA‑TTTTTTAGGGAA‑GAGAAAGAGGGAACAA‑AAAAA‑ATAACCCGCTTTCGACCCtttttcc > 1:1047432/1‑141 (MQ=255) cAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTAAGGACATACGATTTCCTCCTTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCA‑GTA‑TTCTTAAGGGAACGATAAGGAGGAACCAT‑GAACA‑TTACCCCGTTTCCGACGCTTTCGCCGGCAACTATAg < 1:881200/151‑1 (MQ=255) ttGCGGAGTGGCGG‑TTAAGGAAATAAGAATTTCTCCCTTTTTAGGGTTCCCCTTCTCACTATTTTTTCACGCA‑GTA‑TTTTTTATGGGACGATAAAGAGGGAACAA‑GAACATTTACCCCG‑TTCCCCCGCCTTTGCCCGGAACtataaaaggc > 1:621830/1‑145 (MQ=255) 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gATTTCCTCCTTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCA‑GTA‑TTCTTAAGGGAACGATAAGGAGGAACCAT‑GAACA‑TTACCCCGTTTCCGACGCTTTCGCCGGCAACTATAGATGCCATAAATGTTATCGGACAGtggctggc < 2:503629/151‑1 (MQ=255) gATTTCCTCCTTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCA‑GTA‑TTCTTAAGGGAACGATAAGGAGGAACCAT‑GAACA‑TTACCCCGTTTCCGACGCTTTCGCCGGCAACTATAGATGCCATAAATGTTATCGGACAGtggctggc > 1:124511/1‑151 (MQ=255) aTTTCCTCCTTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCA‑GTA‑TTCTTAAGGGAACGATAAGGAGGAACCAT‑GAACA‑TTACCCCGTTTCCGACGCTTTCGCCGGCAACTATAGATGCCATAAATGTTATCGGACAGTGGCTGgcg < 1:936533/151‑1 (MQ=255) | GTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAGATGAATAATGTTTATCTACAGCATTTCCTTAAAAGATATGTCAGGCTTGCGGAGTGGCGG‑TTAAGGACATACGATTTCCTCCTTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCA‑GTA‑TTCTTAAGGGAACGATAAGGAGGAACCAT‑GAACA‑TTACCCCGTTTCCGACGCTTTCGCCGGCAACTATAGATGCCATAAATGTTATCGGACAGTGGCTGGCG > NC_000913/1487014‑1487309 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |