| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,386,862 | 0 | G | A | 41.1% | 83.9 / 60.5 | 74 | intergenic (+31/‑72) | yfbL/yfbM | putative M28A family peptidase/DUF1877 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/41); new base A (30/0); total (33/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.78e-18 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑T‑CCAGAAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATG‑AAATTCAACGGAGGAAAAATAAAT‑GGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTG > NC_000913/2386712‑2387011 | acCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑T‑CCAGAAAAAg < 1:1202461/151‑1 (MQ=255) ttttATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑T‑CCAGAAAAAGCGACa < 1:528248/150‑1 (MQ=255) tCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑T‑CCACAAAAAACGACATGc > 1:247329/1‑148 (MQ=255) gTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATTGCTCGGGTCGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑T‑CCAGAAAAAGCGACATGCAC‑att < 2:783622/151‑1 (MQ=255) gTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑T‑CCAGAAAAAGCGACATGCAC‑att < 1:1032639/151‑1 (MQ=255) aCAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑T‑CCCGAAAAAAAGGCAAGCCC‑attttttttt > 2:62476/1‑151 (MQ=255) aTACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑T‑CCAGAAAAAAAGACAAGCAC‑attttattttttc > 1:137084/1‑148 (MQ=255) tACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑T‑CCAGAAAAAAGGAAATGCAA‑attttatttt > 2:617017/1‑147 (MQ=255) tACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGAGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGAT‑CCA‑TAAAAGCGACATTCAA‑attttttttt > 2:1094783/1‑147 (MQ=255) cACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑G‑CCAGAAAAAAAGACAAGAAA‑atttttttttttc > 1:799413/1‑144 (MQ=255) aCTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑T‑TCCCAAAAAAAGACAAAAAC‑aattttttttt > 2:214344/1‑143 (MQ=255) tGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑T‑CCAGAAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTg < 2:731085/150‑1 (MQ=255) gCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑T‑CCCGAAAAAACAACAAGCAA‑AATTTATTTTTTCTCCTCtttt > 2:591780/1‑151 (MQ=255) gCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑T‑CCAGAAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTGtt < 1:134384/151‑1 (MQ=255) cccGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑T‑CCAGAAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTGttt < 1:3636/151‑1 (MQ=255) ccGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑T‑CCCGCAAAAACGAAAAGCAC‑AATTTTTTTTTCCTCCTCtttttt > 2:417114/1‑151 (MQ=255) ccGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑T‑CCAGAAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTGtttt < 2:831234/151‑1 (MQ=255) cGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑T‑CCAGAAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTa < 2:65292/151‑1 (MQ=255) ggTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑T‑CCAGAAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTaa < 1:1210759/151‑1 (MQ=255) ggTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑T‑CCAGAAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTaa < 2:523168/151‑1 (MQ=255) gTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑T‑CCAGAAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAg < 1:411808/151‑1 (MQ=255) aTACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑T‑CCAGAAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATg < 1:985220/151‑1 (MQ=255) aTACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑T‑CCAGAAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATg < 1:441473/151‑1 (MQ=255) tACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑T‑CCAGAAAAAAAGACAAGCCA‑ATTTTTTTTTTCCTCCTCtttttt > 1:225101/1‑144 (MQ=255) aCCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑T‑TCAAAAAAAACCACATGAAA‑ATTTTTTTTTTCCTCTTCTGttttt > 1:346870/1‑143 (MQ=255) aCCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑T‑CCAGAAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCg < 1:123661/151‑1 (MQ=255) aCCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑G‑CCAGAAAAAAAGACATGCAC‑ATTTTTTTTTTCCCCCTCTGTTTTTAGAAGCg > 1:1145351/1‑151 (MQ=255) cGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑T‑CCAGAAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGaa < 1:571874/151‑1 (MQ=255) gCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑T‑CCAGAAAAAACGAAAAGAAC‑CATTTATTTTTCCTCCTCTGTTTTTTGATGCGaa > 2:1185253/1‑150 (MQ=255) agacagaTTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑T‑TCAGAAAAAAAGACAAGCAC‑ATTTTTTTTTTTCTTCTCTTTTTTTAAAAGCGaaaa > 2:1128355/1‑149 (MQ=255) acagaTTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑T‑CCAGAAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATg < 2:442979/151‑1 (MQ=255) agaTTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑G‑CCAGAAAAAACGACATGCAC‑ATTTTATTTTTTCTCATCTGTTTTTAGATGCGaaaaa > 1:507336/1‑145 (MQ=255) gaTTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑T‑CCCGAAAAAAAGACAAGCAC‑ATTTTTTTTTTCCTCCTCTGTTTTTAAATGCGGAACaaaaa > 1:760740/1‑146 (MQ=255) gaTTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑T‑CCAGAAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATG‑aaa < 2:465597/151‑1 (MQ=255) tGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑T‑CCAGAAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATG‑AAAtt < 1:385406/150‑1 (MQ=255) gAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑T‑CCAGAAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATG‑AAATTCa < 2:934618/151‑1 (MQ=255) aaTTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑T‑TCCGAAAAAACGACCTGGAC‑AATTTTTTTTTCCCCATCTCTTTTTAGATGTGGAaaatt‑aaatt > 1:70480/1‑148 (MQ=255) aaTTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑T‑CCCGAAAAAACGACATGCAC‑ATTTTTTTTTTCCTCCTCTGTTTTTAAAAGGGAAAAACG‑aaa > 1:779497/1‑146 (MQ=255) aaTTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑T‑CCAGAAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATG‑AAATTCa < 1:846230/150‑1 (MQ=255) cAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑G‑CCAGAAAAAACGAAAAGCAC‑ATTTTTTTTTTTCTCCTCTGTTTTTAGATACGAAAAATG‑AAAATTAACggggg > 1:927710/1‑151 (MQ=255) gAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑T‑CCAGAAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATG‑AAATTCAACGGAGGaa < 2:33511/151‑1 (MQ=255) aaaaTGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGT‑G‑CCCGAAAAAAAGAGATGTAC‑AATTTATTTTCTCTCATCTGTTTTTAAAAGGGAAACAAA‑AAAAATAACggagg > 2:343470/1‑148 (MQ=255) aaTGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑T‑CCAGAAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATG‑AAATTCAACGGAGGaaaaa < 1:889499/151‑1 (MQ=255) aTGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑T‑CCAGAAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATG‑AAATTCAACGGAGGAAaaat < 1:1084781/151‑1 (MQ=255) gCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑G‑CCCAAAAAAAAGACATAGAC‑CTTTTTTTTTTCCCCATCTGTTTTTTAATTGGCAACATG‑AAATTTAACGGAGGGAaaataa > 1:360416/1‑150 (MQ=255) ggTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑T‑CCAGAAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATG‑AAATTCAACGGAGGAAAAATAAAT‑GGGa < 1:693774/151‑1 (MQ=255) aGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑T‑CCAGAAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATG‑AAATTCAACGGAGGAAAAATAAAT‑GGGAATg < 2:160883/151‑1 (MQ=255) ggATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑T‑CCAGAAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATG‑AAATTCAACGGAGGAAAAATAAAT‑GGGAATGAt < 1:644624/150‑1 (MQ=255) 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aaaTAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑G‑CCCGAAAAAAAGACAAGCAC‑AATTTTTTTTTTCTCCTCTGTTTTTAAAAGCGGAACAAA‑AAAATTAAAGGGGGGAAAAAAAAT‑GGGGAAGAATTGGTTTTTTTTAGAAAATAAATTAGaaaaa > 2:999239/1‑149 (MQ=255) aaaTAATAAAAATTTCTCGAGGCGGA‑G‑GCATAAAAAACGACCAGCAC‑AATTTTTTTTTCCTCATCTGTTTTTTTATGGGGAACAAT‑AAATTCAACGGAGGAAAAAAAAAT‑GGGAATGGTTTGGTATTTTTTAGAAAATGACttcgca > 2:1149378/1‑142 (MQ=255) ataaAAATTTCTCGAGGCGGG‑T‑CCAGAAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATG‑AAATTCAACGGAGGAAAAATAAAT‑GGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTa < 1:688591/149‑1 (MQ=255) aaaaTTTCTCGAGGCGGG‑T‑CCAGAAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATG‑AAATTCAACGGAGGAAAAATAAAT‑GGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCaa < 2:1179751/151‑1 (MQ=255) aaTTTCTCGAGGCGGG‑T‑CCAGAAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATG‑AAATTCAACGGAGGAAAAATAAAT‑GGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACt < 2:326781/151‑1 (MQ=255) 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ccAGAAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATG‑AAATTCAACGGAGGAAAAATAAAT‑GGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGaa < 1:204505/150‑1 (MQ=255) aGAAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATG‑AAATTCAACGGAGGAAAAATAAAT‑GGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGaaaa > 1:252670/1‑150 (MQ=255) gCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATG‑AAATTCAACGGAGGAAAAATAAAT‑GGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTg > 2:360480/1‑150 (MQ=255) | ACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGG‑T‑CCAGAAAAAGCGACATGCAC‑ATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATG‑AAATTCAACGGAGGAAAAATAAAT‑GGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTG > NC_000913/2386712‑2387011 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |