Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,386,862 | 0 | G | A | 41.9% | 63.1 / 51.4 | 63 | intergenic (+31/‑72) | yfbL/yfbM | putative M28A family peptidase/DUF1877 family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/32); new base A (26/0); total (30/33) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.31e-13 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGAT‑GC‑G‑AAAC‑ATGAAATTCAACGGA‑GGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTG > NC_000913/2386715‑2387011 | gCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGa < 2:238599/151‑1 (MQ=255) ttATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAAAGAAATGc > 2:217936/1‑151 (MQ=255) tATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGAGGGTCCAGAAAAAGCGACATGc > 2:1332042/1‑150 (MQ=255) 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cGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGAT‑GC‑G‑aa < 2:1198011/151‑1 (MQ=255) cGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGGGCCGAAAAAAAAACAAGCACATTTTTTTTTTTCTCCTCttttttttgatacg > 1:27309/1‑141 (MQ=255) gacagaTTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGAT‑GC‑G‑AAAC‑At < 1:817817/151‑1 (MQ=255) gaTTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGAT‑GC‑G‑AAAC‑ATGaaa < 1:308322/151‑1 (MQ=255) gAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGAT‑GC‑G‑AAAC‑ATGAAATTc < 2:1052698/150‑1 (MQ=255) 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GCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGAT‑GC‑G‑AAAC‑ATGAAATTCAACGGA‑GGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTG > NC_000913/2386715‑2387011 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |