| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,378,802 | 0 | A | C | 43.7% | 147.6 / 20.4 | 88 | V48G (GTA→GGA) | ampC | penicillin‑binding protein; beta‑lactamase, intrinsically weak |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (44/5); new base C (0/38); total (44/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.45e-19 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCCCTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACC‑TAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGG‑TTTACCC‑TG‑ATAAA‑TT‑ACC‑GCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAACATAGGGTCT > NC_000913/4378653‑4378951 | ccccTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAGGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACC‑TAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGG‑TTTACCC‑TG‑ATAAA‑TT‑a > 2:934501/1‑150 (MQ=255)ccccTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACC‑TAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGG‑TTTACCC‑TG‑ATAAA‑TT‑a < 2:910619/150‑1 (MQ=255) ccTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACC‑TAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGG‑TTTACCC‑TG‑ATAAA‑TT‑acc‑g < 1:1180369/151‑1 (MQ=255) ccTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACC‑TAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGG‑TTTACCC‑TG‑ATAAA‑TT‑acc‑g > 1:1293238/1‑151 (MQ=255) gAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACC‑TAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGG‑TTTACCC‑TG‑ATAAA‑TT‑acc‑gccac > 2:117394/1‑151 (MQ=255) cAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACC‑TAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGG‑TTTACCC‑TG‑ATAAA‑TT‑acc‑gccaccgc < 1:424296/151‑1 (MQ=255) cAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACC‑TAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGG‑TTTACCC‑TG‑ATAAA‑TT‑acc‑gccaccgc > 1:1320931/1‑151 (MQ=255) cGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACC‑TAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGG‑TTTACCC‑TG‑ATAAA‑TT‑ACC‑GCCACCGCCATACCCgg > 1:248766/1‑151 (MQ=255) 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ccATTAAATTTTTTGCTGCCCGACCC‑TACCTAAAACAGCTTTTGCTGTGTGCGGGGCTGTTTTTTGGCGATGCCCGCATACCCCCAGGAAAAGTAA‑AAGG‑TTTTCCCTTA‑ATAAA‑TT‑CCC‑GCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGct < 2:196966/151‑1 (MQ=255) ccAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACC‑TAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGG‑TTTACCC‑TG‑ATAAA‑TT‑ACC‑GCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGct > 1:516425/1‑151 (MQ=255) gTAAATGTTTTGCTGACCGAACC‑TAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGG‑TTTACCC‑TG‑ATAAA‑TT‑ACC‑GCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGctct > 2:922752/1‑150 (MQ=255) aatttttttGCTGCCCAACCC‑TAACTAAAACACCTTTTGCTGTGTGGCGGGCTGTTTTTGGGCGTTGCCCGCAT‑GCCCCCGGGAAAAAAAAAAGG‑TTTTCCC‑CT‑AAAAA‑TTCCCC‑CCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCta < 2:1201896/144‑1 (MQ=255) aattGTTTTGCTCACCGAACC‑AAACACAAACAGCTTTTGCTGTGTGGCGGGTTGTTTTTTGGGGATCCCCCCATCCCCCCAGAAAAAATAATAAGT‑TTTCCCT‑TA‑ATAAT‑TT‑CCC‑GCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGctct < 1:376252/145‑1 (MQ=255) 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tttGCTGACCGAACC‑TAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGG‑TTTACCC‑TG‑ATAAA‑TT‑ACC‑GCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCggg > 2:72600/1‑151 (MQ=255) tGACCGAACC‑TAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGG‑TTTACCC‑TG‑ATAAA‑TT‑ACC‑GCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAAt > 2:1076358/1‑151 (MQ=255) tGACCGAACC‑TAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGG‑TTTACCC‑TG‑ATAAA‑TT‑ACC‑GCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAAt > 2:880238/1‑151 (MQ=255) cgACCCAACCGTACCTCAAAAACCTTTTGTTGGGTGGGGGGCTTTTTTTGGGCGATTCCCGCACCCCCCAGGGTAAAGTAA‑AATG‑TTTTCCC‑CT‑AAAAA‑TT‑CCCGGCCCCCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTa < 1:492706/149‑1 (MQ=255) ccGACCC‑AAACTAAAACAACGTTTGCGGTGTGAGGGTCTGTTTTTGGGCGATGCCCTCATGCCCCAAGAAAAAGTAATAAGT‑TTTCCCC‑TA‑ATAAT‑TT‑ACC‑GCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTa < 1:970622/146‑1 (MQ=255) ccGAACC‑TAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGG‑TTTACCC‑TG‑ATAAA‑TT‑ACC‑GCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATtgt > 1:1016186/1‑151 (MQ=255) cGACCC‑AAACTCAAACAACTTTTGTTGTGGGCGGGGTTTTTTTTGGGCGATGCCCGCATACCCCCAGAAAAAGTAA‑AAGG‑TTTTCCCATG‑AAAAA‑TC‑CCC‑CCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTaa < 2:412064/146‑1 (MQ=255) accc‑TAACAAAAACAACGTTGTGTGTGTGACGGGTTGTTTTTGGGTTATGCCAGTATCCCCCATGGTAAAGAAAAAATG‑TTTCCCC‑AA‑ATAAA‑TT‑CCC‑GCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCg < 1:694024/149‑1 (MQ=255) tAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGG‑TTTACCC‑TG‑ATAAA‑TT‑ACC‑GCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGc > 1:1154054/1‑151 (MQ=255) acccaaaaCACCTTTTGTTTTGGGGCGGGCTGTTTTTGGGTGATGTCCGCAT‑GCCCCAAGGAAAATAAAAAGG‑TTTTCCCTTA‑AAAAA‑TT‑CCC‑CCCTCCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGc < 2:161490/145‑1 (MQ=255) accactgTTTGCTGTGGGCGGGGCTTTTTTTTGGCGATCCCCGAATACCCCCAGAAAAATAAATAATT‑TTTCCCT‑TA‑ATAAA‑TT‑CCC‑CCCTCCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAatat < 1:622395/145‑1 (MQ=255) accaacGTTTGTTGTGTGAGGGTTTGTTTTTTGCCAATGCCCGAATCCCCCTAGGAAAAGTAATAGGT‑TTTCCCT‑TA‑AAAAA‑TT‑CCC‑GCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAatat < 2:228860/149‑1 (MQ=255) aacatcTTTTGCTGGGTGGCGGGCTTTTTTGTGGCGATCCCCAAAAAGCCCCTGAAAAAGTAATAAGT‑TTCCCCC‑TG‑ATAAT‑TT‑CCC‑GCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAatat < 1:350072/151‑1 (MQ=255) acaagtttggCTGTGTGACGGCTTGTTTTTTGGGAATGCCCGAATCGCCCCAGGAAAATTAA‑AAGG‑TTTTCCCTTG‑AAAAA‑TT‑CCC‑GCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGcaca < 1:586222/137‑1 (MQ=255) caacGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGG‑TTTACCC‑TG‑ATAAA‑TT‑ACC‑GCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCg > 1:899669/1‑151 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |