| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,161,966 | C→A | L66M (CTG→ATG) | yijD → | DUF1422 family inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,161,966 | 0 | C | A | 98.8% | 320.6 / NA | 83 | L66M (CTG→ATG) | yijD | DUF1422 family inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base A (48/34); total (49/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCTGGCTTATCGATTAATGGTACTTTCGCAGCGCTGTTTAGCTCCATTGTGCCATTTTCTGTATTCCCGATTATTTCCCTGGTGCTGACGGTTTACTGCCTGCATCAACGTTATCTTAATCGCACTATGCCGGTAGGCTTGCCGGGTCTGGCAGCTGCCTGTTTTATTCTCGGCGTACTGCTGTACAGCACGGTAGTTCGTGCGGAATATCCGGATATCGGCTCTAACTTCTTCCCGGCAGTACTCTCCGTCATTATGGTGTTCTGGATTGGCGCGAAGATGCGTAACCGTAAGC > NC_000913/4161819‑4162113 | gCTGGCTTATCGATTAATGGTACTTTCGCAGCGCTGTTTAGCTCCATTGTGCCATTTTCTGTATTCCCGATTATTTCCCTGGTGCTGACGGTTTACTGCCTGCATCAACGTTATCTTAATCGCACTATGCCGGTAGGCTTGCCGGGTATgg > 1:1196350/1‑151 (MQ=255) cTGGCTTATCGATTAATGGTACTTTCGCAGCGCTGTTTAGCTCCATTGTGCCATTTTCTGTATTCCCGATTATTTCCCTGGTGCTGACGGTTTACTGCCTGCATCAACGTTATCTTAATCGCACTATGCCGGTAGGCTTGCCGGGTATGGc > 2:974227/1‑151 (MQ=255) tGGCTTATCGATTAATGGTACTTTCGCAGCGCTGTTTAGCTCCATTGTGCCATTTTCTGTATTCCCGATTATTTCCCTGGTGCTGACGGTTTACTGCCTGCATCAACGTTATCTTAATCGCACTATGCCGGTAGGCTTGCCGGGTATGGc > 2:495496/1‑150 (MQ=255) tGGCTTATCGATTAATGGTACTTTCGCAGCGCTGTTTAGCTCCATTGTGCCATTTTCTGTATTCCCGATTATTTCCCTGGTGCTGACGGTTTACTGCCTGCATCAACGTTATCTTAATCGCACTATGCCGGTAGGCTTGCCGGGTATGGc > 1:204915/1‑150 (MQ=255) ggCTTATCGATTAATGGTACTTTCGCAGCGCTGTTTAGCTCCATTGTGCCATTTTCTGTATTCCCGATTATTTCCCTGGTGCTGACGGTTTACTGCCTGCATCAACGTTATCTTAATCGCACTATGCCGGTAGGCTTGCCGGGTATGGc < 1:270899/149‑1 (MQ=255) ggCTTATCGATTAATGGTACTTTCGCAGCGCTGTTTAGCTCCATTGTGCCATTTTCTGTATTCCCGATTATTTCCCTGGTGCTGACGGTTTACTGCCTGCATCAACGTTATCTTAATCGCACTATGCCGGTAGGCTTGCCGGGTATGGCAg < 1:263563/151‑1 (MQ=255) gCTTATCGATTAATGGTACTTTCGCAGCGCTGTTTAGCTCCATTGTGCCATTTTCTGTATTCCCGATTATTTCCCTGGTGCTGACGGTTTACTGCCTGCATCAACGTTATCTTAATCGCACTATGCCGGTAGGCTTGCCGGGTATGGCAGc > 2:642292/1‑151 (MQ=255) tATCGATTAATGGTACTTTCGCAGCGCTGTTTAGCTCCATTGTGCCATTTTCTGTATTCCCGATTATTTCCCTGGTGCTGACGGTTTACTGCCTGCATCAACGTTATCTTAATCGCACTATGCCGGTAGGCTTGCCGGGTATGGCAGCTGc > 1:1064378/1‑151 (MQ=255) gATTAATGGTACTTCCGCAGCGCTGTTTAGCTCCATTGTGCCATTTTCTGTATTCCCGATTATTTCCCTGGTGCTGACGGTTTACTGCCTGCATGATCGTTATCTTAATCGCACTATGCCGTTAGGCTTGCCGGGTATGGCTGCTGCCTg > 1:33532/1‑150 (MQ=255) gATTAATGGCACTTTCGCAGCGCTGTTTAGCACCATTGTGCCATTTTCTGTATTCCCGATTATTTCCCTGGCGCTGACGGTTTACTGCCTGCCTCAACGTTATTTTAATCGCACTCTGCCGGTAGGATTGCCGGGGCTGGCCGCTGCCt > 1:698393/1‑149 (MQ=255) tAATGGTACTTTCGCAGCGCTGTTTAGCTCCATTGTGCCATTTTCTGTATTCCCGATTATTTCCCTGGTGCTGACGGTTTACTGCCTGCATCAACGTTATCTTAATCGCACTATGCCGGTAGGCTTGCCGGGTATGGCAGCTGCCTGttt < 2:1036003/150‑1 (MQ=255) tAATGGTACTTTCGCAGCGCTGTTTAGCTCCATTGTGCCATTTTCTGTATTCCCGATTATTTCCCTGGTGCTGACGGTTTACTGCCTGCATCAACGTTATCTTAATCGCACTATGCCGGTAGCCTTGCCGGGTATGGCAGCTGCCTGtttt > 1:394940/1‑151 (MQ=255) aaTGGTACTTTCGCAGCGCTGTTTAGCTCCATTGTGCCATTTTCTGTATTCCCGATTATTTCCCTGGTGCTGACGGTTTACTGCCTGCATCAACGTTATCTTAATCGCACTATGCCGGTAGGCTTGCCGGGTATGGCAGCTGCCTGtttt > 1:613474/1‑150 (MQ=255) tGGTACTTTCGCAGCGCTGTTTAGCTCCATTGTGCCATTTTCTGTATTCCCGATTATTTCCCTGGTGCTGACGGTTTACTGCCTGCATCAACGTTATCTTAATCGCACTATGCCGGTAGGCTTGCCGGGTATGGCAGCTGCCTGTTTTAtt > 2:468613/1‑151 (MQ=255) gTACTTTCGCAGCGCTGTTTAGCTCCATTGTGCCATTTTCTGTATTCCCGATTATTTCCCTGGTGCTGACGGTTTACTGCCTGCATCAACGTTATCTTAATCGCACTATGCCGGTAGGCTTGCCGGGTATGGCAGCTGCCTGTTTTATtc > 1:1310160/1‑150 (MQ=255) tACTTTCGCAGCGCTGTTTAGCTCCATTGTGCCATTTTCTGTATTCCCGATTATTTCCCTGGTGCTGACGGTTTACTGCCTGCATCAACGTTATCTTAATCGCACTATGCCGGTAGGCTTGCCGGGTATGGCAGCTGCCTGTTTTATtctc > 2:1096137/1‑151 (MQ=255) tttCGCAGCGCTGTTTAGCTCCATTGTGCCATTTTCTGTATTCCCGATTATTTCCCTGGTGCTGACGGTTTACTGCCTGCATCAACGTTATCTTAATCGCACTATGCCGGTAGGCTTGCCGGGTATGGCAGCTGCCTGTTTTATTCTCGGc > 2:1099009/1‑151 (MQ=255) aGCGCTGTTTAGCTCCATTGTGCCATTTTCTGTATTCCCGATTATTTCCCTGGTGCTGACGGTTTACTGCCTGCATCAACGTTATCTTAATCGCACTATGCCGGTAGGCTTGCCGGGTATGGCAGCTGCCTGTTTTATTCTCGGCGTActg < 2:1058664/151‑1 (MQ=255) 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gtgCCATTTTCTGTATTCCCGATTATTTCCCTGGTGCTGACGGTTTACTGCCTGCATCAACGTTATCTTAATCGCACTATGCCGGTAGGCTTGCCGGGTATGGCAGCTGCCTGTTTTATTCTCGGCGTACTGCTGTACAGCACGGTAGTTc > 2:672845/1‑151 (MQ=255) gCCATTTTCTGTATTCCCGATTATTTCCCTGGTGCTGACGGTTTACTGCCTGCATCAACGTTATCTTAATCGCACTATGCCGGTAGGCTTGCCGGGTATGGCAGCTGCCTGTTTTATTCTCGGCGTACTGCTGTACAGCACGGTAGTTCGt < 2:927587/151‑1 (MQ=255) gCCATTTTCTGAATTCCCGATTATTTCCCTGGTGCTGACGGTTTACTGCCTGCATCAACGTTATCTTAATCGCACTATGCCGGTAGGCTTGCCGGGTATGGCAGCTTCCTGTTTTATTCTCGGCGTACTGCTGTACAGCACGGTAGTTCg > 2:815737/1‑150 (MQ=255) ttCTGTATTCCCGATTATTTCCCTGGTGCTGACGGTTTACTGCCTGCATCAACGTTATCTTAATCGCACTATGCCGGTAGGCTTGCCGGGTATGGCAGCTGCATGCTTTATTCTCGGCGTACTGCTTTACACCACGGTAGTTCGTGCGGa > 1:4488/1‑150 (MQ=255) gTATTCCCGATTATTTCCCTGGTGCTGACGGTTTACTGCCTGCATCAACGTTATCTTAATCGCACTATGCCGGTAGGCTTGCCGGGTATGGCAGCTGCCTGTTTTATTCTCGGCGTACTGCTGTACAGCACGGTAGTTCGTGCGGAata < 2:455412/149‑1 (MQ=255) 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tGACGGTTTACTGCCTGCATCAACGTTATCTTAATCGCACTATGCCGGTAGGCTTGCCGGGTATGGCAGCTGCCTGTTTTATTCTCGGCGTACTGCTGTACAGCACGGTAGTTCGTGCGGAATATCCGGATATCGGCTCTAACTTCTTccc > 1:546883/1‑151 (MQ=255) gACGGTTTACTGCCTGCATCAACGTTATCTTAATCGCACTATGCCGGTAGGCTTGCCGGGTATGGCAGCTGCCTGTTTTATTCTCGGCGTACTGCTGTACAGCACGGTAGTTCGTGCGGAATATCCGGATATCGGCTCTAACTTCTTCCCg < 1:472228/151‑1 (MQ=255) cGGTTTACTGCCTGCATCAACGTTATCTTAATCGCACTATGCCGGTAGGCTTGCCGGGTATGGCAGCTGCCTGTTTTATTCTCGGCGTACTGCTGTACAGCACGGTAGTTCGTGCGGAATATCCGGATATCGGCTCTAACTTCTTCCCGGc > 2:1003124/1‑151 (MQ=255) ggTTTACTGCCTGCATCAACGTTATCTTAATCGCACTATGCCGGTAGGCTTGCCGGGTATGGCAGCTGCCTGTTTTATTCTCGGCGTACTGCTGTACAGCACGGTAGTTCGTGCGGAATATCCGGATATCGGCTCTAACTTCTTCCCGGc > 2:1002399/1‑150 (MQ=255) aCTGCCTGCATCAACGTTATCTTAATCGCACTATGCCGGTAGGCTTGCCGGGTATGGCAGCTGCCTGTTTTATTCTCGGCGTACTGCTGTACAGCACGGTAGTTCGTGCGGAATATCCGGATATCGGCTCTAACTTCTTCCCGGCAGTAct < 2:1009656/151‑1 (MQ=255) 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tGCCGGGTATGGCAGCTGCCTGTTTTATTCTCGGCGTACTGCTGTACAGCACGGTAGTTCGTGCGGAATATCCGGATATCGGCTCTAACTTCTTCCCGGCAGTACTCTCCGTCATTATGGTGTTCTGGATTGGCGCGAAGATGCGTAAc < 1:1237742/149‑1 (MQ=255) gCCGGGTATGGCAGCTGCCTGTTTTATTCCCGGCGTACTGCTGTACAGCACGGTAGTTCGTGCGGAATATCCGGATATCGGCTCTAACTTCTTCCCGGCAGTACTCTCCGTCATTATGGTGTTCTGGATTGGCGCGAAGATGCGTAACCg > 1:632594/1‑150 (MQ=255) ccGGGTATGGCAGCTGCCTGTTTTATTCTCGGCGTACTGCTGTACAGCACGGTAGTTCGTGCGGAATATCCGGATATCGGCTCTAACTTCTTCCCGGCAGTACTCTCCGTCATTATGGTGTTCTGGATTGGCGCGAAGATGCGTAACCGTa < 1:468557/151‑1 (MQ=255) cGGGTATGGCAGCTGCCTGTTTTATTCTCGGCGTACTGCTGTACAGCACGGTAGTTCGTGCGGAATATCCGGATATCGGCTCTAACTTCTTCCCGGCAGTACTCTCCGTCATTATGGTGTTCTGGATTGGCGCGAAGATGCGTAACCGTa > 2:190129/1‑150 (MQ=255) ggTATGGCAGCTGCCTGTTTTATTCTCGGCGTACTGCTGTACAGCACGGTAGTTCGTGCGGAATATCCGGATATCGGCTCTAACTTCTTCCCGGCAGTACTCTCCGTCATTATGGTGTTCTGGATTGGCGCGAAGATGCGTAACCGTAAGc < 2:464729/151‑1 (MQ=255) | GCTGGCTTATCGATTAATGGTACTTTCGCAGCGCTGTTTAGCTCCATTGTGCCATTTTCTGTATTCCCGATTATTTCCCTGGTGCTGACGGTTTACTGCCTGCATCAACGTTATCTTAATCGCACTATGCCGGTAGGCTTGCCGGGTCTGGCAGCTGCCTGTTTTATTCTCGGCGTACTGCTGTACAGCACGGTAGTTCGTGCGGAATATCCGGATATCGGCTCTAACTTCTTCCCGGCAGTACTCTCCGTCATTATGGTGTTCTGGATTGGCGCGAAGATGCGTAACCGTAAGC > NC_000913/4161819‑4162113 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |