| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,376,505 | 0 | A | C | 47.4% | 73.6 / 26.5 | 57 | T158P (ACC→CCC) | ycjR | putative TIM alpha/beta barrel enzyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/5); new base C (0/27); total (25/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.32e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTTACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATT‑CCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGG‑ATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCATATTGC > NC_000913/1376357‑1376653 | cTTACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATT‑CCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGG‑ATCATATGATCAACAcc > 2:453125/1‑151 (MQ=255) tACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATT‑CCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGG‑ATCATATGATCAACAccc < 2:1028682/150‑1 (MQ=255) ccgccgATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATT‑CCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGG‑ATCATATGATCAACACCCTc < 1:260598/150‑1 (MQ=255) ccgccgATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATT‑CCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGG‑ATCATATGATCAACACCCTCg < 2:47851/151‑1 (MQ=255) cgccgATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATT‑CCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGG‑ATCATATGATCAACACCCTCGc > 2:330726/1‑151 (MQ=255) cgATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATT‑CCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGG‑ATCATATGATCAACACCCTCGCCg > 1:408979/1‑150 (MQ=255) gACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATT‑CCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGG‑ATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGc < 1:1122358/150‑1 (MQ=255) tCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATT‑CCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGG‑ATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCccgcc > 1:425005/1‑151 (MQ=255) cgTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATT‑CCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGG‑ATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTAc > 2:741758/1‑150 (MQ=255) gTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATT‑CCCTGCGCGTACTGGAACAGGTGGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGCATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGG‑ATCATATGATCAACACCCTCGCCGGTGCCCGCCGTTACAt > 1:726455/1‑151 (MQ=255) gTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATT‑CCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGG‑ATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACAt > 2:313260/1‑151 (MQ=255) ccTGGACGGCGACCGAAAAATGGTGGGTGATC‑CCCGGCGCTTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTCCCGGACCCGTGGTGTATCTCGACCCGTAAAC‑CCGT‑TATCAGG‑ATCATATGATCACCCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACAtcgtc < 1:1000486/151‑1 (MQ=255) gACGGCGACCGCAAAAGGGTGGGTGATC‑CCCTGCGCGTACTGAAACAGGTCGCCGCGCGTCCCGGACCCGTGTTTTATCTCGACCCTTTAAC‑CCGC‑TATCAGG‑ATCATATAATCAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGaaa < 1:745114/151‑1 (MQ=255) aCCGCAAAATGGTGAGTGATT‑CCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGG‑ATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCt > 2:549545/1‑151 (MQ=255) ccgaaaaGGGTGAGGTATTCCCCGGCGCTTCCGGGAACGGGCCCCCGCCCGCCCCGGACCGGGGGTTTCTC‑CCAACCGTTAAACCCTC‑TACCAGG‑ACAATATAAACACCCCCCTCGCAGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCt < 2:126022/147‑1 (MQ=255) gCAAAATGGTGAGTGATT‑CCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGG‑ATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTa > 2:724749/1‑150 (MQ=255) gCAAAATGGTGAGTGATT‑CCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGG‑ATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTa > 2:802247/1‑150 (MQ=255) aaaaTGGTGAGTGATT‑CCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGG‑ATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTaaa > 1:907385/1‑150 (MQ=255) aaaaGGGTGGGTGTTC‑CCCTGCGCGTACTGGAACGGGGCGCCGCGCGTCCGGGACCGGGGGTTTATCCCAACCCGTTAAC‑CCGT‑TATAAGA‑ATAAAATGAAAAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGAt < 2:847552/144‑1 (MQ=255) cccGGCGCGTCCGGAAGCAGGCCGCCGCGTGTACCGAACCCGGGGTTTTTCCCCAACC‑TTAAA‑CCCCTTATCGGG‑AACTTATGATCAACCCCCCCCCCGAGGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTAt < 1:1098103/148‑1 (MQ=255) cgTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGG‑ATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTc > 2:667308/1‑151 (MQ=255) gTACTGGAACAGGCCGCCGCGCGCCCCGGAACCGTGGTGTTTCTCGAACCGTAAAC‑CCGC‑TATCAGG‑ATCATATGATCAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCt < 2:455608/151‑1 (MQ=255) acgagAACGGGTCGCCGCGCGTACGGGACCGGTGGTTTACCCCAACCCGTAAAC‑CCGT‑TACCAGC‑TACATATAATCACCCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCt < 2:557006/145‑1 (MQ=255) cTGGAAGGGGTCGCCGCGCGTCCCGGACCGGTGGTATATCTCGAACCTTAAAC‑CCGC‑TATCAGG‑ATAATATAATCAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTAt < 2:781579/137‑1 (MQ=255) cTGGAACAGGTCCCGGCGCGTCCCGAACCCGTGGTGTACCTCGAACCGTAAAC‑CCGC‑TATCAGA‑ATAATATGATCGACCCCCTCGCGGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTAt < 2:384783/150‑1 (MQ=255) ggAACGGGCCGCCGCGGGTACCGGACCGGGGGTTTTTCACAACCCGTTAAC‑CCGC‑TAACAGG‑ATAAAATGACAACCCCCCCCGCCGAGGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGa < 2:761663/141‑1 (MQ=255) aacggtcccccgcGGGTCCCGGACCCGTGTTTTACCCCAACCCTTTAAC‑CCCC‑TATCAGA‑AAAAAAGAACCAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCt < 2:13271/135‑1 (MQ=255) aaCAGGTCGCCGCGCGTCCCGGAACCGTGTTGTATCTCGACCCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGG‑ATAATATGACCAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATcaca < 1:272101/150‑1 (MQ=255) gttccccgcGCGT‑CCGGAACCGGTGTTTTTTCCCAACCCTTAAACCCGT‑TATCAGA‑ATAATATGACCACCCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTAt < 2:715833/137‑1 (MQ=255) gttCGCCGCGCGTACCGGACCGGTGGTTTATCTCGACCCTTTAAC‑CCGC‑TTTAAGG‑ATAATATGATCAACCCCCCCCCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATg < 1:689366/146‑1 (MQ=255) cgccgcGCGTACCGGACCGGTGGTTTATCTCGACCCTTTAAC‑CCGC‑TATCAGG‑ATCATATGATCACCCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATc < 1:373530/151‑1 (MQ=255) cgccgcGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGG‑ATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATc > 2:244161/1‑151 (MQ=255) cgcgcgTCCCGGACCGGTGTTGTATCGCGACCCTTAAAC‑CCGC‑TA‑CAGGAATCATATGACAACCCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATg < 2:806616/142‑1 (MQ=255) tACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGG‑ATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCgaaga > 1:887897/1‑147 (MQ=255) ccGGACCCGTGGTGTATCCCG‑ACCCTTAAA‑CCCCTTATCAGG‑ATCATAAGACCACCCCCCTCGCCGAGGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGAt < 2:130736/149‑1 (MQ=255) ggAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGG‑ATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAAcc > 1:31888/1‑151 (MQ=255) gAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGG‑ATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCt > 2:317824/1‑151 (MQ=255) gAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGG‑ATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCt > 2:356149/1‑151 (MQ=255) aCCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGG‑ATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTgg > 1:1062932/1‑151 (MQ=255) ccGTGGTTTATC‑CCAACCCTTAAACCCGC‑TATCAGG‑ATAATATAACCACCCCCCCCCCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTgg < 2:483691/150‑1 (MQ=255) tggtgTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGG‑ATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGgcgc > 1:778040/1‑150 (MQ=255) tgtATCCCGACCCTTAAAC‑CCGC‑TATCAGA‑ATAATATGACCAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAgg < 2:314044/150‑1 (MQ=255) cGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGG‑ATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCAt > 1:550345/1‑151 (MQ=255) acccttaaaa‑CCGC‑TATCAGG‑ATCAAATGACAAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCAt < 2:223720/142‑1 (MQ=255) aaCCGTTAAC‑CCGC‑TATCAGG‑ATCATATGATCAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGc < 1:253065/147‑1 (MQ=255) aCCCTTAAACCCGC‑TATAAGT‑ATCATATAGCCACCCCCCCCGCCAGTCCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCAt < 1:245564/149‑1 (MQ=255) accctttaaccctttataAGG‑ATCATATGATCAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCt < 1:83300/131‑1 (MQ=255) cGTAAAC‑CCGC‑TATCAGG‑ATCATATGATCAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACaa < 1:369716/151‑1 (MQ=255) tAAA‑CCGC‑TATCAGG‑ATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACcg > 1:475735/1‑151 (MQ=255) tATCAGG‑ATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGc > 2:627072/1‑151 (MQ=255) ataaGG‑ATAATAGGATCAACCCCCCCGCGGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATACCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGc < 2:235045/147‑1 (MQ=255) agaaccattttaTCACCACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCttg < 2:413589/139‑3 (MQ=255) tCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCAt > 2:702067/1‑151 (MQ=255) tCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCAt > 2:196914/1‑151 (MQ=255) atatGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCAtgt > 2:820742/1‑151 (MQ=255) atatGACCACCCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCAtgt < 1:168790/151‑1 (MQ=255) tcaTCAACCCCCCCCCCGAGGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCa < 1:707651/143‑1 (MQ=255) acacCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCATATTGc > 1:192608/1‑151 (MQ=255) | CTTACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATT‑CCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACCGTGGTGTATCTCGAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGG‑ATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCATATTGC > NC_000913/1376357‑1376653 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |