| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,378,802 | 0 | A | C | 46.6% | 97.8 / 13.4 | 59 | V48G (GTA→GGA) | ampC | penicillin‑binding protein; beta‑lactamase, intrinsically weak |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (30/1); new base C (0/27); total (30/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.07e-15 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCG‑ATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGT‑AATAAGGTTTACCC‑TGATAAATTACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAACATAGGGTCT > NC_000913/4378656‑4378951 | cTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCG‑ATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGT‑AATAAGGTTTACCC‑TGATAAATTaccg > 2:194618/1‑150 (MQ=255) cGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCG‑ATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGT‑AATAAGGTTTACCC‑TGATAAATTaccgc < 1:754897/149‑1 (MQ=255) gAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCCTTTTGGCG‑ATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGT‑AATAAGGTTTACCC‑TGATAAATTaccgccac > 1:738409/1‑151 (MQ=255) aaTAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCG‑ATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGT‑AATAAGGTTTACCC‑TGATAAATTaccgccaccgcc < 2:935606/151‑1 (MQ=255) tAGCGTCGCCCCCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCG‑ATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGT‑AATAAGGTTTACCC‑TGATAAATTaccgccacc < 2:677389/146‑1 (MQ=255) aGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCG‑ATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGT‑AATAAGGTTTACCC‑TGATAAATTACCGCCACCGCCAt > 2:999376/1‑150 (MQ=255) gTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCG‑ATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGT‑AATAAGGTTTACCC‑TGATAAATTACCGCCACCGCCATAccc > 1:271936/1‑151 (MQ=255) gTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCG‑ATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGT‑AATAAGGTTTACCC‑TGATAAATTACCGCCACCGCCATAccc > 1:583613/1‑151 (MQ=255) caaaGCCCGCCAGAAAATTTTTGGCTGACCGAACCAAACTAAAACAACGTTTGTTGTGTGAGGGGCTGTTTTTTGGCG‑ATCCCCGCAACCCCCCAGGAAAAGA‑AAAAAGTTTTCCCC‑TGAAAAATTCCCGCCACCGCCATACCCGGGATc < 2:505651/148‑1 (MQ=255) aaGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCG‑ATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGT‑AATAAGGTTTACCC‑TGATAAATTACCGCCACCGCCATACCCGGGATCttt > 2:121417/1‑151 (MQ=255) cGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCG‑ATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGT‑AATAAGGTTTACCC‑TGATAAATTACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTttgttg > 1:1014560/1‑151 (MQ=255) ccAATAAATTTTTTGCTGCCCAAACGAAACAAAACCAAGTTTGGCTGGGAGACGGGCGGCTTTTTGTCG‑ATTACCGCACAG‑CCCAGGGTAAGG‑AAAAAGGTTTTCCCGTAAAAAATCCCCCCCACCGCCATACCCGGGATCTTttgt < 1:1074253/147‑1 (MQ=255) aattGTTTTGCTGCCGGAACTAACCTAAAACATCGTTGGCTGTGTGACGGGTTTTTTTTGGGCG‑TTGTCCCCAAACCCCCGGGTAAAGA‑AAAAAGGTTTCCCC‑TGATAAATACCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCtata < 1:345303/148‑1 (MQ=255) aaaTGTTTTGCTGACCGAACCTAAATCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCG‑ATGTCCGCATAGCCCCAGGCAAAGT‑AATAAGGTTTACCC‑TGATAAATTACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCtat > 2:881359/1‑150 (MQ=255) aaaCGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCG‑ATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGT‑AATAAGGTTTACCC‑TGATAAATTACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCtat > 1:624414/1‑150 (MQ=255) aaTGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCG‑ATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGT‑AATAAGGTTTACCC‑TGATAAATTACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCtata > 2:66152/1‑150 (MQ=255) ccGACCCTAACCAAAACATCGTTTGCTGGGGACCGGTCTTTTTTTGGGCG‑TTGCCCGCACACCCCCAGAAAAAGA‑AAAAGTTTTTCCCC‑TAAAAAATCCCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATtgt < 2:682072/151‑1 (MQ=255) gAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCG‑ATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGT‑AATAAGGTTTACCC‑TGATAAATTACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGc > 2:727800/1‑151 (MQ=255) 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gtgtgACGGGCTGCTTTTTGGCG‑ATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGT‑AATAAGGTTTACCC‑TGATAAATTACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATttgttg > 2:641733/1‑151 (MQ=255) gtgggAGGGGTTGTTTTTGGGCG‑ATGCCCGCATACCCCCAGGAAAAGT‑AATAAGTTTTCCCC‑TGAAAAATCCCCCCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATttgtt < 1:251376/150‑1 (MQ=255) tgaggtgtttttttttGGCG‑TTGCCCAGATACCCCCAGAAAAAGA‑AATAGTGTTTTCCA‑TAATAAATCCCGCCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGCTGATTTGTTGa < 2:156509/138‑1 (MQ=255) gtggggttcttttttGGGG‑ATTTCCGCATGGCCCGAGGAAAATT‑AATAGGTTTTCCCT‑TGATAATTTGCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCAATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAgg < 1:535721/140‑1 (MQ=255) gggTTGTTTTTTGGCA‑ATGCCCGAATACCCCCAGGAAAAGA‑AATAAGTTTTCCCT‑TAAAAATTTCCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAgggg < 1:872888/149‑1 (MQ=255) ggCTGTTTTTGGGCT‑AGCTCCTCACGGCCCCTGAAAAAGT‑AAAAAGTTTCCCCC‑TAAAAAATCCCCCCCCCCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGgcag < 1:193642/151‑1 (MQ=255) tttttGGCG‑ATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGT‑AATAAGGTTTACCC‑TGATAAATTACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAAtg > 1:878187/1‑151 (MQ=255) tttttGGCG‑ATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGT‑AATAAGGTTTACCC‑TGATAAATTACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAAtg > 2:435073/1‑151 (MQ=255) tttttGGCG‑ATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGT‑AATAAGGTTTACCC‑TGATAAATTACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAAtg > 1:285456/1‑151 (MQ=255) ttttgGGCG‑TTGCCCACATACCCCAAGAAAAAAT‑AATAATTTTTACCC‑TAAAAATTTCCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAAt < 2:1074279/150‑1 (MQ=255) ttttGGCGAATCTCCGAAATGCCCAAGGTAAAGT‑AATAGGGTTTCCTT‑TAATAATTCCCCCCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAAt < 2:182949/150‑1 (MQ=255) gTCCGCATAGCCCCAGGAAAAGT‑AATAGGTTTTCCCC‑TAATAATTTCCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAaga < 1:287271/150‑1 (MQ=255) gTCCGCATACCCCCAGGAAAAGT‑AATAGGTTTTCCCC‑TGAAAAATTCCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAaga < 1:79030/150‑1 (MQ=255) cgccatgcccccAGAAAAATT‑AATAAGTTTTCCCC‑TAAAAATTCCCCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAagag < 2:732989/141‑1 (MQ=255) cGCATAGCCCCAGGTAAAGT‑AATAAGGTTTACCC‑TGATAAATTACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGGAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCg > 2:748883/1‑151 (MQ=255) 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tACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAACATAGGGTCt > 1:501355/1‑151 (MQ=255) | CTCGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCG‑ATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGT‑AATAAGGTTTACCC‑TGATAAATTACCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAACATAGGGTCT > NC_000913/4378656‑4378951 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |