| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,111,747 | 0 | G | T | 41.1% | 89.3 / 25.8 | 56 | N156K (AAC→AAA) | yiiQ | DUF1454 family putative periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/7); new base T (0/23); total (26/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.85e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CAAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTT‑CAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTG‑TCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGATGGGTAGCCAG > NC_000913/4111597‑4111894 | caAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTT‑CAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTG‑TCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACgtttg > 2:818785/1‑151 (MQ=255) aaGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTT‑CAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTG‑TCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACgtttgtt > 2:518464/1‑151 (MQ=255) gctttgctttTTGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTT‑CAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTG‑TCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGttttt > 2:1055735/1‑151 (MQ=255) ttgctttTTGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTT‑CAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTG‑TCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTc < 2:778240/149‑1 (MQ=255) gctttTTGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTT‑CAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTG‑TCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCccg < 1:264728/151‑1 (MQ=255) ctttTTGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTT‑CAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTG‑TCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCccgc > 2:1035389/1‑151 (MQ=255) tttttGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTT‑CAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTG‑TCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCccgcc > 1:896637/1‑151 (MQ=255) tttttGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTT‑CAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTG‑TCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCccgcc > 1:26636/1‑151 (MQ=255) tttGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTT‑CAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTG‑TCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGt > 1:811543/1‑151 (MQ=255) tttATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTT‑CAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTG‑TCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGc > 1:718052/1‑151 (MQ=255) tttATAAAATCCTCCAAGCTATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTT‑CAACAACGAGGGTCACCCCTTTTT‑CGTCTTTG‑CCCGCAACAACATACCGCAGCGCCCTTTCTGCCTCGTTGAAATAACGTTTTTTTTCCCCCGCCGTtagta < 1:469264/149‑1 (MQ=255) ttATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTT‑CAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTG‑TCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCg > 2:395116/1‑151 (MQ=255) tCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTT‑CAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTG‑TCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTg > 1:1063342/1‑151 (MQ=255) 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cGATTCAGATAGCGCCAGTTTAATCGTTT‑CAACAGCGAAGGTCACCCCTTTTT‑CGCCGTTG‑TCCGCGACAACATAACGCAGTGCCCCTTCTGTCTCGGTGTAATAACTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTgg < 2:126919/151‑1 (MQ=255) cGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTT‑CAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTG‑TCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTgg > 1:204060/1‑151 (MQ=255) ttCAGATGGCGCCAGCTTAATCGGTT‑CAACAGCGAAGTTCACCCCCTTTT‑CGCCTTTG‑TCCGCGACAACATACCGCAGTCCCCCTTCTGTCTCGGTGTAATAACTTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCt < 1:1070388/150‑1 (MQ=255) aaaTAGCCCCAGCTAAACCGGTC‑AAACAGCAAGGGTCACCCCTTTTT‑CGCCGTTG‑CCCGCAAAAACATACCGCAGTGCCCCTTCTGTCTCGGTTTAATATCTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTtg < 1:849306/148‑1 (MQ=255) aGATAGCTCCATCTTAATCGTTT‑CAACAGCAACGGCCACCCCCTTTT‑CGCCGTTG‑TCCCCAACAACACAACCCGGTCCCCCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTtg < 2:1105104/150‑1 (MQ=255) aTAGCGCCAGCTTAATCGGTT‑CAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTG‑TCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTgtgt > 2:366376/1‑151 (MQ=255) gcgcCAGCTTAATCGGTT‑CAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTG‑TCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGtttt > 2:552592/1‑151 (MQ=255) cgcCAGCTTAATCGGTT‑CAACAGCAAAGGCCAGCCCCTTTC‑CGCCTTTG‑TCCGCAACAACATAACGCAGTGCCCCTTCTGTCTCGGTGTAATAACTTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTg < 2:299974/151‑1 (MQ=255) ccATCTTATTCGTTA‑CAAAAGCGAAGGTCACCCCTTTGT‑CCCTGTTC‑CCCGCGAAAACAAACCGCAGTCCCCCTCTTGCCTTGGTGAATTAATGTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGttt < 1:567392/147‑1 (MQ=255) ccAGCTTAATCGGTT‑CAACAGCGAAGGTCACCCCCTTTC‑CGCCGTTG‑CCCGCGAAAACATAACGCAGTGCCCCTTTTGTCTGGGTGTAATAACTTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGt < 2:200797/151‑1 (MQ=255) aGCTTAACCGTTA‑AAACAGCGAAGG‑CCGCCCCTTTTCCGCCTTTG‑TCCGCAACACCATAACGCATTCCCCTTTTTGTCTCGGTTTAATATTTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCa < 1:243330/151‑1 (MQ=255) cTTAATCGGTT‑CAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTG‑TCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCAtt > 2:906746/1‑151 (MQ=255) ttATTCGGTT‑CAACGGCGAAGTTCACCCCTTTTT‑CGCCGTTG‑TCCGCGACAACATACCGCGGTGCCCCTTCTGTCTCGGTGTAATACCTTTTGTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCa < 1:914842/148‑1 (MQ=255) ttAATCGGTT‑CAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTG‑TCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCAtt > 1:586812/1‑150 (MQ=255) ttAATCGGTT‑AAACAGCAAAGGTCACCCCTTTTT‑CGCCTTTG‑CCCGCAACAACATACCGCAGTCCCCCTTCTGTCTCGGTTTAAAACCTTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCa < 2:740067/148‑1 (MQ=255) tAATCGGTT‑CACCAGTGATGGCCACCCTCTTTT‑CTCTTTTG‑TCCGCGCCAACATAACACAGTCCCCCTTCTGTCTGGGTTTAAAATCTTTTTTTTTCCTCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCAtt < 1:275460/149‑1 (MQ=255) accgttt‑CAACAGCGAGGGTCAGCCCCTTTC‑CGCCGTTG‑CCCGCGAAAACATAACGCATTCCCCCTTCTGTCTCGGTTTAATATCTTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATg < 2:286002/146‑1 (MQ=255) ggTT‑AAACAGCGAAGGTCACCCCTTTTC‑CGCCGTTG‑CCCGCGAAAACATACCGCGGTGCCCCTTCTGTCTCGGTGTAATAACTTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATgg < 2:918563/149‑1 (MQ=255) gAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTG‑TCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCgg > 2:187334/1‑151 (MQ=255) ggTCACCCCCTTTC‑CGCCGTTG‑TCCGCAACAACATAACGCAGTCCCCCTTCTGTCTCGTTGTAATAACGTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATc < 2:30964/151‑1 (MQ=255) cagcccTTTT‑CCCCGTTGCGCCGATACACTATAACGCATTGCTCCTTCTGTCGGGGTGAAATGTGTTGTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATc < 1:176100/145‑1 (MQ=255) ccctTTTC‑CGCGTTTC‑TCCGCAACAACATACCGCGTTCCCCCTTTTGTCTGGGTTTAAAAACGTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGc < 2:213200/150‑1 (MQ=255) ccttttc‑CGCCGTTG‑TCCGCGAAAACATAACGCAGTGCCCCTTCTGTCTGGGTGTAATAACTTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTg < 2:795137/148‑1 (MQ=255) gTTG‑TCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTcc > 2:469758/1‑151 (MQ=255) gTTG‑CCCCCGACAACAAACCGCAGTCCCCCTTCTTTCTCGGTTTAATATTTTTTGTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTc < 1:586713/150‑1 (MQ=255) ccGCAACAACATACCGCTGTCCCCTTTCGGTCTGGGTGTAATAACGTTTGTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCt < 2:402746/147‑1 (MQ=255) cgACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAgcttt > 2:471713/1‑151 (MQ=255) aaaaacaTAAGGCGGTCCTCCTTTTGTTTCGGTATAAAATGTTTTTTTTTTCGCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAgctt < 1:107505/146‑1 (MQ=255) caTAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAgctttcgcttt > 2:519561/1‑151 (MQ=255) gCAGTGCCCTTTCTGTCTGGTTTTATTATTTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGctttcgctttcg < 1:156208/147‑1 (MQ=255) 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atatttttttttttCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGATGGGt < 1:62801/145‑1 (MQ=255) ataaCGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGATGGGt > 1:391195/1‑151 (MQ=255) ttgtttTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGATGGGTAGCCAg < 1:667864/150‑1 (MQ=255) | CAAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTT‑CAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTG‑TCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGATGGGTAGCCAG > NC_000913/4111597‑4111894 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |