| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 15,410 | 0 | T | G | 40.8% | 86.8 / 13.6 | 49 | intergenic (+112/‑35) | dnaJ/insL1 | chaperone Hsp40, DnaK co‑chaperone/IS186 transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/26); new base G (20/0); total (23/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.26e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATGGTGTGAAGAAGTTTTTTGACGACCTGACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATG‑ATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGCTC > NC_000913/15261‑15535 | aTGGTGTGAAGAAGTTTTTTGACGACCTGACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGtt < 2:1013/151‑1 (MQ=255) gtgAAGAAGTTTTTTGACGACCTGACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTgg < 2:278128/150‑1 (MQ=255) gaagaaGTTTTTTGACGACCTGACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTa < 1:477569/150‑1 (MQ=255) aagTTTTTTGACGACCTGACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGGCACTCCCCTAAAAGCTAAATTAACGGGTGTggggttttg > 2:515378/1‑144 (MQ=255) gacgacCTGACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATg < 1:483223/151‑1 (MQ=255) gacgacCTGACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATg < 1:776503/151‑1 (MQ=255) acgacCTGACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATG‑a < 1:169137/151‑1 (MQ=255) gacCTGACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCCTAAACGCTAACTTAAGGGGTGGGGGATTACGCCTGGTATG‑Att > 1:441679/1‑151 (MQ=255) gACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGTCACTCCCCCAAGCGCGCAATTAAGGGGGTTGGGGTTTCGCCTGCTATT‑Attt > 2:439583/1‑147 (MQ=255) gACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATG‑ATTTAACg < 2:800712/151‑1 (MQ=255) cGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGAGGTGAATCCCCTAAATGAGAACTTAAGCGGTGGGGGAATAAGCCtcacgttactt > 1:600864/1‑133 (MQ=255) gCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGTCACTCCCCTAAACGCTCACTTAAAGGGTGTGGTATTACGCCTGATATT‑ATTTAACATGcc > 2:349663/1‑150 (MQ=255) cTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGACAACCCCACAAACGCTAAACTAAAGGGTGTGGGGTTAAGCCCGGTATT‑ATTTTACGTGGCg > 2:1011487/1‑150 (MQ=255) aaCCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGTCACTCCCCTAAGCGCCAACTTAAGGGGTGTGGGATTAAGCCTGATATG‑Attttaaatgcc > 1:687536/1‑139 (MQ=255) aaCCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGTCACTCCCCTAAACGCTAACTTAAGGGGTGTGGGATTTCGCCTGGTATG‑ATTTTACGTGCCGAt > 1:364427/1‑150 (MQ=255) aaCCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATG‑ATTTAACGTGCCGAt < 1:683611/150‑1 (MQ=255) aaCCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATG‑ATTTAACGTGCCGATg < 2:234574/151‑1 (MQ=255) ccccAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGTCACTCCCCTAAACGCTAACTTAAAGGGTGTGGGATTAAGCCCGGTATG‑ATTTTAAATGGCGATGaaat > 1:79019/1‑148 (MQ=255) ccccAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATG‑ATTTAACGTGCCGATGAATTa < 1:739831/151‑1 (MQ=255) aGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGGCACTCCCCTAAGCGCTAAATTAAGGGGTGTGGGATTACGCCTGATATT‑ATTTTAAGTGCCGATGAAATatttt > 2:215669/1‑144 (MQ=255) aGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGACACCCCCCCAAGCGCTAAATTTAAGGGTGTGGTATTAAGCCCGGTATG‑ATTTTACGTGGCGCAGAAATActtt > 1:805435/1‑146 (MQ=255) cTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGTCACTCCCCCAAACGCTAACTTAAAGGGTGTGGGATTAAGCCTGGTATG‑ATTTTAACTGCCGACGAATTAATCTCACGa > 1:130465/1‑150 (MQ=255) tGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGGGAAACCCAAAAGAGCTAACTTTAGGGGTGTGGGATTAATCCTGATATG‑ATTTTAAATGCCGATGAAtt > 2:633510/1‑139 (MQ=255) gggCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGTACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATG‑ATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGt < 1:630526/150‑1 (MQ=255) ggCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATG‑ATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCa < 2:733897/151‑1 (MQ=255) cAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATG‑ATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGc < 1:587611/151‑1 (MQ=255) ccTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATG‑ATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAAtt < 2:432923/151‑1 (MQ=255) ccTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATG‑ATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAAtt < 2:334265/151‑1 (MQ=255) gggTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATG‑ATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTg < 2:524399/151‑1 (MQ=255) gTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATG‑ATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGc < 2:441817/151‑1 (MQ=255) aaaaTAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGGCACTCCCATAAACGCTAACTTTAGGGGTGTGGGATTAAGCCTGATATT‑ATTTAAACTGCCGATGAATTAATCTCACGATAAATGGTCAGCAATTCTGGccc > 1:893034/1‑150 (MQ=255) aaaaTAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGGCACTCCCACAAACGCCAACTTTAAGGGTGTGGGATTTTGCCTGATATG‑ATTTAAAATGGCCATGAATTACTCTCACCATAAATGGGCAGCAAATCTTGcccc > 1:924622/1‑150 (MQ=255) aTAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGAAGACTCCCACAAGAGCTTTATTAACGGGTGTGGTTTTTCGCCCGGTAAGTTTTTAATATG‑CGATGGATTTATCTCTCCATAAATGGGCAGCAAATCTTGccc > 2:109660/1‑147 (MQ=255) aGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATG‑ATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTg < 1:8225/151‑1 (MQ=255) gTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGTCACTCCCAAAAGCGCCAAATTAAAGGGTGTGGGAATACGCCTGATATG‑ATTTTAAGTGGCCATGAATTACTCTCACCAAAAATGGGCAGCAAATCTGGGCCATAtttg > 1:385995/1‑147 (MQ=255) cGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATG‑ATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGc < 2:709740/151‑1 (MQ=255) tGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCAATCCCCTAAACGCTAAATTAAGGGGTGTGGGATTACGCCTGATATG‑ATTTTAAGTGCCCATGGATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTTTTGCCCCTATTTGTAAGccc > 1:712871/1‑150 (MQ=17) atGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGTTACTCCCCTAAACGCTAAATTAAGGGGTGTGGGATTTTGCCCGATATG‑ATTTTACGTGCCGATGAATTTATCTCCCGATAAATGGTCCGCAAATTTGGCCCCTATTTGTAAAACCgaaaaa > 2:932773/1‑149 (MQ=255) atGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATG‑ATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACt < 2:655137/151‑1 (MQ=255) tGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGGAACCCCCCTAAACGCTAACTTAAGGGGTGTGGGGTTACGCCTGATATG‑ATTTAAAATGGCGATGAATTAATCTCACGATAAATGGTCAGCAATTTTGGCCCCTATTTGTAAACCCgaagaa > 1:184186/1‑148 (MQ=255) gCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATG‑ATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATAc < 1:936605/151‑1 (MQ=255) tGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATG‑ATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTa > 2:169453/1‑150 (MQ=35) cGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATG‑ATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGc < 2:336652/151‑1 (MQ=33) gggATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATG‑ATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCg < 1:425287/151‑1 (MQ=33) gATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATG‑ATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCggg > 1:173801/1‑151 (MQ=33) gATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATG‑ATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCggg < 2:864613/151‑1 (MQ=33) aTCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATG‑ATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCgggg < 1:602670/151‑1 (MQ=33) cACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATG‑ATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGct < 1:914268/151‑1 (MQ=31) aCTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATG‑ATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGctc < 1:604597/151‑1 (MQ=31) aCTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATG‑ATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGctc > 2:319837/1‑151 (MQ=31) | ATGGTGTGAAGAAGTTTTTTGACGACCTGACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATG‑ATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGCTC > NC_000913/15261‑15535 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |