| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,536,197 | 0 | A | T | 42.9% | 69.3 / 58.5 | 63 | intergenic (+166/+417) | yjhR/nanS | pseudogene, helicase family; putative frameshift suppressor/9‑O‑acetyl N‑acetylneuraminic acid esterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/34); new base T (27/0); total (29/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.29e-16 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATGATACAGGAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAAT‑AATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCTGTGGCCCA > NC_000913/4536048‑4536347 | aTGATACAGGAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTG‑CTTTTAg < 2:1031581/151‑1 (MQ=255) aGGAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTG‑CTTTTAGGAATgaa < 1:947675/151‑1 (MQ=255) aGGAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGGG‑CTTTTTGGaa > 1:23037/1‑147 (MQ=255) aGGAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTCATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTG‑CTTTTAGGAATgaa < 2:239749/151‑1 (MQ=255) gAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTG‑CTTTTAGGAATgaaag < 2:49655/151‑1 (MQ=255) gtagtaAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGGG‑CTTTTTGGGATgaaaaa > 1:571656/1‑148 (MQ=255) agtaAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTG‑CTTTTAGGAATgaaagaaa < 1:212644/150‑1 (MQ=255) gtaAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAAt < 2:4294/151‑1 (MQ=255) gtaAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAAt < 1:407407/151‑1 (MQ=255) gtaAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAAt < 2:244389/151‑1 (MQ=255) gCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATgcaagca < 1:321715/151‑1 (MQ=255) atatTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGGG‑GTTTTTGGGATGAAAGAAAAAgcaa > 2:860511/1‑146 (MQ=255) tatTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGGG‑CTTTTTGGAAAGAAAAAAAAAgcaagcaa > 1:203242/1‑149 (MQ=255) tttACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGGG‑GTTTTTTGGATGAAAAAAAAAgcaaaaaaaaa > 1:922109/1‑142 (MQ=255) tACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTG‑GTTTTTGGAATGaaaaaaaaagacaaaaaaaatat > 1:604503/1‑135 (MQ=255) tACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAataata < 1:226768/149‑1 (MQ=255) aCCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAataatataa < 2:521228/151‑1 (MQ=255) aCCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAataatata < 1:278204/150‑1 (MQ=255) tGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGGG‑CTTTTTTGAAAGAAAGAAAAAAAAAACAATAAAAtaaa‑aa > 1:653607/1‑149 (MQ=255) tAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAAT‑AATGGc < 1:437928/150‑1 (MQ=255) aaGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAAT‑AATGGCCt < 1:485598/151‑1 (MQ=255) aaGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAAT‑AATGGCCt < 1:557132/151‑1 (MQ=255) aaGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAAT‑AATGGCCt < 1:64590/151‑1 (MQ=255) aGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAAT‑AATGGCCTa < 1:535825/151‑1 (MQ=255) cTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCACCTGGGATTAATGGCGGGTG‑GTTTTTTGGATGAAAAAAAAAGAAAGGAAAAAAAAAAT‑AATTGGCTAAttt > 1:212236/1‑149 (MQ=255) ttCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAAT‑AATGGCCTAATTTCt < 2:9156/149‑1 (MQ=255) tCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAAT‑AATGGCCTAATTTCttt < 2:370457/150‑1 (MQ=255) tttATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAAT‑AATGGCCTAATTTCTTTGAAca < 1:483964/150‑1 (MQ=255) tttATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAAT‑AATGGCCTAATTTCTTTGAAca < 2:1064136/150‑1 (MQ=255) aTTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAAT‑AATGGCCTAATTTCTTTGAAcatca < 2:982485/150‑1 (MQ=255) gCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTG‑GTTTTTGGGATGAAAAAAAAAACAAGCAATAATATAAT‑AAAGGCCTAATTTTTTTTTAAATCAtt > 1:437287/1‑149 (MQ=255) gAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTG‑CTTTTTTGAATGGAAAAAAAAGAAAGGTATAAAAAAAT‑AAAAGACTAATttttttttatataactata > 2:384242/1‑137 (MQ=255) cGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAAT‑AATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCatat < 1:1037973/151‑1 (MQ=255) cGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAAT‑AATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCata < 1:1025573/150‑1 (MQ=255) cGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAAT‑AATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCata < 1:16313/150‑1 (MQ=255) gCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGGG‑CTTTTTTGGATTAAAAAAAAAAAAAACAAAAATATAAA‑AATAGTCTTATTTTTTTTTTAATCATTAAACata > 2:975109/1‑149 (MQ=255) gCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGGG‑CTTTTTTGAATAAAAAAAAAAGCAAGCAATAATATAAA‑AATAGCCTAATTTTTTTTTACATCAtttaaaaaa > 2:797677/1‑142 (MQ=255) tttCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGCGG‑GTTTTTGGAATGAAAGAAAAAGCAAGCAAAAATATAAA‑AATGGCCCAATTTTTTTTAAAAACATTAAGCa > 1:290192/1‑144 (MQ=255) 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cATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGGG‑GTTTTTGGAATGAAAAAAAAAGCAAGCAAAAAAATAAA‑AAAGGGCTAATTTTTTTTTACAACATTAAACATATCATCATCGTCTTTTTTTCAGAAACCGTCGGCTtat > 1:266558/1‑149 (MQ=255) tttCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAAT‑AATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATc < 2:35048/150‑1 (MQ=255) tCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGCG‑CTTTTTGGGGAGAAAGAAAATTCAAGCTAAAATATAAA‑AATAGCCTACTTTCTTTGGACAAACTTTAGCCAATTATTCAGGTCTATTTTACAGAATTCGTTGACCTATaaaaacc > 1:1041369/1‑146 (MQ=255) ttGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAAT‑AATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGa < 2:571552/150‑1 (MQ=255) gCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTG‑GGTTTTTGGATGAAAAAAAAAGCAAGAAATAAAATAAT‑AAAAGGCTAATTTTTTTTAAAATCATTAAAAATATCATCATCGTCTATTTTTCCGAATACGCCCGCTTTTAATCACCAGaa > 2:727491/1‑149 (MQ=255) cgcCTGGGATTAATGGCGGGTG‑CTTTTTGGAATGAAAAAAAAAGCAAGAAAAAAAATAAT‑AATAGGCTAATTTTTTTTTAAATCATTAAGAATATCAACATCGTCTATTTTTCAGAAAACGTCGACTTTTAATTCCCAGAACAGCat > 1:534038/1‑147 (MQ=255) ggCGGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAAT‑AATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCg > 2:939738/1‑150 (MQ=255) ggCGGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAAT‑AATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGa < 1:880504/151‑1 (MQ=255) cGGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAAT‑AATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAAc < 2:543754/151‑1 (MQ=255) tAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAAT‑AATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCTGTGGccc > 2:953734/1‑151 (MQ=255) aGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAAT‑AATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCTGTGGCCCa < 2:203196/151‑1 (MQ=255) | ATGATACAGGAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTG‑CTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAAT‑AATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCTGTGGCCCA > NC_000913/4536048‑4536347 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |