| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 29,486 | 0 | C | A | 46.3% | 51.4 / 24.1 | 41 | intergenic (+291/‑165) | dapB/carA | dihydrodipicolinate reductase/carbamoyl phosphate synthetase small subunit, glutamine amidotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/4); new base A (0/19); total (18/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.49e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTTTGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAA‑CAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGT‑AAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATAT > NC_000913/29337‑29635 | ttttGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAA‑CAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGT‑AAAACATGCATGAGCcac < 1:247720/150‑1 (MQ=255) tgttgtTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAA‑CAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGT‑AAAACATGCATGAGCCACaaa > 1:526563/1‑150 (MQ=255) tttAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAA‑CAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGT‑AAAACATGCATGAGCCACAAAataata < 2:916224/150‑1 (MQ=255) aaTGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAA‑CAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGT‑AAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATaa > 2:829500/1‑150 (MQ=255) aTGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAA‑CAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGT‑AAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATaaa > 2:54145/1‑150 (MQ=255) gTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAA‑CAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGT‑AAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATaaaaaa < 2:769995/151‑1 (MQ=255) tAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAA‑CAGGTTAGATGATCTTTTTGTCACTTAATGCC‑TGT‑AAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATaaaaa < 2:223419/149‑1 (MQ=255) gACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAA‑CAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGT‑AAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCAt > 1:143805/1‑151 (MQ=255) 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TTTTGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAA‑CAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGT‑AAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATAT > NC_000913/29337‑29635 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |