| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 29,496 | 0 | T | A | 51.0% | 40.0 / 80.7 | 49 | intergenic (+301/‑155) | dapB/carA | dihydrodipicolinate reductase/carbamoyl phosphate synthetase small subunit, glutamine amidotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/4); new base A (0/25); total (20/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.76e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.70e-09 | |||||||||||
AATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAA‑CAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGT‑AAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGG > NC_000913/29349‑29642 | aaTGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAA‑CAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGT‑AAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATaa > 2:829500/1‑150 (MQ=255) aTGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAA‑CAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGT‑AAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATaaa > 2:54145/1‑150 (MQ=255) gTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAA‑CAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGT‑AAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATaaaaaa < 2:769995/151‑1 (MQ=255) tAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAA‑CAGGTTAGATGATCTTTTTGTCACTTAATGCC‑TGT‑AAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATaaaaa < 2:223419/149‑1 (MQ=255) gACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAA‑CAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGT‑AAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCAt > 1:143805/1‑151 (MQ=255) aCCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAA‑CAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGT‑AAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCAtt > 1:618301/1‑151 (MQ=255) aTTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAA‑CAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGT‑AAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTa > 1:725362/1‑149 (MQ=255) ttGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAA‑CAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCC‑TGT‑AAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGtt > 2:503657/1‑151 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |