Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,350,853 | 0 | A | C | 43.9% | 93.5 / 14.0 | 57 | S725A (TCA→GCA) | arcB | aerobic respiration control sensor histidine protein kinase, cognate to two‑component response regulators ArcA and RssB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (31/1); new base C (0/25); total (31/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.62e-15 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGCCACCCACGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTG‑A‑CCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCTTCGGTCCTACA > NC_000913/3350707‑3350998 | tGCCACACACGCTTACAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTG‑A‑CCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGAcccc > 2:542327/1‑151 (MQ=255) gCCACCCACGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTG‑A‑CCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGAcccc > 2:315587/1‑150 (MQ=255) cacccacGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTG‑A‑CCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCccgcc > 2:290810/1‑151 (MQ=255) aCTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTG‑A‑CCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTAt > 1:734887/1‑151 (MQ=255) aCTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTG‑A‑CCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTAt > 2:317378/1‑151 (MQ=255) cTTCTCCGTCGTGCCGCCCCTCTCCTTTCATCTCTCCAACCCATTCCCCGACGTTATCTCCCCAGGCCGGAAGGTCGGGAGACTAATTTTCCTG‑C‑CCCAGTTTTTGAAGGGGGCGTACCCCCCCTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTAt < 2:746753/150‑1 (MQ=255) tCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTG‑A‑CCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtc > 2:916071/1‑151 (MQ=255) aCGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATATCTTCAATACATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCAGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTG‑A‑CCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAAACCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtcctt > 2:937447/1‑151 (MQ=255) gtgcccccACTCTTCTTTCATCTCTCCAATCCATCCCCCGACTTTTTCTCCCCAGGCGGGAAGGTCAGGAGACTGATTTGGCTG‑C‑CCCGGTTGTTGCAGTGGGCGTACCCCCCCTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTc < 2:688602/144‑1 (MQ=255) tGACCCCCCTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATCCCCCGCCGTTATCTCCCCAGGCCGGAAGGTCGGGAGACTGAATTTGCTG‑C‑CCCAGCTGTTGCAGATGGCGTACCCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTca < 1:521341/150‑1 (MQ=255) gACCCCCCTCTTTTTTCATCTCTTAAATCCATCCCCCGTCTTTATCTCCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAAACTAAATTTCCTG‑C‑CCCAGCTGTTGCAGATGGCGTACCCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTcaac < 1:189126/151‑1 (MQ=255) cGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTG‑A‑CCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTcaaca > 1:651246/1‑150 (MQ=255) ttcttTCATCTCTTCAACCCATTCACCGACGTTATCTCCCCAGGCGGGAAGGCCGGGAGACTGATTTTGCTG‑C‑CCCAGCTTTTGCAGATGGCGTACCCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCttt < 1:874327/150‑1 (MQ=255) ttcttTCATCTCTTAAACCCATCCCCCGACGTTATCTCCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTG‑C‑CCCAGCTGTTGAAGATGGCGTACCCCCACGGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCt < 1:500556/148‑1 (MQ=255) tcttTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTG‑A‑CCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCttttt > 2:587380/1‑151 (MQ=255) ttCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTG‑A‑CCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTAt > 1:578201/1‑151 (MQ=255) ttCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTG‑A‑CCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTAt > 2:196260/1‑151 (MQ=255) cATCTCTTCAACCCATCCCCCGCCGTTATCTCCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTAAATTTGCTG‑C‑CCCAGTTTTTGAAGATGGCGTACCCCCCCGGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATc < 2:192008/150‑1 (MQ=255) cATCCCCTCAACCCATCCCCCTACCTTATCTCCCCAGGCCGGAAGGGCAGGAGACTGATTTTGCTG‑C‑CCCAGCTTTTGAAGATGGCGAACCCCCTCTCCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTa < 2:737040/148‑1 (MQ=255) aTCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTG‑A‑CCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCt > 1:151633/1‑151 (MQ=255) ctTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTG‑A‑CCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTgcgc > 2:300954/1‑151 (MQ=255) aacccATCCCCCGACTTTATCTCCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTAATTTTGCTG‑C‑CCCAGCTGTTGCAGATGGCGTACCCCCCCTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTgcg < 1:443518/143‑1 (MQ=255) aacccATCCCCCGACGTTATCTCCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGATTTTGCTG‑C‑CCCAGCTGTTGCAGATGGCGTACCCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTgcgc < 1:109497/144‑1 (MQ=255) ccATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTG‑A‑CCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTc > 1:733418/1‑148 (MQ=255) ccATCCCCCGACTTTATCTCCCCAGGCGGGAAGGCAAGGAGCTTAATTTTCCTC‑C‑CCCGGTTTTGGCAGATGGCGTACCCCCCCTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAg < 1:489474/150‑1 (MQ=255) cATCCACCGACTTTATCTCCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTG‑C‑CCCAGCTGTTGCAGATGGCGTACCCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGt < 1:935794/146‑1 (MQ=255) tCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTG‑A‑CCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCg > 2:587088/1‑151 (MQ=255) tCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTG‑A‑CCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCg > 1:73101/1‑151 (MQ=255) cGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTG‑A‑CCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTc > 1:693389/1‑151 (MQ=255) gACGTTATCTCCCCGGGCCGGAGGGCCAGGAGGC‑GAATTTGCCGCC‑CCCAGTTTTGGCAGATGGCGAACCCCCCCTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTc < 2:856095/150‑1 (MQ=255) ttttctcCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTG‑C‑CCCAGTTTTTGCAGATGGCTTACCCCCCCTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGc < 1:414620/147‑1 (MQ=255) cccggccgggAGGGTCAGGAGACTGATTTTGCTC‑C‑CCCAGCTGTTGCAGATGGCGTACCCCCCCTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCt < 1:37834/140‑1 (MQ=255) cAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTG‑A‑CCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCACGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACa > 1:511266/1‑150 (MQ=255) aGGCCGGAGGGTCAGGAGACTTATTTTGCTG‑A‑CCCATCTTTTGCAGATGGCTTACCCCCTCTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACAt < 2:629761/150‑1 (MQ=255) aGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTG‑A‑CCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACAt > 2:182579/1‑150 (MQ=255) aGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTG‑A‑CCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACAt > 2:725647/1‑150 (MQ=255) ggCCGGAAGGCCAGGAGACTGATTTTGCTG‑C‑CCCATTTGTGGAAGAGGGCTAAACCCCACTCCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGAc < 2:584893/147‑1 (MQ=255) ggAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTG‑A‑CCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCg > 2:148184/1‑151 (MQ=255) aaGGTCAGGAGACT‑AATTTGGCG‑ACCCCAGCTGTTGCAGATGGCGTACCCCCACTCCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCgg < 1:509111/150‑1 (MQ=255) tCAGGAGACTGAATTTGCTG‑A‑CCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGcatc > 2:459857/1‑150 (MQ=255) tCAGGAGACTGAATTTGCTG‑A‑CCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGcatc > 2:522394/1‑150 (MQ=255) aaTTTGCTG‑A‑CCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAac > 2:357045/1‑151 (MQ=255) tttGCTG‑A‑CCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAacac > 2:410579/1‑151 (MQ=255) ttggCTG‑A‑CCTACCTGTTGCAGATGACATACCCCCCGCCCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAaca < 1:71537/147‑1 (MQ=255) tG‑A‑CCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCt > 1:749052/1‑150 (MQ=255) ctcccccAGTTGTTGAAGGTGGCGTACCCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAacac < 1:579989/143‑1 (MQ=255) ctcccccAGCTGTTGAAGATGGCGAACCCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCg < 2:181603/145‑1 (MQ=255) a‑CCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATCCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAAc > 2:862679/1‑151 (MQ=255) tGTTGCGGTTGGCGTACCCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTc < 1:744334/149‑1 (MQ=255) aGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATc > 1:52894/1‑150 (MQ=255) gATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATc > 2:528112/1‑149 (MQ=255) gATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATc > 2:603566/1‑149 (MQ=255) ggtttacccccccTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATc < 2:863177/139‑1 (MQ=255) taacccccccTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACGCCGCTAACCCGTCGGTGATCa < 1:106313/140‑1 (MQ=255) ccccccTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCTTCGGTc < 1:878146/149‑1 (MQ=255) ccACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCTTCGGTCCTAc < 1:315644/151‑1 (MQ=255) aCTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCTTCGGTCCTACa > 2:541720/1‑150 (MQ=255) | TGCCACCCACGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTG‑A‑CCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCTTCGGTCCTACA > NC_000913/3350707‑3350998 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |