| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 827,507 | 0 | T | G | 50.0% | 54.9 / 13.9 | 46 | D492A (GAC→GCC) | ybhF | putative ABC transporter ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/20); new base G (23/0); total (26/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.32e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCGAGAAACAG‑AATGTCCGGTTCATGCATCAGCGAACAGGCCAGCGCCAGC‑CGCTGTTTAAAACCTAATGGCAGTTCATCGGTGGCGTGGGAGGCGATACTTTTCAGGCCGAACGCCTCGCTCATGCGGG > NC_000913/827362‑827657 | gCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGGCAACg > 1:51337/1‑151 (MQ=255) ggCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGcc < 1:192010/150‑1 (MQ=255) ggCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCg < 1:95364/151‑1 (MQ=255) gATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGGGGGGGGCAACGcccg > 2:526265/1‑147 (MQ=255) atcaaTTTCCCGCGGTTCACCAGGCCCATGAGGTCGCCATATTCCGCTTCATCCATAAAGCGGGTGGTGACTATCACCGTGACGCGTTTCTCTTCCATGCTGTTGATGTACAGCCAAAATTCGCGGCGCGTGAGGGGGtgat < 2:605912/139‑4 (MQ=255) ttAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGGGGGGGTCAACGcc > 2:504345/1‑145 (MQ=255) aaTTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTc < 1:891036/150‑1 (MQ=255) ttCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGGGGGGGGGAACGCCGGGAGGCgg > 2:412120/1‑149 (MQ=255) ccGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGGGGGGGGCAACGcccgggatcgg > 2:419067/1‑137 (MQ=255) cgcgGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGAGGGGGGCAACGCCGGAAGTCGGTtcg > 1:313749/1‑149 (MQ=255) acacCGGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACTCCGGAAGTCGGTTCGGCGAGgaa < 2:34331/151‑1 (MQ=255) acacCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGGCAACGCCGGAAGGGGGTTTGCCGAGaa > 1:723593/1‑150 (MQ=255) cGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCGAGAAACAG‑AATGTc < 1:450099/151‑1 (MQ=255) cGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGGGGGGGGCAACGCCGGAAGGCGGGTCGGCGAGAAAAAG‑AATGt > 1:350661/1‑150 (MQ=255) cGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCGAGAAACAG‑AATGTCCGGTTCATg < 1:239281/151‑1 (MQ=255) gCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGAGGGGGGCAACGCCGGAAGTCGGGTCGTCGAGAAAAAG‑AATGTCCgggt > 1:360590/1‑144 (MQ=255) atatTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGAGGGGGGCAACGCCGGGAGGCGGTTTCTCGAGAAAAAG‑AATGGTCGGGTCATGCa > 2:736340/1‑149 (MQ=255) cATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCGAGAAACAG‑AATGTCCGGTTCATGCATCAGCGAACAGgccagc < 1:137608/151‑1 (MQ=255) cATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCGAGAAACAG‑AATGTCCGGTTCATGCATCAGCGAACAGgccagc < 1:620747/151‑1 (MQ=255) cATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCGAGAAACAG‑AATGTCCGGTTCATGCATCAGCGAACAGgccagc < 1:520893/151‑1 (MQ=255) tAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGAGGGGGGCAACGCCGGAAGGCGGGTTGTCGAGAAACAA‑AAAGTCCGGGTCCTGCATCAGCGAAAAAgcc > 1:625993/1‑146 (MQ=255) aaaGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGGGGGGGGCAACGCCGGGAGGCGGGTCGTCGAGAAAAAG‑AATGTCCGGGTCATGCATCAGCGAAAAAgcccgcgcc > 1:70561/1‑151 (MQ=255) aaGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCGAGAAACAG‑AATGTCCGGTTCATGCATCAGCGAACAGgccagcgcca < 1:490569/151‑1 (MQ=255) gtgggtggTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGGGGGGGGCAACGCCGGAAAACGGGTCCTCGAGAAAAAA‑AAAGTCCGGTTCATGCATCAGCGAACAAgcccatgcc > 2:733919/1‑142 (MQ=255) gtggtgACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGAGGGGGGCAACGCCGGAAGATGGTTTGTCGAGAAAAAG‑AATGTCCGGGTCAAGCATAAGCGAACAGgccagcgcccacc > 1:816567/1‑144 (MQ=255) cATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGGGGGGGGCAACGCCGGGAGTCGGGTCGTCGCGAAACAA‑AATGTCCGGGTCATGCATCAGCGAACAGGCCAGCGCCAGC‑CGCTGGTTtaa > 2:683048/1‑150 (MQ=255) cATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGAGGGGGGGAAAGGCGGGAGTCGGTTCTTCGCGAAAAAG‑AATATCCGGGTTATGGATCAGAGAACAGGGCAGCGCCAGC‑CGCTGtttta > 2:334997/1‑147 (MQ=255) cACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCGAGAAACAG‑AATGTCCGGTTCATGCATCAGCGAACAGGCCAGCGCCAGC‑CGCTGTTTAAAACCt < 2:838993/151‑1 (MQ=255) aCCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCGAGAAACAG‑AATGTCCGGTTCATGCATCAGCGAACAGGCCAGCGCCAGC‑CGCTGTTTAAAAcc < 2:405478/149‑1 (MQ=255) tGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGGGGGGGGCAACGCCGGGAGTCGGGTCGTCCAGAAACAA‑AAAGGCCGGGTCATGCATCAGCGGACAAGCCCGCGCCAGC‑CGCTGTTTTAAACCTAAttg > 2:502744/1‑149 (MQ=255) gACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCGAGAAACAG‑AATGTCCGGTTCATGCATCAGCGAACAGGCCAGCGCCAGC‑CGCTGTTTAAAACCTAATGGc < 2:563406/151‑1 (MQ=255) gCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCGAGAAACAG‑AATGTCCGGTTCATGCATCAGCGAACAGGCCAGCGCCAGC‑CGCTGTTTAAAACCTAATGGCAGt < 2:413433/151‑1 (MQ=255) ctACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCGAGAAACAG‑AATGTCCGGTTCATGCATCAGCGAACAGGCCAGCGCCAGC‑CGCTGTTTAAAACCTAATGGCAGTTCATc < 1:946311/148‑1 (MQ=255) ctACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGAGGGGGGCAACGCCGGAAGTCGGGTCGTCGAGAAACAG‑AATGTCCGGGTCATGCATCAGCGAACAGGCCAGCGCCCGC‑CGCTGTTTAAAACCTAATGGCAGGTCATCgg > 1:569741/1‑150 (MQ=255) tACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGGGGATGGGGGGGGCAAAACCGGGAGGCGGTTCGTCGAGTAAAAGAAATGGGCGG‑TCCTGCAACCGCGAGCAAGGCAGCGGCAACACCCGGTTTTAAACCT‑ATGGCAGTTTATCgg > 2:914192/1‑149 (MQ=255) tACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGGCAACGCCGGGAGGCGGGTTGTCGAGAAAAAG‑AAAGTCCGGGTCATGGATCCGCGGACAGGCCCGCGCCAGC‑CGCTGTTTTAAAACTAATTGCAGGTCATCGGTg > 2:138668/1‑151 (MQ=255) tACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGAGGGGGGCAACGCCGGGAGGCGGGTCGTCGAGAAAAAG‑AATGTACGGGTCATGCATCAGCGAACAGGCCAGCGCCAGC‑CGCTGTTTTAAACCTAATGGCAGTTCATCGGTg > 2:719960/1‑151 (MQ=255) tGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGCGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCGAGAAACAG‑AATGTCCGGTTCATGCATCAGCGAACAGGCCAGCGCCAGC‑CGCTGTTTAAAACCTAATGGCAGTTCATCGGTGGCGt < 2:413356/150‑1 (MQ=255) 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GCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCGAGAAACAG‑AATGTCCGGTTCATGCATCAGCGAACAGGCCAGCGCCAGC‑CGCTGTTTAAAACCTAATGGCAGTTCATCGGTGGCGTGGGAGGCGATACTTTTCAGGCCGAACGCCTCGCTCATGCGGG > NC_000913/827362‑827657 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |