Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,386,862 | 0 | G | A | 43.3% | 63.4 / 50.8 | 60 | intergenic (+31/‑72) | yfbL/yfbM | putative M28A family peptidase/DUF1877 family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/32); new base A (26/0); total (28/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.41e-15 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑A‑TTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAAC‑ATG‑AAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTT > NC_000913/2386725‑2387010 | gTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑a‑tt < 2:385770/151‑1 (MQ=255) gTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGGCCAG‑AAAAAAAGACAAGcac‑aat > 2:1001553/1‑149 (MQ=255) aaaCAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTGCCG‑AAAAAACGACATGCAC‑a‑ttttttt > 2:1048405/1‑151 (MQ=255) aaCAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑a‑ttttattt < 1:1040756/151‑1 (MQ=255) aaCAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑a‑ttttattt < 1:894478/151‑1 (MQ=255) aaTACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAG‑AAAAAACGACAAGCAC‑a‑tttttttttt > 2:433146/1‑149 (MQ=255) aCCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑A‑TTTTATTTTCCCt < 1:288597/150‑1 (MQ=255) ccACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTTCCA‑AAAAAACGACAAAGAC‑a‑attttttttttc > 1:1076477/1‑145 (MQ=255) cACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑A‑TTTTATTTTCCCTCAt < 1:431941/151‑1 (MQ=255) ttGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGGCCAG‑AAAAAAAGACATGCAA‑A‑TTTTTTTTTtcc > 2:895531/1‑144 (MQ=255) cccGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGGCCAG‑AAAAAAAGACAAGCAC‑A‑TTTTTTTTTTCCTCCTCTGttt > 2:597333/1‑151 (MQ=255) ccGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGACCCAA‑AAAAAAAAACAAGCAC‑A‑TTTTTTTTTTCCTCTTCtttttt > 2:929233/1‑151 (MQ=255) gATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑A‑TTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGa < 2:189776/150‑1 (MQ=255) aCCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑A‑TTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCg < 2:123297/151‑1 (MQ=255) cGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCCG‑AAAAAAAGAAAAGCAC‑A‑TTTTTTTTTTCCTCATCTGTTTTTAGATGCg > 2:579725/1‑149 (MQ=255) agacagaTTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑A‑TTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAAATGCGAAAC‑a < 1:490098/151‑1 (MQ=255) agacagaTTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAG‑AAAAAAAGACATGCAC‑A‑TTTTTTTTTTCCCCCTTTTTTTTTAGATGGGaaaa > 2:516496/1‑149 (MQ=255) aTTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAC‑AAAAAAAGACAAGGAC‑ATTTTTTTTTTTTCTC‑TCTGTTTTTAGATGCGaaaaaataaa > 1:853085/1‑143 (MQ=255) 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aaaaTGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑A‑TTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAAC‑ATG‑AAATTCAACGGAGGaaa < 2:76552/151‑1 (MQ=255) aaaaTGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGCCCCG‑AAAAAAAGAGACGCCC‑A‑CTTTATTTTTCCTCATCTTTTTTTAGAAGCGAAAC‑AAG‑AAATTTAAAAGAGGaa > 1:404637/1‑150 (MQ=255) ggCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑A‑TTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAAC‑ATG‑AAATTCAACGGAGGAAaaata < 2:286242/150‑1 (MQ=255) gCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑A‑TTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAAC‑ATG‑AAATTCAACGGAGGAAaaataaa < 2:698327/151‑1 (MQ=255) cAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑A‑TTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAAC‑ATG‑AAATTCAACGGAGGAAaaataaat < 1:16470/149‑1 (MQ=255) tAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAG‑AAAAAACAACAAGCACAA‑TTTTTTTTTTCCT‑ATCTTGTTTTAGATGGGGAAA‑AAG‑AAAATTAAACGAGGGaaaaaaaa > 1:383939/1‑144 (MQ=255) ggTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑A‑TTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAAC‑ATG‑AAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGc < 2:1071890/150‑1 (MQ=255) gtgtTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGGCCAG‑AAAAAAAGACAAGCAC‑A‑TTTTATTTTTTCTCCTCTGTTTTTAGATGCGGAAC‑ATG‑AAATTTAACAGGGGGAAAATAAAAGGGGATGAtt > 2:676409/1‑146 (MQ=255) tgtTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGATTCAGTAAAAAAGGAAAGGAAC‑A‑TTTT‑TTTTTTCTCCTCTGTTTTTAGAAGCGGAACAATA‑AAATTTAA‑AGAGGAAAAAAAAAAAGGAATAATTTGcg > 1:835210/1‑148 (MQ=255) gtTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTTCCG‑AAAAAAAAAAAAGCAC‑A‑TTTTATTTTTTCTCATCTGTTTTTAGATGCGGAAC‑ATA‑AAAATTAACGGAGGGAAAAAAAATAGGAAAGATTGGCTAtt > 1:605014/1‑151 (MQ=255) gtTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑A‑TTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAAC‑ATG‑AAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTAtt < 2:908154/151‑1 (MQ=255) ataACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTTCAG‑AAAAAAAGACAAGCAC‑A‑TTTTATTTTTTCTCATCTGTTTTAATATGCGAAAC‑AAG‑AAATTCAAAGGAGGGAAAAAAAATGGGAATGATTGGCTAtttt > 1:456536/1‑150 (MQ=255) ataACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑A‑TTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAAC‑ATG‑AAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTg < 2:840417/151‑1 (MQ=255) ataACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑A‑TTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAAC‑ATG‑AAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTg < 1:847282/151‑1 (MQ=255) aaCTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTGCCA‑AAAAAAAGAAATGGAC‑A‑TTTTTTTTTTCCTCATCTGTTTTTAAATGGGAAAA‑AAG‑AAATTTAAAGGAGGGAAAAAAAAAGGGAATGATTGGGTAtttt > 2:265962/1‑148 (MQ=255) aaCTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑A‑TTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAAC‑ATG‑AAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGc < 2:626/150‑1 (MQ=255) aCTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTGCCG‑AAAAAAAAACATGGAA‑A‑TTTTTTTTTTTCTCTTCTGTTTTTAAATTTGAAAA‑ATA‑AAAATTAAAGGAGGAAAAAAAAAATGGAATGATTTGGTAattttta > 1:1116554/1‑147 (MQ=255) tttGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAG‑AAAAAAAGAAAAACAA‑A‑TTTTATTTTTTCTCCTCTGTTTTTAGATGGGAAAA‑AAG‑AAAATCAAAGGGGGGAAAAAAAATAGGGAAGAATTGCTAttttttag > 1:750112/1‑145 (MQ=255) ttGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑A‑TTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAAC‑ATG‑AAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGaa < 2:727958/150‑1 (MQ=255) gTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑A‑TTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAAC‑ATG‑AAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAAt < 2:374169/150‑1 (MQ=255) gTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAG‑AAAAAAAAAGAAGAAA‑A‑ATTTATTTTTTCTCCTCTCTTTTTTGTTACGAAAA‑AAGAAAATTAATAGGGGGAAAAAAAAATGGAAAGAATTgctcttttttataaa > 1:838696/1‑135 (MQ=255) ttATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGGCCCG‑AAAAAAAGACATGCAC‑A‑ATTTTTTTTTTCCCCTCTGTTTTTATATTCGAAAC‑AAG‑AAAATTAACAGAGGAAAAAAAAATGGGGATAATTTGCTAtttttttgaaaat > 2:1054784/1‑141 (MQ=255) ttATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGGCCAG‑AAAAAAAGACAAGCAA‑A‑TTTTTTTTTTTCTCATCTTTTTTTAGAAGCGGAAA‑ATG‑AAATTTAAAGGAGGAAAAATAAATGGGGGAGATTTGCTATTTTGTAGaaaat > 2:509032/1‑148 (MQ=255) acaacaGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑A‑TTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAAC‑ATG‑AAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACt < 1:450129/150‑1 (MQ=255) caacaGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑A‑TTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAAC‑ATG‑AAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCa < 1:697726/151‑1 (MQ=255) aaaTAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑A‑TTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAAC‑ATG‑AAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAg < 1:852051/150‑1 (MQ=255) aataatAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑A‑TTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAAC‑ATG‑AAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGAt < 1:448330/151‑1 (MQ=255) taataaAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAG‑AAAAAACGACAAGCAC‑A‑TTTTTTTTTTCCTCATCTGTTTTTAAATGCGGAAA‑AAG‑AAAATCAACGGAGGAAAAAAAAATGGGGATGATTGGCTATTTTTTAGAAAATGACTCAGaaaaaa > 2:871329/1‑146 (MQ=255) aataaAAATTTCTCGAGGCGGGTCCCG‑AAAAAACGACATGCAC‑A‑ATTTTTTTTTCCTCATCTGTTTTAAAAAGCGAAAA‑ATG‑AAAATCAACGGGGGGAAAATAAATAGGGATGATTTGGTATTTTTCAGAAAATGACTCAGaaaaaaat > 2:336701/1‑145 (MQ=255) aaaaaTTTCTCGAGGCGGGTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑A‑TTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAAC‑ATG‑AAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAAcc < 2:296994/150‑1 (MQ=255) aaaTTTCTCGAGGCGGGTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑A‑TTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAAC‑ATG‑AAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAAc < 2:118548/151‑1 (MQ=255) cGAGGCGGGTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑A‑TTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAAC‑ATG‑AAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAg < 1:40464/151‑1 (MQ=255) cGAGGCGGGTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑A‑TTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAAC‑ATG‑AAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGATATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCGTGAg < 1:90074/151‑1 (MQ=255) cGGGTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑A‑TTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAAC‑ATG‑AAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTAc > 2:251174/1‑151 (MQ=255) aaaGCGACATGCAC‑A‑TTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAAC‑ATG‑AAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCtt < 2:835322/151‑1 (MQ=255) aaGCGACATGCAC‑A‑TTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAAC‑ATG‑AAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCttt < 2:814941/151‑1 (MQ=255) aaGCGACATGCAC‑A‑TTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAAC‑ATG‑AAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCttt > 1:602557/1‑151 (MQ=255) | GTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAG‑AAAAAGCGACATGCAC‑A‑TTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAAC‑ATG‑AAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTT > NC_000913/2386725‑2387010 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |